More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CNA04140 on replicon NC_006670
Organism: Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_006670  CNA04140  tRNA dihydrouridine synthase, putative  100 
 
 
610 aa  1258    Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.663253  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_58121  predicted protein  41.65 
 
 
415 aa  304  3.0000000000000004e-81  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00956  dihydrouridine synthase family protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G16550)  45.67 
 
 
563 aa  291  3e-77  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.89496 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_3755  predicted protein  42.32 
 
 
307 aa  252  2e-65  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.278 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_3015  predicted protein  36.63 
 
 
233 aa  174  5.999999999999999e-42  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.420944  n/a   
 
 
-
 
NC_011692  PHATRDRAFT_4048  predicted protein  35.29 
 
 
229 aa  132  2.0000000000000002e-29  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.413268  n/a   
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_4049  predicted protein  35.29 
 
 
229 aa  132  2.0000000000000002e-29  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0150728  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_33532  dihydrouridine synthase  31.27 
 
 
369 aa  129  2.0000000000000002e-28  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.056699  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1003  hypothetical protein  32.12 
 
 
323 aa  128  3e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  36.67 
 
 
325 aa  126  1e-27  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  41.28 
 
 
319 aa  120  9e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  36.02 
 
 
324 aa  120  9e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.33 
 
 
321 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.44 
 
 
357 aa  117  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.56 
 
 
350 aa  116  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  29.65 
 
 
325 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  32.91 
 
 
308 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2154  dihydrouridine synthase, DuS  29.48 
 
 
318 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.000009638  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  40.34 
 
 
334 aa  114  7.000000000000001e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.59 
 
 
348 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.45 
 
 
326 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.55 
 
 
337 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  37.93 
 
 
349 aa  111  3e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  36.36 
 
 
326 aa  112  3e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  36.36 
 
 
326 aa  112  3e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.1 
 
 
356 aa  109  1e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.44 
 
 
322 aa  109  1e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  39.01 
 
 
351 aa  108  2e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  33.93 
 
 
352 aa  108  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.23 
 
 
330 aa  108  3e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  30.83 
 
 
330 aa  108  4e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  30.94 
 
 
347 aa  107  5e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.42 
 
 
325 aa  107  5e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1635  hypothetical protein  34.25 
 
 
326 aa  107  8e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.270741 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.43 
 
 
324 aa  107  8e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_12384  predicted protein  36.87 
 
 
231 aa  107  8e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.29 
 
 
320 aa  106  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2859  dihydrouridine synthase, DuS  36.84 
 
 
308 aa  106  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.748261  hitchhiker  0.0000000322781 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.14 
 
 
351 aa  106  1e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  32.41 
 
 
347 aa  105  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.95 
 
 
351 aa  104  4e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  30.56 
 
 
320 aa  103  1e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  36.26 
 
 
332 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21571  putative nitrogen regulation protein NifR3 family protein  38.89 
 
 
336 aa  103  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0855264 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  36.26 
 
 
332 aa  103  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.57 
 
 
353 aa  102  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  33.33 
 
 
347 aa  102  2e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.68 
 
 
354 aa  102  2e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  38.07 
 
 
332 aa  102  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  31.22 
 
 
333 aa  102  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  32.84 
 
 
362 aa  102  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.35 
 
 
336 aa  102  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.25 
 
 
328 aa  102  3e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.35 
 
 
336 aa  102  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2242  dihydrouridine synthase, DuS  32.99 
 
 
309 aa  102  3e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000197491  hitchhiker  0.000869385 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1303  NifR3/Smm1 family protein  36.31 
 
 
322 aa  101  4e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0734085 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2261  dihydrouridine synthase, DuS  35.2 
 
 
315 aa  101  4e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.214187  normal  0.298412 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2452  dihydrouridine synthase, DuS  35.2 
 
 
315 aa  101  5e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.334795  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  35.52 
 
 
322 aa  100  6e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1501  dihydrouridine synthase DuS  33.33 
 
 
319 aa  100  6e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.944581  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  35.76 
 
 
331 aa  100  6e-20  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2006  NifR3/Smm1 family protein  34.64 
 
 
315 aa  100  7e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0283  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40 
 
 
334 aa  100  7e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.07 
 
 
347 aa  100  8e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  33.04 
 
 
332 aa  100  8e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.23 
 
 
343 aa  100  8e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  29.36 
 
 
317 aa  100  9e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2246  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.09 
 
 
330 aa  99.8  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.3377  normal  0.126861 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  37.21 
 
 
341 aa  100  1e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2333  dihydrouridine synthase, DuS  35.67 
 
 
315 aa  99.8  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.108163  normal  0.0297059 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.27 
 
 
327 aa  99.4  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  34.66 
 
 
343 aa  99  2e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.52 
 
 
321 aa  99  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.27 
 
 
352 aa  99  2e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.88 
 
 
362 aa  99  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4068  putative tRNA-dihydrouridine synthase (nitrogen regulation protein nifR3)  37.06 
 
 
317 aa  99  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.417237 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.8 
 
 
370 aa  99.4  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  30.8 
 
 
334 aa  99.4  2e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_23375  predicted protein  31.05 
 
 
323 aa  98.6  3e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.0000883702  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2279  dihydrouridine synthase, DuS  27.55 
 
 
314 aa  98.2  3e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1882  dihydrouridine synthase, DuS  36.09 
 
 
319 aa  98.2  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2388  dihydrouridine synthase, DuS  34.83 
 
 
319 aa  98.6  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0313315  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0800  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.39 
 
 
363 aa  99  3e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.873611  normal  0.99103 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  33.03 
 
 
324 aa  98.2  4e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1786  dihydrouridine synthase DuS  34.5 
 
 
315 aa  98.2  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000927227 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.36 
 
 
317 aa  98.2  4e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  33.03 
 
 
324 aa  98.2  4e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2727  dihydrouridine synthase, DuS  33.92 
 
 
318 aa  98.2  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.165844  normal  0.161387 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  35.39 
 
 
333 aa  97.4  6e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.93 
 
 
327 aa  97.4  7e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  32.5 
 
 
319 aa  97.1  9e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2886  dihydrouridine synthase, DuS  34.5 
 
 
319 aa  96.7  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.014767  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0453  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.84 
 
 
321 aa  96.3  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000154281  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0386  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.84 
 
 
321 aa  96.3  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000879086  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1847  dihydrouridine synthase DuS  33.53 
 
 
340 aa  96.3  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323112  normal  0.104761 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5928  NifR3 family TIM-barrel protein  34.5 
 
 
358 aa  96.7  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.12 
 
 
327 aa  96.7  1e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  34.74 
 
 
318 aa  96.7  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  29.89 
 
 
335 aa  95.9  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  33.03 
 
 
332 aa  95.9  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>