More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmwyl1_3625 on replicon NC_009654
Organism: Marinomonas sp. MWYL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009654  Mmwyl1_3625  dihydrouridine synthase DuS  100 
 
 		 335 aa  701    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000203836  decreased coverage  0.0000000672077 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1501  dihydrouridine synthase DuS  42.04 
 
 		 319 aa  263  4e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.944581  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02307  NifR3/Smm1 family protein  41.48 
 
 		 312 aa  257  2e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2307  dihydrouridine synthase, DuS  41.59 
 
 		 340 aa  255  6e-67  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.936931 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1303  NifR3/Smm1 family protein  40.69 
 
 		 322 aa  255  9e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0734085 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2004  tRNA-dihydrouridine synthase  42.42 
 
 		 350 aa  254  1.0000000000000001e-66  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1057  dihydrouridine synthase, DuS  39.56 
 
 		 325 aa  253  3e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2279  dihydrouridine synthase, DuS  41.61 
 
 		 314 aa  252  7e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3425  dihydrouridine synthase, DuS  41.47 
 
 		 344 aa  246  3e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2452  dihydrouridine synthase, DuS  41.21 
 
 		 315 aa  246  3e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.334795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1302  dihydrouridine synthase, DuS  40.8 
 
 		 318 aa  246  4e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.905498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2333  dihydrouridine synthase, DuS  41.61 
 
 		 315 aa  246  4e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.108163  normal  0.0297059 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2414  dihydrouridine synthase, DuS  40.19 
 
 		 314 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2309  dihydrouridine synthase, DuS  41.29 
 
 		 317 aa  245  8e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1583  dihydrouridine synthase DuS  39.14 
 
 		 326 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.018372 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2915  dihydrouridine synthase, DuS  42.12 
 
 		 310 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2261  dihydrouridine synthase, DuS  41.29 
 
 		 315 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.214187  normal  0.298412 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0906  NifR3/Smm1 family protein  41.64 
 
 		 310 aa  242  5e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2006  NifR3/Smm1 family protein  40.97 
 
 		 315 aa  242  7e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1635  hypothetical protein  37.9 
 
 		 326 aa  240  2e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.270741 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2697  dihydrouridine synthase DuS  41.03 
 
 		 315 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0155722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2388  dihydrouridine synthase, DuS  40.71 
 
 		 319 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0313315  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1255  dihydrouridine synthase, DuS  40.67 
 
 		 323 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0939064  normal  0.0146388 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2622  dihydrouridine synthase DuS  40.38 
 
 		 317 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0113547  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2859  dihydrouridine synthase, DuS  38.61 
 
 		 308 aa  239  4e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.748261  hitchhiker  0.0000000322781 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1847  dihydrouridine synthase DuS  37.82 
 
 		 340 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323112  normal  0.104761 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1762  dihydrouridine synthase DuS  40.06 
 
 		 317 aa  238  1e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0181198  normal  0.0110218 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2581  dihydrouridine synthase DuS  40.06 
 
 		 317 aa  238  1e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.601403  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5201  dihydrouridine synthase DuS  40.59 
 
 		 329 aa  237  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1979  dihydrouridine synthase, DuS  39.81 
 
 		 321 aa  237  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.160423 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1912  dihydrouridine synthase DuS  38.46 
 
 		 318 aa  236  4e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.402938  normal  0.0330373 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2338  putative tRNA-dihydrouridine synthase C, DuS  36.45 
 
 		 340 aa  236  6e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135158  normal  0.172582 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2727  dihydrouridine synthase, DuS  38.26 
 
 		 318 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.165844  normal  0.161387 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2242  dihydrouridine synthase, DuS  37.18 
 
 		 309 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000197491  hitchhiker  0.000869385 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2003  hypothetical protein  37.5 
 
 		 319 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.265323  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23640  hypothetical protein  37.5 
 
 		 319 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.963568  hitchhiker  0.00882346 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2169  dihydrouridine synthase family protein  40.45 
 
 		 317 aa  233  3e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.506844  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3024  dihydrouridine synthase, DuS  38.44 
 
 		 335 aa  233  3e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1351  dihydrouridine synthase, DuS  36.94 
 
 		 324 aa  232  6e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1544  dihydrouridine synthase DuS  38.59 
 
 		 323 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.177604 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3192  dihydrouridine synthase, DuS  39.39 
 
 		 342 aa  230  2e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3779  dihydrouridine synthase, DuS  37.66 
 
 		 323 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.605744 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1981  NifR3/Smm1 family protein  37.94 
 
 		 323 aa  229  3e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0473795 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2886  dihydrouridine synthase, DuS  37.33 
 
 		 319 aa  229  4e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.014767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1512  dihydrouridine synthase DuS  37.34 
 
 		 323 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0251677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1786  dihydrouridine synthase DuS  36.93 
 
 		 315 aa  224  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000927227 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2324  dihydrouridine synthase, DuS  40.32 
 
 		 323 aa  224  2e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1882  dihydrouridine synthase, DuS  39.93 
 
 		 319 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2544  dihydrouridine synthase DuS  39.29 
 
 		 338 aa  222  6e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.542055  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2928  tRNA-dihydrouridine synthase C  36.25 
 
 		 310 aa  221  9.999999999999999e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1304  RecR protein  39.61 
 
 		 318 aa  221  9.999999999999999e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00113352  normal  0.0322688 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2504  tRNA-dihydrouridine synthase C  37.63 
 
 		 311 aa  220  1.9999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02933  hypothetical protein  37.66 
 
 		 319 aa  220  3e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0691  dihydrouridine synthase, DuS  39.52 
 
 		 340 aa  219  3.9999999999999997e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34320  tRNA-dihydrouridine synthase C  38.1 
 
 		 326 aa  219  6e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1355  tRNA-dihydrouridine synthase C  36.69 
 
 		 314 aa  219  6e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.15198  hitchhiker  0.0054814 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2887  tRNA-dihydrouridine synthase C  36.69 
 
 		 314 aa  219  6e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1998  dihydrouridine synthase DuS  38.38 
 
 		 336 aa  219  7e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.774292  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2410  tRNA-dihydrouridine synthase C  38.46 
 
 		 320 aa  218  1e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.148461  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2808  tRNA-dihydrouridine synthase C  36.96 
 
 		 312 aa  218  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2409  tRNA-dihydrouridine synthase C  36.63 
 
 		 312 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.021708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2364  tRNA-dihydrouridine synthase C  36.63 
 
 		 331 aa  218  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2320  tRNA-dihydrouridine synthase C  36.63 
 
 		 331 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2413  tRNA-dihydrouridine synthase C  36.63 
 
 		 312 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.167319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2521  tRNA-dihydrouridine synthase C  36.63 
 
 		 312 aa  217  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3266  tRNA-dihydrouridine synthase C  36.95 
 
 		 316 aa  216  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0659452 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02069  tRNA-dihydrouridine synthase C  36.61 
 
 		 315 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1518  dihydrouridine synthase DuS  36.61 
 
 		 315 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2287  tRNA-dihydrouridine synthase C  36.61 
 
 		 315 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0065633 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02028  hypothetical protein  36.61 
 
 		 315 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1533  tRNA-dihydrouridine synthase C  35.6 
 
 		 310 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2274  tRNA-dihydrouridine synthase C  36.61 
 
 		 315 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2742  tRNA-dihydrouridine synthase C  38.31 
 
 		 310 aa  214  1.9999999999999998e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.212051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1508  tRNA-dihydrouridine synthase C  36.61 
 
 		 315 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002975  tRNA-dihydrouridine synthase C  36.39 
 
 		 319 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.386043  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2429  tRNA-dihydrouridine synthase C  36.61 
 
 		 315 aa  212  7.999999999999999e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1337  tRNA-dihydrouridine synthase C  37.29 
 
 		 309 aa  212  7.999999999999999e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1290  tRNA-dihydrouridine synthase C  36.27 
 
 		 309 aa  212  7.999999999999999e-54  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000404902  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2152  tRNA-dihydrouridine synthase C  36.51 
 
 		 315 aa  206  4e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2126  dihydrouridine synthase DuS  39.44 
 
 		 339 aa  197  3e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0242432 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0624  tRNA-dihydrouridine synthase C  47.71 
 
 		 158 aa  152  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.011604  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.79 
 
 		 328 aa  149  7e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2246  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.46 
 
 		 330 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.3377  normal  0.126861 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.18 
 
 		 348 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.87 
 
 		 337 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  35.34 
 
 		 347 aa  147  3e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.63 
 
 		 354 aa  146  5e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.6 
 
 		 347 aa  145  9e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.2 
 
 		 346 aa  145  1e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  29.94 
 
 		 362 aa  145  1e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4131  nifR3 family TIM-barrel protein  33.79 
 
 		 349 aa  143  5e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  33.82 
 
 		 355 aa  142  9e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.67 
 
 		 352 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  33.74 
 
 		 326 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  33.74 
 
 		 326 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.47 
 
 		 352 aa  140  3e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  30.52 
 
 		 349 aa  140  3e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.77 
 
 		 381 aa  140  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.51 
 
 		 347 aa  140  3e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  30.4 
 
 		 356 aa  140  3.9999999999999997e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.526458 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>