More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_2004 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007204  Psyc_2004  tRNA-dihydrouridine synthase  100 
 
 		 350 aa  728    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2307  dihydrouridine synthase, DuS  87.83 
 
 		 340 aa  616  1e-175  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.936931 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2324  dihydrouridine synthase, DuS  73.52 
 
 		 323 aa  498  1e-140  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1979  dihydrouridine synthase, DuS  46.65 
 
 		 321 aa  297  2e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.160423 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2169  dihydrouridine synthase family protein  47.19 
 
 		 317 aa  296  5e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.506844  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1981  NifR3/Smm1 family protein  48.06 
 
 		 323 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0473795 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3779  dihydrouridine synthase, DuS  48.06 
 
 		 323 aa  285  7e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.605744 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1512  dihydrouridine synthase DuS  47.1 
 
 		 323 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0251677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1544  dihydrouridine synthase DuS  48.04 
 
 		 323 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.177604 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2003  hypothetical protein  46.54 
 
 		 319 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.265323  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02307  NifR3/Smm1 family protein  46.86 
 
 		 312 aa  281  2e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23640  hypothetical protein  46.23 
 
 		 319 aa  280  3e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.963568  hitchhiker  0.00882346 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1057  dihydrouridine synthase, DuS  45.89 
 
 		 325 aa  280  4e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0906  NifR3/Smm1 family protein  48.9 
 
 		 310 aa  279  6e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2727  dihydrouridine synthase, DuS  46.08 
 
 		 318 aa  277  2e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.165844  normal  0.161387 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1302  dihydrouridine synthase, DuS  45.77 
 
 		 318 aa  273  3e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.905498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2414  dihydrouridine synthase, DuS  46.89 
 
 		 314 aa  273  3e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2309  dihydrouridine synthase, DuS  45.74 
 
 		 317 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2333  dihydrouridine synthase, DuS  46.06 
 
 		 315 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.108163  normal  0.0297059 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1501  dihydrouridine synthase DuS  44.03 
 
 		 319 aa  270  2e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.944581  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3192  dihydrouridine synthase, DuS  45.23 
 
 		 342 aa  270  2.9999999999999997e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2388  dihydrouridine synthase, DuS  44.92 
 
 		 319 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0313315  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2261  dihydrouridine synthase, DuS  45.74 
 
 		 315 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.214187  normal  0.298412 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1882  dihydrouridine synthase, DuS  47.37 
 
 		 319 aa  269  5e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2452  dihydrouridine synthase, DuS  45.74 
 
 		 315 aa  269  5e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.334795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2152  tRNA-dihydrouridine synthase C  45.57 
 
 		 315 aa  267  2e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1762  dihydrouridine synthase DuS  45.48 
 
 		 317 aa  266  5e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0181198  normal  0.0110218 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2242  dihydrouridine synthase, DuS  43.99 
 
 		 309 aa  266  5e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000197491  hitchhiker  0.000869385 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2581  dihydrouridine synthase DuS  45.48 
 
 		 317 aa  266  5e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.601403  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1255  dihydrouridine synthase, DuS  44.62 
 
 		 323 aa  266  5e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0939064  normal  0.0146388 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2006  NifR3/Smm1 family protein  46.52 
 
 		 315 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2622  dihydrouridine synthase DuS  45.48 
 
 		 317 aa  265  8e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0113547  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1303  NifR3/Smm1 family protein  43.57 
 
 		 322 aa  263  2e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0734085 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3425  dihydrouridine synthase, DuS  46.23 
 
 		 344 aa  264  2e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2697  dihydrouridine synthase DuS  45.48 
 
 		 315 aa  263  3e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0155722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2915  dihydrouridine synthase, DuS  45.08 
 
 		 310 aa  262  8e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1304  RecR protein  45.62 
 
 		 318 aa  260  3e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00113352  normal  0.0322688 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2886  dihydrouridine synthase, DuS  44.08 
 
 		 319 aa  259  5.0000000000000005e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.014767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02933  hypothetical protein  44.48 
 
 		 319 aa  258  1e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2859  dihydrouridine synthase, DuS  43.67 
 
 		 308 aa  256  3e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.748261  hitchhiker  0.0000000322781 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2279  dihydrouridine synthase, DuS  43.63 
 
 		 314 aa  256  3e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1583  dihydrouridine synthase DuS  45.34 
 
 		 326 aa  256  6e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.018372 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3625  dihydrouridine synthase DuS  42.42 
 
 		 335 aa  254  2.0000000000000002e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000203836  decreased coverage  0.0000000672077 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002975  tRNA-dihydrouridine synthase C  44.16 
 
 		 319 aa  253  5.000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.386043  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1786  dihydrouridine synthase DuS  41.56 
 
 		 315 aa  251  2e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000927227 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3024  dihydrouridine synthase, DuS  43.03 
 
 		 335 aa  250  3e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2928  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.63 
 
 		 310 aa  249  7e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34320  tRNA-dihydrouridine synthase C  45.28 
 
 		 326 aa  248  8e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1533  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.63 
 
 		 310 aa  248  9e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2413  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.59 
 
 		 312 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.167319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1912  dihydrouridine synthase DuS  44.3 
 
 		 318 aa  247  2e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.402938  normal  0.0330373 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3266  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.27 
 
 		 316 aa  246  4e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0659452 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2364  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.27 
 
 		 331 aa  246  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2287  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.27 
 
 		 315 aa  246  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0065633 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1290  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.62 
 
 		 309 aa  246  4.9999999999999997e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000404902  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02069  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.27 
 
 		 315 aa  245  6.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1518  dihydrouridine synthase DuS  42.27 
 
 		 315 aa  245  6.999999999999999e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1355  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.74 
 
 		 314 aa  245  6.999999999999999e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.15198  hitchhiker  0.0054814 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1508  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.27 
 
 		 315 aa  245  6.999999999999999e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2887  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.74 
 
 		 314 aa  245  6.999999999999999e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02028  hypothetical protein  42.27 
 
 		 315 aa  245  6.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2320  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.27 
 
 		 331 aa  245  6.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2274  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.27 
 
 		 315 aa  245  6.999999999999999e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1337  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.95 
 
 		 309 aa  245  8e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2808  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.74 
 
 		 312 aa  245  9e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2429  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.27 
 
 		 315 aa  245  9e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2521  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.96 
 
 		 312 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5201  dihydrouridine synthase DuS  43.33 
 
 		 329 aa  244  9.999999999999999e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2409  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.96 
 
 		 312 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.021708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1847  dihydrouridine synthase DuS  43.35 
 
 		 340 aa  243  3e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323112  normal  0.104761 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2544  dihydrouridine synthase DuS  45.86 
 
 		 338 aa  243  3e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.542055  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2742  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.32 
 
 		 310 aa  242  6e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.212051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2338  putative tRNA-dihydrouridine synthase C, DuS  42.9 
 
 		 340 aa  241  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135158  normal  0.172582 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1635  hypothetical protein  41.32 
 
 		 326 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.270741 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2410  tRNA-dihydrouridine synthase C  40.69 
 
 		 320 aa  239  8e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.148461  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1351  dihydrouridine synthase, DuS  42.99 
 
 		 324 aa  237  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2504  tRNA-dihydrouridine synthase C  40.79 
 
 		 311 aa  238  2e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1998  dihydrouridine synthase DuS  41.07 
 
 		 336 aa  230  3e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.774292  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2126  dihydrouridine synthase DuS  42.17 
 
 		 339 aa  219  5e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0242432 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0691  dihydrouridine synthase, DuS  41.75 
 
 		 340 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0624  tRNA-dihydrouridine synthase C  53.75 
 
 		 158 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.011604  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.72 
 
 		 337 aa  136  5e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.75 
 
 		 357 aa  136  5e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  36.51 
 
 		 342 aa  136  5e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3045  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.36 
 
 		 342 aa  136  7.000000000000001e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  36.9 
 
 		 320 aa  135  1.9999999999999998e-30  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.63 
 
 		 328 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1130  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.42 
 
 		 356 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353247  normal  0.37183 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2170  NifR3 family TIM-barrel protein  34.27 
 
 		 341 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.565467 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2936  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.9 
 
 		 342 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123806  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.21 
 
 		 352 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  33.47 
 
 		 334 aa  130  4.0000000000000003e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5928  NifR3 family TIM-barrel protein  35.63 
 
 		 358 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.07 
 
 		 350 aa  127  3e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  34.87 
 
 		 347 aa  125  8.000000000000001e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  30.35 
 
 		 319 aa  125  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.93 
 
 		 347 aa  124  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4131  nifR3 family TIM-barrel protein  34.52 
 
 		 349 aa  124  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  35.63 
 
 		 350 aa  124  4e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.61 
 
 		 381 aa  123  6e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>