160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_3989 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_3989  hypothetical protein  100 
 
 		 2528 aa  5097    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0070  APHP domain-containing protein  47.48 
 
 		 1951 aa  459  1e-127  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0460  FG-GAP repeat-containing protein  28.7 
 
 		 2474 aa  335  7.000000000000001e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1320  hypothetical protein  46.92 
 
 		 777 aa  228  9e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000232638  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0767  hypothetical protein  44.64 
 
 		 1804 aa  219  7e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4515  APHP domain-containing protein  29.63 
 
 		 5743 aa  218  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0756  polymorphic outer membrane protein  47.92 
 
 		 2042 aa  214  2e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.442384  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1242  hypothetical protein  44.4 
 
 		 549 aa  208  9e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.74975e-30 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1161  hypothetical protein  38.78 
 
 		 1902 aa  187  2.0000000000000003e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.125794  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2914  NHL repeat-containing protein  37.54 
 
 		 898 aa  185  8.000000000000001e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0718376  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0556  NHL repeat-containing protein  34.04 
 
 		 899 aa  185  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0292  fibronectin type III domain-containing protein  42.08 
 
 		 916 aa  177  1.9999999999999998e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.525273  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0754  fibronectin type III domain-containing protein  37.98 
 
 		 2192 aa  162  1e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2912  hypothetical protein  38.22 
 
 		 1585 aa  146  5e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000198492 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0496  NHL repeat-containing protein  35.44 
 
 		 937 aa  144  1.9999999999999998e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1371  hypothetical protein  37.69 
 
 		 1588 aa  141  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2885  NHL repeat-containing protein  34.97 
 
 		 888 aa  131  1.0000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3022  hypothetical protein  34.11 
 
 		 3586 aa  127  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2572  hypothetical protein  27.01 
 
 		 1608 aa  107  4e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1836  NHL repeat-containing protein  32.37 
 
 		 906 aa  107  4e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0455  hypothetical protein  30.69 
 
 		 957 aa  105  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1097  Kelch repeat-containing protein  28.43 
 
 		 1557 aa  102  8e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.612946  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0044  hypothetical protein  31.6 
 
 		 2117 aa  101  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1478  hypothetical protein  28.67 
 
 		 691 aa  98.2  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1998  hypothetical protein  30.59 
 
 		 720 aa  92  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3430  hypothetical protein  27.06 
 
 		 913 aa  90.5  4e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.836468  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0581  PKD domain protein  29.52 
 
 		 1461 aa  87.4  0.000000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3066  hypothetical protein  27.64 
 
 		 3925 aa  84.3  0.00000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.455665 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2658  hypothetical protein  31.06 
 
 		 4689 aa  77.8  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1922  regulator of chromosome condensation RCC1  34.7 
 
 		 1222 aa  75.9  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00199148  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1325  YD repeat protein  25.44 
 
 		 2350 aa  74.3  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0994  hypothetical protein  27.5 
 
 		 4874 aa  73.9  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2544  APHP domain protein  28.29 
 
 		 405 aa  73.9  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1936  APHP domain protein  25.99 
 
 		 1074 aa  73.9  0.00000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.620471  normal  0.229187 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1475  regulator of chromosome condensation, RCC1  28.94 
 
 		 1919 aa  73.6  0.00000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1743  hypothetical protein  29.88 
 
 		 926 aa  72.4  0.0000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.274233  normal  0.78184 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1235  cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  25.36 
 
 		 6885 aa  72  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3140  hypothetical protein  39.07 
 
 		 1213 aa  72  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.242437  normal  0.09538 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1197  hypothetical protein  30.52 
 
 		 631 aa  71.6  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4226  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  24.85 
 
 		 1454 aa  72  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.542738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2325  YD repeat-containing protein  27.06 
 
 		 6109 aa  70.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0257646 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0779  periplasmic copper-binding protein  21.74 
 
 		 1332 aa  69.7  0.0000000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.195346  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0968  cell wall-associated serine proteinase, lactocepin precursor  24.45 
 
 		 1570 aa  68.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2443  squalene-hopene cyclase  30.6 
 
 		 631 aa  68.6  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.78759  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1123  cell wall-associated serine proteinase  23.36 
 
 		 1570 aa  67.8  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.677567  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4475  hypothetical protein  31.38 
 
 		 1121 aa  67.8  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.161774 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2339  APHP domain protein  29.91 
 
 		 2002 aa  67  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3132  hypothetical protein  32.5 
 
 		 739 aa  66.2  0.000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.756366  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3915  hypothetical protein  37.23 
 
 		 1100 aa  65.9  0.000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.341556  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4062  hypothetical protein  26.57 
 
 		 711 aa  64.7  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1799  Fibronectin type III domain protein  29.49 
 
 		 1096 aa  63.5  0.00000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2452  Fibronectin type III domain protein  32.3 
 
 		 696 aa  63.5  0.00000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0673  APHP domain-containing protein  29.93 
 
 		 857 aa  62.8  0.00000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1796  Fibronectin type III domain protein  26.67 
 
 		 694 aa  62.4  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.303311  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0540  hypothetical protein  39.09 
 
 		 500 aa  61.6  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0525494  normal  0.138984 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1474  hypothetical protein  37.25 
 
 		 383 aa  61.6  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0688  squalene-hopene cyclase  30.15 
 
 		 679 aa  60.8  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0586149  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4148  squalene-hopene cyclase  33.1 
 
 		 669 aa  60.8  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146424  normal  0.598571 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1001  C-type lectin domain-containing protein  26.26 
 
 		 3325 aa  60.8  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3219  fibronectin type III domain-containing protein  25.75 
 
 		 2030 aa  60.8  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.341316  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1873  carbohydrate-binding family 6 protein  27.38 
 
 		 1091 aa  60.8  0.0000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00027012  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1462  APHP domain protein  32.62 
 
 		 1378 aa  60.5  0.0000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3320  squalene/oxidosqualene cyclase  29.94 
 
 		 643 aa  59.7  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4113  hypothetical protein  27.66 
 
 		 3562 aa  59.3  0.0000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0537133 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4954  Terpene synthase:squalene cyclase  28.95 
 
 		 673 aa  59.3  0.0000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.58482  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2451  Fibronectin type III domain protein  24.17 
 
 		 1219 aa  58.9  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1720  squalene cyclase  29.96 
 
 		 654 aa  58.9  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0718096 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0153  APHP domain protein  30.33 
 
 		 1224 aa  58.9  0.000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2842  squalene/oxidosqualene cyclase  31.43 
 
 		 647 aa  58.9  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3254  squalene-hopene cyclase  31.43 
 
 		 651 aa  58.5  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3846  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.63 
 
 		 953 aa  58.2  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000882401  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4671  Terpene synthase  30.81 
 
 		 637 aa  57.8  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.965623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4682  hypothetical protein  31.11 
 
 		 523 aa  57.8  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000297224  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2178  Integrins alpha chain  25 
 
 		 883 aa  57.4  0.000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.297382  hitchhiker  0.000212806 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1835  squalene-hopene cyclase  31.43 
 
 		 667 aa  57  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.807169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7146  squalene-hopene cyclase  30.77 
 
 		 663 aa  56.6  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2100  squalene-hopene cyclase  25.75 
 
 		 651 aa  55.5  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1490  squalene-hopene cyclase  25.75 
 
 		 651 aa  55.5  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.761952  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2905  large repetitive protein  25.49 
 
 		 3824 aa  55.5  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1129  squalene-hopene cyclase  25.75 
 
 		 657 aa  55.8  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1409  squalene-hopene cyclase  25.75 
 
 		 657 aa  55.8  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.525884  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3275  squalene-hopene cyclase  25.75 
 
 		 657 aa  55.8  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.140167  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3161  squalene-hopene cyclase  25.75 
 
 		 657 aa  55.8  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2394  squalene-hopene cyclase  25.75 
 
 		 657 aa  55.8  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1020  squalene-hopene cyclase  28.68 
 
 		 679 aa  55.5  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0111507  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1685  squalene-hopene cyclase  28.68 
 
 		 649 aa  55.5  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3017  VCBS repeat-containing protein  26.16 
 
 		 3739 aa  55.5  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2903  large repetitive protein  25.49 
 
 		 3721 aa  55.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0812  squalene-hopene cyclase  23.77 
 
 		 654 aa  54.7  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.158231  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1740  squalene cyclase  31.72 
 
 		 657 aa  55.1  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2835  VCBS repeat-containing protein  25.49 
 
 		 3824 aa  55.1  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2450  APHP  26.63 
 
 		 1619 aa  53.9  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.804574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2886  large repetitive protein  25.27 
 
 		 3824 aa  54.3  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.659132 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2820  Terpene synthase:squalene cyclase  27.21 
 
 		 679 aa  53.9  0.00004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000869721  normal  0.376933 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2359  squalene-hopene cyclase  25.15 
 
 		 657 aa  53.9  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1547  S-layer domain protein  25.23 
 
 		 3320 aa  53.9  0.00004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1226  CUB protein  27.81 
 
 		 1621 aa  53.5  0.00005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.287366  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2233  squalene-hopene cyclase  27.81 
 
 		 684 aa  53.5  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.000414929  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2124  squalene-hopene cyclase  25.27 
 
 		 643 aa  53.1  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.888733  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1783  squalene-hopene cyclase  25.27 
 
 		 643 aa  53.1  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>