179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0556 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU2914  NHL repeat-containing protein  60.44 
 
 		 898 aa  1083    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0718376  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0556  NHL repeat-containing protein  100 
 
 		 899 aa  1776    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3430  hypothetical protein  41.93 
 
 		 913 aa  677    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.836468  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0496  NHL repeat-containing protein  44.44 
 
 		 937 aa  617  1e-175  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2885  NHL repeat-containing protein  41.37 
 
 		 888 aa  607  9.999999999999999e-173  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1836  NHL repeat-containing protein  40.52 
 
 		 906 aa  548  1e-154  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3058  NHL repeat protein  38.44 
 
 		 404 aa  249  1e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1192  NHL repeat containing protein  38.4 
 
 		 405 aa  248  3e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0070  APHP domain-containing protein  39.14 
 
 		 1951 aa  205  3e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3989  hypothetical protein  35.06 
 
 		 2528 aa  185  4.0000000000000006e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1320  hypothetical protein  41.38 
 
 		 777 aa  170  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000232638  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0292  fibronectin type III domain-containing protein  38.69 
 
 		 916 aa  160  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.525273  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1242  hypothetical protein  37.34 
 
 		 549 aa  156  2e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.74975e-30 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0756  polymorphic outer membrane protein  33.99 
 
 		 2042 aa  148  5e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.442384  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1345  NHL repeat containing protein  32.58 
 
 		 676 aa  123  9.999999999999999e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.871064 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0767  hypothetical protein  31.84 
 
 		 1804 aa  123  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2630  PKD domain containing protein  32.06 
 
 		 930 aa  117  8.999999999999998e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.668358  decreased coverage  0.0001414 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1161  hypothetical protein  29.68 
 
 		 1902 aa  116  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.125794  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0416  hypothetical protein  30.8 
 
 		 346 aa  110  9.000000000000001e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0322809  normal  0.695963 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0423  NHL repeat containing protein  29.09 
 
 		 831 aa  108  3e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0378567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1371  hypothetical protein  31.54 
 
 		 1588 aa  106  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2912  hypothetical protein  32.91 
 
 		 1585 aa  106  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000198492 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2369  NHL repeat containing protein  29.7 
 
 		 579 aa  104  9e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.547997 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1474  NHL repeat containing protein  29.79 
 
 		 668 aa  103  1e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0914572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0755  Carbohydrate binding family 6  33.46 
 
 		 627 aa  101  7e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.40711 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3620  putative surface layer protein  25.08 
 
 		 752 aa  96.7  2e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1601  NHL repeat-containing protein  33.67 
 
 		 491 aa  96.3  2e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0447928  normal  0.136115 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2452  Fibronectin type III domain protein  35.29 
 
 		 696 aa  95.5  4e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1167  hypothetical protein  30.51 
 
 		 588 aa  94.4  8e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.233122  normal  0.0121867 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3066  hypothetical protein  29.62 
 
 		 3925 aa  94.4  8e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.455665 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3159  NHL repeat containing protein  29.36 
 
 		 372 aa  94.4  8e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3225  NHL repeat-containing protein  31.56 
 
 		 365 aa  93.2  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40260  hypothetical protein  31.15 
 
 		 2456 aa  93.6  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.702086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1395  NHL repeat containing protein  29.92 
 
 		 391 aa  92.4  3e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.597363 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3022  hypothetical protein  32.49 
 
 		 3586 aa  90.5  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2986  PA14 domain-containing protein  34.98 
 
 		 1293 aa  90.1  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3412  hypothetical protein  30.68 
 
 		 2625 aa  89.7  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1869  NHL repeat-containing protein  28.08 
 
 		 353 aa  89.4  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0563587 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1421  NHL repeat containing protein  35.62 
 
 		 930 aa  89  4e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.368909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2631  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.86 
 
 		 343 aa  87  0.000000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.118189  hitchhiker  0.000564983 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3838  NHL repeat-containing protein  26.95 
 
 		 360 aa  86.7  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000127539  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0840  NHL repeat containing protein  32.21 
 
 		 390 aa  86.3  0.000000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0361513  normal  0.0920788 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0581  PKD domain protein  28.52 
 
 		 1461 aa  86.7  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1945  fibronectin type III domain-containing protein  28.96 
 
 		 1047 aa  85.9  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.771273  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1920  NHL repeat-containing protein  26.13 
 
 		 343 aa  85.9  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00542747  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4135  NHL repeat-containing protein  29.06 
 
 		 368 aa  85.1  0.000000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2074  NHL repeat containing protein  27.59 
 
 		 522 aa  84  0.00000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.614793 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1389  periplasmic copper-binding  33.96 
 
 		 709 aa  84  0.00000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0136597  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0754  fibronectin type III domain-containing protein  29.36 
 
 		 2192 aa  82.4  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1788  NHL repeat-containing protein  24.66 
 
 		 354 aa  82.4  0.00000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.565326  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1796  Fibronectin type III domain protein  32.68 
 
 		 694 aa  79.7  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.303311  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4124  NHL repeat-containing protein  28.51 
 
 		 359 aa  80.1  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.640446 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0355  NHL repeat-containing protein  28.19 
 
 		 1030 aa  79  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.64892  normal  0.0641589 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0742  NHL repeat-containing protein  24.91 
 
 		 355 aa  79  0.0000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.150031  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0357  NHL repeat containing protein  24.32 
 
 		 700 aa  79  0.0000000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.18335e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2886  large repetitive protein  27.75 
 
 		 3824 aa  78.2  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.659132 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2903  large repetitive protein  28.09 
 
 		 3721 aa  77.8  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4380  hypothetical protein  29.8 
 
 		 3923 aa  77.8  0.0000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2658  hypothetical protein  28.5 
 
 		 4689 aa  77  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4062  hypothetical protein  29.74 
 
 		 711 aa  77  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1379  NHL repeat-containing protein  27.51 
 
 		 319 aa  76.6  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0368543 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1475  regulator of chromosome condensation, RCC1  30.88 
 
 		 1919 aa  76.3  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3109  NHL repeat containing protein  29.39 
 
 		 355 aa  76.3  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2835  VCBS repeat-containing protein  27.75 
 
 		 3824 aa  75.5  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2755  NHL repeat-containing protein  28.96 
 
 		 347 aa  75.1  0.000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2905  large repetitive protein  27.58 
 
 		 3824 aa  73.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0258  NHL repeat-containing protein  29.28 
 
 		 343 aa  72.8  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4004  ABC transporter related protein  32.16 
 
 		 639 aa  73.6  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.774502  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3017  VCBS repeat-containing protein  27.41 
 
 		 3739 aa  73.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2897  NHL repeat-containing protein  27.88 
 
 		 363 aa  72.4  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.645365  normal  0.499228 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4515  APHP domain-containing protein  27.56 
 
 		 5743 aa  72.4  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1273  NHL repeat containing protein  27.72 
 
 		 387 aa  72  0.00000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.349999  normal  0.851657 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2818  hypothetical protein  29.17 
 
 		 392 aa  71.6  0.00000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.587259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2758  NHL repeat-containing protein  27.66 
 
 		 396 aa  71.6  0.00000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0747  hypothetical protein  43.48 
 
 		 1241 aa  71.2  0.00000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2325  YD repeat-containing protein  31.82 
 
 		 6109 aa  70.9  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0257646 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0617  NHL repeat-containing protein  26.34 
 
 		 361 aa  69.7  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0567002  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0779  periplasmic copper-binding protein  21.56 
 
 		 1332 aa  69.7  0.0000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.195346  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0600  hypothetical protein  33.68 
 
 		 531 aa  70.1  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.631026 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1325  YD repeat protein  27.27 
 
 		 2350 aa  69.7  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6371  hypothetical protein  29.41 
 
 		 3736 aa  67.8  0.0000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0923  NHL repeat-containing protein  25.27 
 
 		 379 aa  67.4  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2282  NHL repeat containing protein  31.61 
 
 		 373 aa  67  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.11837 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0994  hypothetical protein  28.24 
 
 		 4874 aa  66.6  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0153  APHP domain protein  23.96 
 
 		 1224 aa  66.6  0.000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2914  NHL repeat-containing protein  26.38 
 
 		 315 aa  66.6  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0477  NHL repeat-containing protein  31.45 
 
 		 525 aa  66.6  0.000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.176502 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0044  hypothetical protein  28.76 
 
 		 2117 aa  66.2  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0970  hypothetical protein  36.17 
 
 		 983 aa  65.5  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.351823  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4764  NHL repeat-containing protein  29.68 
 
 		 284 aa  63.9  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2296  hypothetical protein  29.84 
 
 		 684 aa  63.5  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6074  hypothetical protein  27.29 
 
 		 3734 aa  63.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0256  NHL repeat-containing protein  27.78 
 
 		 384 aa  63.5  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1001  C-type lectin domain-containing protein  28.55 
 
 		 3325 aa  63.2  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  26.56 
 
 		 1834 aa  62.4  0.00000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3162  NHL repeat containing protein  25.41 
 
 		 395 aa  62.4  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0762  hypothetical protein  28.54 
 
 		 1439 aa  62  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00323253  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0242  NHL repeat-containing protein  33.04 
 
 		 1146 aa  62  0.00000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00900908 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2327  fibronectin, type III domain-containing protein  30.05 
 
 		 482 aa  61.6  0.00000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00610541  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0422  hypothetical protein  32.63 
 
 		 1068 aa  60.8  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.248115  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>