More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3779 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1981  NifR3/Smm1 family protein  98.76 
 
 		 323 aa  645    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0473795 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3779  dihydrouridine synthase, DuS  100 
 
 		 323 aa  652    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.605744 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1512  dihydrouridine synthase DuS  97.21 
 
 		 323 aa  633  1e-180  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0251677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1544  dihydrouridine synthase DuS  95.36 
 
 		 323 aa  625  1e-178  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.177604 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2727  dihydrouridine synthase, DuS  79.37 
 
 		 318 aa  513  1e-144  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.165844  normal  0.161387 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2003  hypothetical protein  78.59 
 
 		 319 aa  510  1e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.265323  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23640  hypothetical protein  78.91 
 
 		 319 aa  509  1e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.963568  hitchhiker  0.00882346 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1882  dihydrouridine synthase, DuS  78.27 
 
 		 319 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2169  dihydrouridine synthase family protein  70.98 
 
 		 317 aa  482  1e-135  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.506844  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34320  tRNA-dihydrouridine synthase C  75.47 
 
 		 326 aa  475  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1979  dihydrouridine synthase, DuS  71.79 
 
 		 321 aa  473  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.160423 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1302  dihydrouridine synthase, DuS  57 
 
 		 318 aa  349  4e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.905498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3425  dihydrouridine synthase, DuS  56.39 
 
 		 344 aa  349  5e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3192  dihydrouridine synthase, DuS  56.58 
 
 		 342 aa  338  5.9999999999999996e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02307  NifR3/Smm1 family protein  53 
 
 		 312 aa  338  9e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1255  dihydrouridine synthase, DuS  56.55 
 
 		 323 aa  337  9.999999999999999e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0939064  normal  0.0146388 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1057  dihydrouridine synthase, DuS  54.33 
 
 		 325 aa  336  3.9999999999999995e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3024  dihydrouridine synthase, DuS  53.13 
 
 		 335 aa  333  3e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1583  dihydrouridine synthase DuS  53.21 
 
 		 326 aa  332  7.000000000000001e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.018372 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1635  hypothetical protein  53.94 
 
 		 326 aa  331  1e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.270741 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1912  dihydrouridine synthase DuS  53.62 
 
 		 318 aa  330  2e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.402938  normal  0.0330373 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2338  putative tRNA-dihydrouridine synthase C, DuS  53 
 
 		 340 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135158  normal  0.172582 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1847  dihydrouridine synthase DuS  53.16 
 
 		 340 aa  325  6e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323112  normal  0.104761 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1351  dihydrouridine synthase, DuS  51.57 
 
 		 324 aa  322  4e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1998  dihydrouridine synthase DuS  54.98 
 
 		 336 aa  315  5e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.774292  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2279  dihydrouridine synthase, DuS  48.49 
 
 		 314 aa  313  3.9999999999999997e-84  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2006  NifR3/Smm1 family protein  48.55 
 
 		 315 aa  311  6.999999999999999e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2886  dihydrouridine synthase, DuS  50.67 
 
 		 319 aa  311  1e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.014767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2544  dihydrouridine synthase DuS  55.26 
 
 		 338 aa  311  1e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.542055  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5201  dihydrouridine synthase DuS  52.23 
 
 		 329 aa  310  2.9999999999999997e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2452  dihydrouridine synthase, DuS  48.11 
 
 		 315 aa  308  6.999999999999999e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.334795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2915  dihydrouridine synthase, DuS  51.13 
 
 		 310 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2261  dihydrouridine synthase, DuS  48.42 
 
 		 315 aa  305  7e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.214187  normal  0.298412 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2333  dihydrouridine synthase, DuS  48.42 
 
 		 315 aa  305  9.000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.108163  normal  0.0297059 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0906  NifR3/Smm1 family protein  48.68 
 
 		 310 aa  303  3.0000000000000004e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1304  RecR protein  48.11 
 
 		 318 aa  302  5.000000000000001e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00113352  normal  0.0322688 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2309  dihydrouridine synthase, DuS  46.54 
 
 		 317 aa  301  1e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2414  dihydrouridine synthase, DuS  46.95 
 
 		 314 aa  299  4e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2388  dihydrouridine synthase, DuS  48.16 
 
 		 319 aa  298  6e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0313315  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1762  dihydrouridine synthase DuS  47.83 
 
 		 317 aa  298  1e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0181198  normal  0.0110218 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2581  dihydrouridine synthase DuS  47.83 
 
 		 317 aa  298  1e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.601403  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02933  hypothetical protein  47.4 
 
 		 319 aa  297  2e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2622  dihydrouridine synthase DuS  47.83 
 
 		 317 aa  297  2e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0113547  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2697  dihydrouridine synthase DuS  47.49 
 
 		 315 aa  296  4e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0155722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2242  dihydrouridine synthase, DuS  46.62 
 
 		 309 aa  294  1e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000197491  hitchhiker  0.000869385 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1501  dihydrouridine synthase DuS  47.83 
 
 		 319 aa  294  2e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.944581  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1303  NifR3/Smm1 family protein  45.28 
 
 		 322 aa  293  4e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0734085 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1786  dihydrouridine synthase DuS  43.99 
 
 		 315 aa  292  5e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000927227 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002975  tRNA-dihydrouridine synthase C  46.1 
 
 		 319 aa  290  2e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.386043  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2859  dihydrouridine synthase, DuS  44.95 
 
 		 308 aa  287  1e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.748261  hitchhiker  0.0000000322781 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2307  dihydrouridine synthase, DuS  47.02 
 
 		 340 aa  288  1e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.936931 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2004  tRNA-dihydrouridine synthase  48.06 
 
 		 350 aa  285  7e-76  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2126  dihydrouridine synthase DuS  54.85 
 
 		 339 aa  282  7.000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0242432 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2152  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.32 
 
 		 315 aa  272  4.0000000000000004e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2324  dihydrouridine synthase, DuS  45.19 
 
 		 323 aa  268  7e-71  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1533  tRNA-dihydrouridine synthase C  44.9 
 
 		 310 aa  266  4e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2742  tRNA-dihydrouridine synthase C  44.41 
 
 		 310 aa  264  2e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.212051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2409  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.81 
 
 		 312 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.021708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2287  tRNA-dihydrouridine synthase C  43.41 
 
 		 315 aa  261  1e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0065633 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0691  dihydrouridine synthase, DuS  48.63 
 
 		 340 aa  259  3e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3266  tRNA-dihydrouridine synthase C  43.41 
 
 		 316 aa  259  3e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0659452 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1355  tRNA-dihydrouridine synthase C  44.52 
 
 		 314 aa  259  4e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.15198  hitchhiker  0.0054814 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1337  tRNA-dihydrouridine synthase C  43.45 
 
 		 309 aa  259  4e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2887  tRNA-dihydrouridine synthase C  44.52 
 
 		 314 aa  259  4e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2364  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.81 
 
 		 331 aa  259  5.0000000000000005e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2429  tRNA-dihydrouridine synthase C  43.41 
 
 		 315 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2928  tRNA-dihydrouridine synthase C  43.63 
 
 		 310 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2808  tRNA-dihydrouridine synthase C  44.52 
 
 		 312 aa  259  5.0000000000000005e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02069  tRNA-dihydrouridine synthase C  43.41 
 
 		 315 aa  259  6e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1518  dihydrouridine synthase DuS  43.41 
 
 		 315 aa  259  6e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2274  tRNA-dihydrouridine synthase C  43.41 
 
 		 315 aa  259  6e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02028  hypothetical protein  43.41 
 
 		 315 aa  259  6e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1508  tRNA-dihydrouridine synthase C  43.41 
 
 		 315 aa  259  6e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2413  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.81 
 
 		 312 aa  259  6e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.167319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2521  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.81 
 
 		 312 aa  258  7e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2320  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.81 
 
 		 331 aa  258  7e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2504  tRNA-dihydrouridine synthase C  43.27 
 
 		 311 aa  256  3e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1290  tRNA-dihydrouridine synthase C  42 
 
 		 309 aa  251  1e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000404902  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2410  tRNA-dihydrouridine synthase C  43.67 
 
 		 320 aa  247  2e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.148461  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3625  dihydrouridine synthase DuS  37.66 
 
 		 335 aa  230  2e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000203836  decreased coverage  0.0000000672077 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0624  tRNA-dihydrouridine synthase C  55.7 
 
 		 158 aa  187  3e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.011604  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.77 
 
 		 337 aa  142  6e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.96 
 
 		 350 aa  142  7e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.91 
 
 		 357 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  34.21 
 
 		 334 aa  141  9.999999999999999e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  35.65 
 
 		 319 aa  140  3e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.77 
 
 		 370 aa  139  4.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.79 
 
 		 327 aa  138  1e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2246  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.69 
 
 		 330 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.3377  normal  0.126861 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  37.23 
 
 		 319 aa  134  9.999999999999999e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.94 
 
 		 348 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  30.45 
 
 		 347 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  33 
 
 		 351 aa  134  3e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.77 
 
 		 335 aa  132  7.999999999999999e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.91 
 
 		 336 aa  132  9e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.91 
 
 		 336 aa  132  9e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  32.9 
 
 		 335 aa  132  9e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.81 
 
 		 328 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6005  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.75 
 
 		 348 aa  131  1.0000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  37.23 
 
 		 332 aa  132  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>