More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeSA_A2413 on replicon NC_011094
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011094  SeSA_A2413  tRNA-dihydrouridine synthase C  100 
 
 
312 aa  642    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.167319  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2320  tRNA-dihydrouridine synthase C  99.04 
 
 
331 aa  638    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2409  tRNA-dihydrouridine synthase C  98.72 
 
 
312 aa  635    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.021708  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2521  tRNA-dihydrouridine synthase C  99.04 
 
 
312 aa  637    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2364  tRNA-dihydrouridine synthase C  99.36 
 
 
331 aa  639    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02069  tRNA-dihydrouridine synthase C  90.38 
 
 
315 aa  586  1e-166  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1518  dihydrouridine synthase DuS  90.38 
 
 
315 aa  586  1e-166  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2274  tRNA-dihydrouridine synthase C  90.38 
 
 
315 aa  586  1e-166  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1508  tRNA-dihydrouridine synthase C  90.38 
 
 
315 aa  586  1e-166  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2287  tRNA-dihydrouridine synthase C  90.06 
 
 
315 aa  584  1e-166  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0065633 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02028  hypothetical protein  90.38 
 
 
315 aa  586  1e-166  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3266  tRNA-dihydrouridine synthase C  90.38 
 
 
316 aa  585  1e-166  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0659452 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2429  tRNA-dihydrouridine synthase C  90.06 
 
 
315 aa  581  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1533  tRNA-dihydrouridine synthase C  85.02 
 
 
310 aa  557  1e-158  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2887  tRNA-dihydrouridine synthase C  84.57 
 
 
314 aa  554  1e-157  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1355  tRNA-dihydrouridine synthase C  84.57 
 
 
314 aa  554  1e-157  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.15198  hitchhiker  0.0054814 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1337  tRNA-dihydrouridine synthase C  85.34 
 
 
309 aa  553  1e-156  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2928  tRNA-dihydrouridine synthase C  85.02 
 
 
310 aa  553  1e-156  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2808  tRNA-dihydrouridine synthase C  84.57 
 
 
312 aa  553  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2742  tRNA-dihydrouridine synthase C  83.82 
 
 
310 aa  546  1e-154  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.212051  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2504  tRNA-dihydrouridine synthase C  82.64 
 
 
311 aa  540  1e-153  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2410  tRNA-dihydrouridine synthase C  82.14 
 
 
320 aa  530  1e-149  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.148461  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1290  tRNA-dihydrouridine synthase C  65.05 
 
 
309 aa  434  1e-120  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000404902  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2152  tRNA-dihydrouridine synthase C  62.05 
 
 
315 aa  414  1e-114  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02933  hypothetical protein  58.12 
 
 
319 aa  394  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002975  tRNA-dihydrouridine synthase C  57.47 
 
 
319 aa  390  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.386043  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1786  dihydrouridine synthase DuS  57.76 
 
 
315 aa  358  6e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000927227 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02307  NifR3/Smm1 family protein  54.4 
 
 
312 aa  347  1e-94  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2309  dihydrouridine synthase, DuS  53.4 
 
 
317 aa  345  8e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2859  dihydrouridine synthase, DuS  54.05 
 
 
308 aa  344  1e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.748261  hitchhiker  0.0000000322781 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1501  dihydrouridine synthase DuS  53.25 
 
 
319 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.944581  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2242  dihydrouridine synthase, DuS  55.78 
 
 
309 aa  342  2.9999999999999997e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000197491  hitchhiker  0.000869385 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2414  dihydrouridine synthase, DuS  53.25 
 
 
314 aa  342  5.999999999999999e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1303  NifR3/Smm1 family protein  54.22 
 
 
322 aa  341  1e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0734085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2333  dihydrouridine synthase, DuS  51.92 
 
 
315 aa  338  5e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.108163  normal  0.0297059 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2452  dihydrouridine synthase, DuS  52.6 
 
 
315 aa  338  7e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.334795  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2261  dihydrouridine synthase, DuS  51.92 
 
 
315 aa  338  8e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.214187  normal  0.298412 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0906  NifR3/Smm1 family protein  54.02 
 
 
310 aa  337  9.999999999999999e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2622  dihydrouridine synthase DuS  52.43 
 
 
317 aa  336  2.9999999999999997e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0113547  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2581  dihydrouridine synthase DuS  52.43 
 
 
317 aa  335  3.9999999999999995e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.601403  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1762  dihydrouridine synthase DuS  52.43 
 
 
317 aa  335  3.9999999999999995e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0181198  normal  0.0110218 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2006  NifR3/Smm1 family protein  52.27 
 
 
315 aa  335  5.999999999999999e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2697  dihydrouridine synthase DuS  52.1 
 
 
315 aa  333  2e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0155722  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2388  dihydrouridine synthase, DuS  53.14 
 
 
319 aa  332  3e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0313315  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2915  dihydrouridine synthase, DuS  52.92 
 
 
310 aa  318  9e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2279  dihydrouridine synthase, DuS  49.84 
 
 
314 aa  313  2.9999999999999996e-84  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1302  dihydrouridine synthase, DuS  48.08 
 
 
318 aa  288  1e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.905498  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3425  dihydrouridine synthase, DuS  46.35 
 
 
344 aa  279  4e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3192  dihydrouridine synthase, DuS  45.75 
 
 
342 aa  268  8.999999999999999e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1583  dihydrouridine synthase DuS  44.62 
 
 
326 aa  268  8.999999999999999e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.018372 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1635  hypothetical protein  45.19 
 
 
326 aa  265  1e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.270741 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23640  hypothetical protein  43.45 
 
 
319 aa  263  2e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.963568  hitchhiker  0.00882346 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2003  hypothetical protein  43.77 
 
 
319 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.265323  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1255  dihydrouridine synthase, DuS  45.05 
 
 
323 aa  261  8e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0939064  normal  0.0146388 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3779  dihydrouridine synthase, DuS  42.81 
 
 
323 aa  259  6e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.605744 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1912  dihydrouridine synthase DuS  43.55 
 
 
318 aa  258  8e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.402938  normal  0.0330373 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1882  dihydrouridine synthase, DuS  43.27 
 
 
319 aa  258  8e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2544  dihydrouridine synthase DuS  45.93 
 
 
338 aa  258  9e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.542055  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2727  dihydrouridine synthase, DuS  41.27 
 
 
318 aa  258  9e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.165844  normal  0.161387 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2886  dihydrouridine synthase, DuS  43.77 
 
 
319 aa  258  1e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.014767  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1351  dihydrouridine synthase, DuS  43.27 
 
 
324 aa  257  2e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1512  dihydrouridine synthase DuS  42.31 
 
 
323 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0251677  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1981  NifR3/Smm1 family protein  42.17 
 
 
323 aa  256  3e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0473795 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1544  dihydrouridine synthase DuS  41.85 
 
 
323 aa  255  6e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.177604 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1847  dihydrouridine synthase DuS  43.09 
 
 
340 aa  255  7e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323112  normal  0.104761 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3024  dihydrouridine synthase, DuS  41.69 
 
 
335 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2338  putative tRNA-dihydrouridine synthase C, DuS  42.77 
 
 
340 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135158  normal  0.172582 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1057  dihydrouridine synthase, DuS  43.51 
 
 
325 aa  252  6e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5201  dihydrouridine synthase DuS  43.93 
 
 
329 aa  252  7e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2004  tRNA-dihydrouridine synthase  42.59 
 
 
350 aa  248  1e-64  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1304  RecR protein  42.63 
 
 
318 aa  247  2e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00113352  normal  0.0322688 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34320  tRNA-dihydrouridine synthase C  46.05 
 
 
326 aa  246  4.9999999999999997e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2307  dihydrouridine synthase, DuS  42.59 
 
 
340 aa  245  9e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.936931 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2169  dihydrouridine synthase family protein  41.67 
 
 
317 aa  240  2e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.506844  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2126  dihydrouridine synthase DuS  43.69 
 
 
339 aa  239  5e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0242432 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2324  dihydrouridine synthase, DuS  40.19 
 
 
323 aa  239  5.999999999999999e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1998  dihydrouridine synthase DuS  44.63 
 
 
336 aa  236  3e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.774292  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1979  dihydrouridine synthase, DuS  41.33 
 
 
321 aa  236  3e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.160423 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0624  tRNA-dihydrouridine synthase C  65.61 
 
 
158 aa  228  9e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.011604  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0691  dihydrouridine synthase, DuS  45.05 
 
 
340 aa  218  1e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3625  dihydrouridine synthase DuS  36.63 
 
 
335 aa  217  2e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000203836  decreased coverage  0.0000000672077 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0623  hypothetical protein  51.82 
 
 
157 aa  157  2e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.114513  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  37.65 
 
 
342 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.09 
 
 
357 aa  149  6e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.71 
 
 
350 aa  145  8.000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.55 
 
 
337 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.51 
 
 
335 aa  144  3e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  30.87 
 
 
335 aa  142  8e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  28.4 
 
 
335 aa  141  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  37.66 
 
 
334 aa  140  1.9999999999999998e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  30.56 
 
 
335 aa  141  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  35.98 
 
 
319 aa  140  3e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.06 
 
 
351 aa  140  3e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.56 
 
 
330 aa  140  3e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.75 
 
 
321 aa  140  3e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  34.47 
 
 
330 aa  139  3.9999999999999997e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.83 
 
 
362 aa  139  6e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  34.08 
 
 
349 aa  138  1e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  31.95 
 
 
362 aa  138  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.34 
 
 
324 aa  138  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>