113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1720 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA0812  squalene-hopene cyclase  52.37 
 
 		 654 aa  635    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.158231  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2100  squalene-hopene cyclase  64.44 
 
 		 651 aa  878    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4954  Terpene synthase:squalene cyclase  61.6 
 
 		 673 aa  789    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.58482  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2269  terpene synthase/squalene cyclase  78.25 
 
 		 654 aa  1017    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.178212 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1490  squalene-hopene cyclase  64.44 
 
 		 651 aa  878    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.761952  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1320  Terpene synthase/squalene cyclase  51.17 
 
 		 659 aa  654    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0019  Terpene synthase/squalene cyclase  61.49 
 
 		 657 aa  843    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0062  terpene synthase, squalene cyclase  57.32 
 
 		 656 aa  707    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2359  squalene-hopene cyclase  64.32 
 
 		 657 aa  874    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1726  squalene cyclase  83.64 
 
 		 654 aa  1120    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00651785  normal  0.158685 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1720  squalene cyclase  100 
 
 		 654 aa  1347    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0718096 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0012  Terpene synthase  64.32 
 
 		 678 aa  839    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.131219  normal  0.786968 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3573  squalene cyclase  83.64 
 
 		 654 aa  1142    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.191218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2682  squalene cyclase  79.06 
 
 		 654 aa  1034    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.145002  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4148  squalene-hopene cyclase  61.82 
 
 		 669 aa  836    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146424  normal  0.598571 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5180  squalene cyclase  63.04 
 
 		 657 aa  861    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0421505  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4951  squalene-hopene cyclase  62.6 
 
 		 657 aa  845    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.736263  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5679  squalene-hopene cyclase  63.04 
 
 		 657 aa  861    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.126345  hitchhiker  0.00244558 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1129  squalene-hopene cyclase  64.44 
 
 		 657 aa  878    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1409  squalene-hopene cyclase  64.44 
 
 		 657 aa  878    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.525884  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3275  squalene-hopene cyclase  64.44 
 
 		 657 aa  879    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.140167  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3161  squalene-hopene cyclase  64.44 
 
 		 657 aa  879    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2394  squalene-hopene cyclase  64.44 
 
 		 657 aa  878    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1685  squalene-hopene cyclase  56.68 
 
 		 649 aa  712    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3175  squalene-hopene cyclase  63.38 
 
 		 657 aa  852    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1944  squalene-hopene cyclase  63.66 
 
 		 667 aa  820    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.89702  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5426  squalene-hopene cyclase  61.1 
 
 		 665 aa  808    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6347  squalene-hopene cyclase  63.82 
 
 		 663 aa  818    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.323444  normal  0.123319 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4556  squalene-hopene cyclase  62.89 
 
 		 657 aa  860    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.282201  normal  0.128502 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5504  squalene-hopene cyclase  62.44 
 
 		 657 aa  841    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209876  normal  0.0256677 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3156  squalene-hopene cyclase  58.14 
 
 		 662 aa  774    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4137  squalene-hopene cyclase  63.24 
 
 		 677 aa  852    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7029  squalene-hopene cyclase  64.13 
 
 		 676 aa  847    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000008735 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1835  squalene-hopene cyclase  63.2 
 
 		 667 aa  820    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.807169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4261  squalene-hopene cyclase  79.53 
 
 		 653 aa  1046    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.942083  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1825  squalene-hopene cyclase  56.5 
 
 		 663 aa  716    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3243  squalene-hopene cyclase  59.55 
 
 		 672 aa  768    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.291091 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2220  squalene-hopene cyclase  63.51 
 
 		 667 aa  818    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.96111 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5491  squalene-hopene cyclase  54.82 
 
 		 645 aa  713    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.264934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7146  squalene-hopene cyclase  64.91 
 
 		 663 aa  858    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2556  squalene cyclase  49.69 
 
 		 653 aa  627  1e-178  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.511022  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5865  squalene-hopene cyclase  48.13 
 
 		 678 aa  608  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5698  squalene cyclase  47.97 
 
 		 687 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6104  squalene-hopene cyclase  48.19 
 
 		 682 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.640777  normal  0.788384 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6062  squalene-hopene cyclase  47.97 
 
 		 687 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6546  squalene-hopene cyclase  47.67 
 
 		 684 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.274998 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1783  squalene-hopene cyclase  50.32 
 
 		 643 aa  604  1.0000000000000001e-171  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2124  squalene-hopene cyclase  50.32 
 
 		 643 aa  604  1.0000000000000001e-171  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.888733  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4403  Squalene cyclase  49.68 
 
 		 661 aa  600  1e-170  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122673  normal  0.247773 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7519  Terpene synthase/squalene cyclase  47.45 
 
 		 678 aa  598  1e-169  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5992  squalene-hopene cyclase  47.22 
 
 		 683 aa  590  1e-167  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.234824 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0765  squalene-hopene cyclase  45.72 
 
 		 719 aa  585  1.0000000000000001e-165  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000268109  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0441  squalene-hopene cyclase  46.26 
 
 		 737 aa  575  1.0000000000000001e-162  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20760  squalene-hopene cyclase  49.58 
 
 		 598 aa  570  1e-161  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.577107  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3061  squalene-hopene cyclase  46 
 
 		 730 aa  568  1e-160  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.299317  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0419  Terpene synthase:squalene cyclase  45.25 
 
 		 730 aa  560  1e-158  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1189  squalene-hopene cyclase  42.07 
 
 		 679 aa  503  1e-141  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000101315  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2233  squalene-hopene cyclase  40.82 
 
 		 684 aa  502  1e-141  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.000414929  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0688  squalene-hopene cyclase  42.39 
 
 		 679 aa  496  1e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0586149  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2820  Terpene synthase:squalene cyclase  41.12 
 
 		 679 aa  496  1e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000869721  normal  0.376933 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1020  squalene-hopene cyclase  41.03 
 
 		 679 aa  496  1e-139  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0111507  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0885  squalene-hopene cyclase  42.12 
 
 		 680 aa  494  9.999999999999999e-139  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000419297 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3360  squalene-hopene cyclase  41.89 
 
 		 680 aa  487  1e-136  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0001243  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1740  squalene cyclase  40.94 
 
 		 657 aa  481  1e-134  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3320  squalene/oxidosqualene cyclase  40.19 
 
 		 643 aa  470  1.0000000000000001e-131  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1697  squalene-hopene cyclase  43.08 
 
 		 633 aa  457  1e-127  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.633147  hitchhiker  0.000255993 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2736  squalene-hopene cyclase  39.94 
 
 		 688 aa  446  1.0000000000000001e-124  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1904  squalene-hopene cyclase  38.32 
 
 		 705 aa  448  1.0000000000000001e-124  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23080  squalene-hopene cyclase  41.41 
 
 		 640 aa  446  1.0000000000000001e-124  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.813325  normal  0.224628 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3575  squalene/oxidosqualene cyclase  39.97 
 
 		 668 aa  446  1.0000000000000001e-124  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.224012 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4671  Terpene synthase  39.25 
 
 		 637 aa  443  1e-123  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.965623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3254  squalene-hopene cyclase  38.99 
 
 		 651 aa  445  1e-123  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2842  squalene/oxidosqualene cyclase  38.44 
 
 		 647 aa  439  1e-121  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0727  squalene-hopene cyclase  39.24 
 
 		 632 aa  434  1e-120  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.548053  normal  0.146033 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6664  squalene-hopene cyclase  40.49 
 
 		 644 aa  424  1e-117  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.303504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4758  squalene-hopene cyclase  39.19 
 
 		 689 aa  415  1e-114  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0823  squalene cyclase  39.97 
 
 		 741 aa  410  1e-113  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.671451  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2443  squalene-hopene cyclase  39.87 
 
 		 631 aa  409  1e-113  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.78759  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4079  squalene-hopene cyclase  38.92 
 
 		 654 aa  404  1e-111  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.342218 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5713  squalene-hopene cyclase  38.19 
 
 		 728 aa  391  1e-107  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00366399  normal  0.682712 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0355  squalene-hopene cyclase  36.91 
 
 		 695 aa  383  1e-105  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1989  squalene-hopene cyclase  36.68 
 
 		 710 aa  371  1e-101  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1355  squalene-hopene cyclase  35.56 
 
 		 684 aa  369  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.06763 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1652  putative squalene-hopene cyclase  32.71 
 
 		 617 aa  292  2e-77  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.155844 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3665  putative squalene-hopene cyclase  32.66 
 
 		 617 aa  288  2e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3315  squalene-hopene cyclase  31.34 
 
 		 617 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3351  squalene-hopene cyclase  31.18 
 
 		 617 aa  282  1e-74  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.869066  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3612  squalene-hopene cyclase  31.18 
 
 		 617 aa  282  1e-74  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.689157  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3572  squalene-hopene cyclase  31.35 
 
 		 617 aa  282  2e-74  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3265  squalene-hopene cyclase  31.24 
 
 		 617 aa  281  2e-74  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3565  putative squalene-hopene cyclase  31.18 
 
 		 617 aa  282  2e-74  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.143016 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2232  squalene/oxidosqualene cyclase  29.92 
 
 		 619 aa  274  4.0000000000000004e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3582  putative squalene-hopene cyclase  30.74 
 
 		 617 aa  273  8.000000000000001e-72  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3260  squalene/oxidosqualene cyclase  30.49 
 
 		 617 aa  273  9e-72  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2820  squalene/oxidosqualene cyclase  33.17 
 
 		 618 aa  269  1e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2873  squalene cyclase family protein  26.99 
 
 		 670 aa  170  9e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_645  acetyl-coenzyme A synthetase  25.51 
 
 		 682 aa  156  1e-36  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.756147  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08249  conserved hypothetical protein  24.45 
 
 		 716 aa  147  5e-34  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.696881  normal  0.423433 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_12302  predicted protein  23.77 
 
 		 720 aa  144  6e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0477917  normal  0.996732 
 
 
-
 
NC_006686  CND02520  lanosterol synthase, putative  24.21 
 
 		 738 aa  140  1e-31  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.179646  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>