142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0256 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0256  NHL repeat-containing protein  100 
 
 		 384 aa  777    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2758  NHL repeat-containing protein  39.56 
 
 		 396 aa  266  4e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3162  NHL repeat containing protein  36.89 
 
 		 395 aa  256  3e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3112  NHL repeat containing protein  37.85 
 
 		 436 aa  246  6e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0923  NHL repeat-containing protein  41.16 
 
 		 379 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3222  NHL repeat-containing protein  36.89 
 
 		 412 aa  233  3e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4135  NHL repeat-containing protein  36.25 
 
 		 368 aa  169  1e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1869  NHL repeat-containing protein  37.07 
 
 		 353 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0563587 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0258  NHL repeat-containing protein  32.13 
 
 		 343 aa  147  3e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1920  NHL repeat-containing protein  30.41 
 
 		 343 aa  144  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00542747  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3225  NHL repeat-containing protein  32.29 
 
 		 365 aa  143  6e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2755  NHL repeat-containing protein  28.62 
 
 		 347 aa  142  9e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3109  NHL repeat containing protein  32.03 
 
 		 355 aa  137  4e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3838  NHL repeat-containing protein  31.02 
 
 		 360 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000127539  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1788  NHL repeat-containing protein  31.06 
 
 		 354 aa  134  3e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.565326  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2897  NHL repeat-containing protein  28.99 
 
 		 363 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.645365  normal  0.499228 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0742  NHL repeat-containing protein  34.6 
 
 		 355 aa  127  3e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.150031  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0617  NHL repeat-containing protein  28.84 
 
 		 361 aa  123  6e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0567002  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3159  NHL repeat containing protein  27.04 
 
 		 372 aa  123  6e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1474  NHL repeat containing protein  34.43 
 
 		 668 aa  118  9.999999999999999e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0914572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0746  NHL repeat-containing protein  28.42 
 
 		 418 aa  118  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0423  NHL repeat containing protein  33.06 
 
 		 831 aa  117  5e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0378567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2630  PKD domain containing protein  31.05 
 
 		 930 aa  114  3e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.668358  decreased coverage  0.0001414 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1345  NHL repeat containing protein  26.39 
 
 		 676 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.871064 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1601  NHL repeat-containing protein  29.96 
 
 		 491 aa  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0447928  normal  0.136115 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0416  hypothetical protein  30.58 
 
 		 346 aa  108  1e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0322809  normal  0.695963 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3620  putative surface layer protein  29.28 
 
 		 752 aa  100  4e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2369  NHL repeat containing protein  29.27 
 
 		 579 aa  96.3  8e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.547997 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1379  NHL repeat-containing protein  30.27 
 
 		 319 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0368543 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1395  NHL repeat containing protein  27.01 
 
 		 391 aa  94  5e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.597363 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2986  PA14 domain-containing protein  27.56 
 
 		 1293 aa  93.2  8e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0840  NHL repeat containing protein  32.85 
 
 		 390 aa  92  1e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0361513  normal  0.0920788 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4124  NHL repeat-containing protein  26.57 
 
 		 359 aa  92.4  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.640446 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1273  NHL repeat containing protein  27.51 
 
 		 387 aa  92.4  1e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.349999  normal  0.851657 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2074  NHL repeat containing protein  29.36 
 
 		 522 aa  91.3  2e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.614793 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2150  hypothetical protein  34.48 
 
 		 321 aa  88.6  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.909302 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1167  hypothetical protein  30.57 
 
 		 588 aa  88.2  2e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.233122  normal  0.0121867 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2631  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.61 
 
 		 343 aa  88.2  2e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.118189  hitchhiker  0.000564983 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0755  Carbohydrate binding family 6  27.38 
 
 		 627 aa  88.6  2e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.40711 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0242  NHL repeat-containing protein  29.58 
 
 		 1146 aa  87.4  4e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00900908 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1050  NHL repeat-containing protein  30.81 
 
 		 318 aa  85.9  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.400914  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2137  hypothetical protein  31.76 
 
 		 322 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.982688 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1421  NHL repeat containing protein  31.72 
 
 		 930 aa  85.1  0.000000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.368909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1132  hypothetical protein  31.58 
 
 		 323 aa  84.7  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.425317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1389  periplasmic copper-binding  25.68 
 
 		 709 aa  85.1  0.000000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0136597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2135  hypothetical protein  31.21 
 
 		 326 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0355  NHL repeat-containing protein  29.27 
 
 		 1030 aa  83.2  0.000000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.64892  normal  0.0641589 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0293  NHL repeat-containing protein  27.23 
 
 		 1163 aa  80.9  0.00000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.368653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0477  NHL repeat-containing protein  28.37 
 
 		 525 aa  80.9  0.00000000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.176502 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1056  NHL repeat-containing protein  31.98 
 
 		 328 aa  80.1  0.00000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2818  hypothetical protein  28.65 
 
 		 392 aa  79.7  0.00000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.587259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4764  NHL repeat-containing protein  31.69 
 
 		 284 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2878  hypothetical protein  27.05 
 
 		 364 aa  76.6  0.0000000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.461679  normal  0.172876 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2282  NHL repeat containing protein  28.8 
 
 		 373 aa  75.9  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.11837 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1869  NHL repeat containing protein  26.62 
 
 		 307 aa  75.1  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2914  NHL repeat-containing protein  31.71 
 
 		 898 aa  74.3  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0718376  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3865  NHL repeat-containing protein  27.4 
 
 		 1177 aa  73.2  0.000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2816  NHL repeat-containing protein  27.92 
 
 		 386 aa  70.1  0.00000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.306413  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0357  NHL repeat containing protein  24.32 
 
 		 700 aa  67.4  0.0000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.18335e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4004  ABC transporter related protein  29.78 
 
 		 639 aa  65.9  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.774502  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4759  NHL repeat-containing protein  32.79 
 
 		 211 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1960  Carbohydrate binding family 6  26.13 
 
 		 786 aa  65.5  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0676284  normal  0.0447838 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2158  NHL repeat-containing protein  26.38 
 
 		 1750 aa  64.7  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0556  NHL repeat-containing protein  27.78 
 
 		 899 aa  64.3  0.000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3219  hypothetical protein  28.85 
 
 		 318 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.116128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3475  NHL repeat protein  40.28 
 
 		 1140 aa  63.5  0.000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2296  hypothetical protein  23.04 
 
 		 684 aa  63.2  0.000000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0728  serine/threonine protein kinase  29.55 
 
 		 683 aa  62.8  0.000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0241  tetratricopeptide repeat domain protein  29.45 
 
 		 668 aa  62.8  0.00000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.113606  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0433  NHL domain/cytochrome c family protein  29.82 
 
 		 930 aa  61.2  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.102411  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2885  NHL repeat-containing protein  26.6 
 
 		 888 aa  59.7  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3024  TPR repeat-containing protein  28.68 
 
 		 1230 aa  58.9  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.446617  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  29.22 
 
 		 1834 aa  58.2  0.0000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4570  NHL repeat containing protein  27.84 
 
 		 353 aa  58.5  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.532406 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1047  fibronectin type III domain-containing protein  25.22 
 
 		 903 aa  58.5  0.0000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0086  NHL repeat-containing protein  34.58 
 
 		 680 aa  57.8  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00583  hypothetical protein  29.49 
 
 		 472 aa  57.4  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.718247  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1836  NHL repeat-containing protein  27.05 
 
 		 906 aa  56.2  0.0000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2265  NHL repeat-containing protein  26.4 
 
 		 963 aa  56.2  0.0000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.397951  normal  0.439164 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1861  Phage tail protein  27.75 
 
 		 747 aa  55.5  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1988  hypothetical protein  28.82 
 
 		 322 aa  55.8  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4618  NHL repeat-containing protein  25.77 
 
 		 1026 aa  55.8  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3058  NHL repeat protein  26.92 
 
 		 404 aa  56.2  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7086  serine/threonine protein kinase  25.32 
 
 		 732 aa  54.3  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2854  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  27.61 
 
 		 1292 aa  54.3  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0274394  normal  0.093276 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0567  Redoxin domain protein  26.25 
 
 		 498 aa  54.7  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0422  hypothetical protein  21.74 
 
 		 1068 aa  54.3  0.000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.248115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0556  immunoglobulin I-set domain-containing protein  28.65 
 
 		 1130 aa  53.9  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.329662  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2505  NHL repeat-containing protein  30.32 
 
 		 315 aa  53.5  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.990992  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1718  NHL repeat-containing protein  24.15 
 
 		 487 aa  53.5  0.000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1192  NHL repeat containing protein  26.07 
 
 		 405 aa  53.9  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2914  NHL repeat-containing protein  28.57 
 
 		 315 aa  53.9  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0177  NHL repeat containing protein  29.09 
 
 		 716 aa  53.5  0.000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0496  NHL repeat-containing protein  23.46 
 
 		 937 aa  53.5  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13557  hypothetical protein  25.63 
 
 		 343 aa  53.5  0.000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000762607 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4723  NHL repeat containing protein  31.9 
 
 		 1079 aa  53.5  0.000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.645184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7288  serine/threonine protein kinase  30.94 
 
 		 807 aa  53.1  0.000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.134567  normal  0.30608 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4750  NHL repeat-containing protein  28.69 
 
 		 279 aa  52.8  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869111  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0408  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.97 
 
 		 693 aa  52.8  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.785735  normal  0.15039 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2082  NHL repeat containing protein  32.41 
 
 		 660 aa  51.6  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>