211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0446 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0446  multi anti extrusion protein MatE  100 
 
 		 455 aa  882    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3760  MATE efflux family protein  34.69 
 
 		 464 aa  221  3e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0299  MATE efflux family protein  32.81 
 
 		 456 aa  205  1e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000180901  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0691  MATE efflux family protein  30.21 
 
 		 450 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1506  MATE efflux family protein  31.8 
 
 		 450 aa  192  8e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0651  MATE efflux family protein  31.48 
 
 		 446 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000388571  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0645  DcuC protein  29.84 
 
 		 439 aa  186  1.0000000000000001e-45  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0078  mate efflux family protein  28.9 
 
 		 439 aa  178  2e-43  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.129262  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1343  MATE efflux family protein  28.7 
 
 		 464 aa  177  5e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000317655  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1094  MATE efflux family protein  28.7 
 
 		 464 aa  176  5e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000923462  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1082  efflux protein  28.07 
 
 		 464 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000125629  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1239  MATE efflux family protein  28.07 
 
 		 464 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.238085  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1266  MATE efflux family protein  28.31 
 
 		 464 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4103  Na+ driven multidrug efflux pump  28.07 
 
 		 463 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0660054  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1106  MATE efflux family protein  28.07 
 
 		 464 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1088  efflux protein  28.07 
 
 		 464 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000024435  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1196  MATE efflux family protein  28.07 
 
 		 464 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000655029  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1305  MATE efflux family protein  28.07 
 
 		 464 aa  173  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.40401  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0901  MATE efflux family protein  27.09 
 
 		 463 aa  173  6.999999999999999e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000627796  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0536  mate efflux family protein  25.87 
 
 		 440 aa  169  1e-40  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18490  MATE efflux family protein  28.86 
 
 		 442 aa  166  5e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000174233  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0648  mate efflux family protein  25.18 
 
 		 440 aa  152  1e-35  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.849411  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1050  MATE efflux family protein  27.25 
 
 		 438 aa  143  5e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0807602  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000940  Na+ driven multidrug efflux pump  26.47 
 
 		 446 aa  140  3.9999999999999997e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000926882  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0722  MATE efflux family protein  27.25 
 
 		 438 aa  140  4.999999999999999e-32  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0500546  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0648  MATE efflux family protein  26.8 
 
 		 438 aa  138  2e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0795  conserved hypothetical integral membrane protein, MATE family efflux protein  24.43 
 
 		 438 aa  133  5e-30  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.472325  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06935  Na+-driven multidrug efflux pump  26.08 
 
 		 446 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0649  MATE efflux family protein  27.84 
 
 		 453 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3656  MATE efflux family protein  28.24 
 
 		 453 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3779  MATE efflux family protein  27.31 
 
 		 453 aa  123  9e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3485  MATE efflux family protein  27.61 
 
 		 453 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3589  MATE efflux family protein  27.45 
 
 		 476 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3187  MATE efflux family protein  27.67 
 
 		 486 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3315  MATE efflux family protein  28.29 
 
 		 456 aa  117  5e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0802  MATE efflux family protein  27.71 
 
 		 453 aa  116  8.999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0638  MATE efflux family protein  28.04 
 
 		 456 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0009  multi antimicrobial extrusion protein MatE  23.19 
 
 		 555 aa  97.1  6e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.64807  hitchhiker  0.000313529 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7312  hypothetical protein  25.55 
 
 		 458 aa  95.9  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2872  hypothetical protein  23.56 
 
 		 474 aa  92.8  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0273189  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3692  MATE efflux family protein  25.65 
 
 		 461 aa  92.8  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000025823  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1694  hypothetical protein  22.57 
 
 		 474 aa  92  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.832751  normal  0.156755 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2504  hypothetical protein  22.57 
 
 		 474 aa  91.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0192343  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0762  MATE efflux family protein  22.58 
 
 		 458 aa  91.3  3e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2407  hypothetical protein  22.57 
 
 		 476 aa  91.7  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.149109  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1531  hypothetical protein  23.52 
 
 		 478 aa  89.4  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1504  hypothetical protein  21.81 
 
 		 502 aa  89.4  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.969676  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1590  hypothetical protein  23.67 
 
 		 476 aa  88.6  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00267858  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1139  hypothetical protein  24.89 
 
 		 484 aa  88.2  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000023845  hitchhiker  0.0000334983 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1659  hypothetical protein  24.68 
 
 		 495 aa  88.2  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.000000439345  normal  0.0451104 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0113  MATE efflux family protein  24.18 
 
 		 464 aa  87.8  4e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2108  hypothetical protein  24.68 
 
 		 546 aa  87.4  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  6.24671e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0111  MATE efflux family protein  24.18 
 
 		 464 aa  87.8  4e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0279  MATE efflux family protein  20.96 
 
 		 445 aa  87  7e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01896  predicted multidrug efflux system  24.68 
 
 		 547 aa  86.7  9e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0202846  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1669  MATE efflux family protein  24.68 
 
 		 495 aa  86.3  9e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000135228  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01885  hypothetical protein  24.68 
 
 		 547 aa  86.7  9e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0187925  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2267  hypothetical protein  24.68 
 
 		 546 aa  86.7  9e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000010697  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2829  hypothetical protein  24.68 
 
 		 484 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000399298  normal  0.437543 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3106  hypothetical protein  24.73 
 
 		 484 aa  84.7  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.20256 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2295  MATE efflux family protein  23.72 
 
 		 475 aa  84  0.000000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00026572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2306  MATE efflux family protein  21.67 
 
 		 469 aa  82.8  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.30452  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4087  MATE efflux family protein  25.39 
 
 		 447 aa  82  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3993  MATE efflux family protein  25.39 
 
 		 447 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1199  MATE efflux family protein  21.48 
 
 		 450 aa  80.9  0.00000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0538393  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3565  MATE efflux family protein  24.01 
 
 		 452 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03157  hypothetical protein  29.04 
 
 		 455 aa  80.5  0.00000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.367645 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2542  MATE efflux family protein  26.9 
 
 		 459 aa  80.1  0.00000000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0591  MATE efflux family protein  20.34 
 
 		 438 aa  77.8  0.0000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2574  hypothetical protein  23.53 
 
 		 480 aa  76.6  0.0000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0441  MATE efflux family protein  24.54 
 
 		 446 aa  76.6  0.0000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000223642  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0991  MATE efflux family protein  22.95 
 
 		 475 aa  75.5  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000156724  normal  0.091152 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1252  MATE efflux family protein  23.83 
 
 		 445 aa  75.5  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000131388  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3962  multi antimicrobial extrusion protein  28.08 
 
 		 492 aa  75.1  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.789789  normal  0.0338284 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2237  MATE efflux family protein  24.5 
 
 		 469 aa  74.7  0.000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000615121  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3129  MATE efflux family protein  24.92 
 
 		 452 aa  73.6  0.000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4169  MATE efflux family protein  28.89 
 
 		 455 aa  73.6  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4281  MATE efflux family protein  28.89 
 
 		 455 aa  73.6  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.711709 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1132  mate efflux family protein  22.8 
 
 		 446 aa  72.8  0.00000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0193769  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2343  MATE efflux family protein  22.73 
 
 		 464 aa  72.4  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000238189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4055  MATE efflux family protein  25.61 
 
 		 483 aa  72  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0254154 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0358  multi anti extrusion protein MatE  23.36 
 
 		 452 aa  70.1  0.00000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000377442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2358  MATE efflux family protein  20.82 
 
 		 467 aa  69.3  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0147  MATE efflux family protein  23.36 
 
 		 462 aa  69.7  0.0000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000317216  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0999  MATE efflux family protein  25.17 
 
 		 473 aa  68.9  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2333  MATE efflux family protein  22.99 
 
 		 456 aa  68.9  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7238  MATE efflux family protein  25.57 
 
 		 450 aa  67.8  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.866766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0693  MATE efflux family protein  26.52 
 
 		 489 aa  67.8  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.266905 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2243  MATE efflux family protein  25.58 
 
 		 468 aa  67.8  0.0000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2173  MATE efflux family protein  22.83 
 
 		 481 aa  67.4  0.0000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.843006 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0162  multi anti extrusion protein MatE  29.95 
 
 		 449 aa  66.2  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1058  MATE efflux family protein  20.37 
 
 		 453 aa  65.1  0.000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1418  MATE efflux family protein  25.31 
 
 		 462 aa  65.1  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05890  putative efflux protein, MATE family  28.19 
 
 		 472 aa  63.9  0.000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0187  MATE efflux family protein  28.18 
 
 		 449 aa  64.3  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3642  multi anti extrusion protein MatE  25.23 
 
 		 496 aa  63.5  0.000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.104533  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3276  MATE efflux family protein  25.26 
 
 		 457 aa  63.2  0.000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000381455  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4400  MATE efflux family protein  23.21 
 
 		 453 aa  62.4  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0121801  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0875  mate efflux family protein  22.57 
 
 		 446 aa  62  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1116  MATE efflux family protein  21.83 
 
 		 456 aa  62.4  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>