102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3058 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3058  NHL repeat protein  100 
 
 		 404 aa  811    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1192  NHL repeat containing protein  83.7 
 
 		 405 aa  668    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2914  NHL repeat-containing protein  43.21 
 
 		 898 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0718376  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3430  hypothetical protein  39.32 
 
 		 913 aa  252  9.000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.836468  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2885  NHL repeat-containing protein  42.86 
 
 		 888 aa  251  2e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0556  NHL repeat-containing protein  38.44 
 
 		 899 aa  249  5e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0496  NHL repeat-containing protein  38.89 
 
 		 937 aa  243  3e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1836  NHL repeat-containing protein  36.17 
 
 		 906 aa  242  9e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0423  NHL repeat containing protein  31.42 
 
 		 831 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0378567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1345  NHL repeat containing protein  30.14 
 
 		 676 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.871064 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2369  NHL repeat containing protein  30.49 
 
 		 579 aa  116  7.999999999999999e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.547997 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2630  PKD domain containing protein  32.6 
 
 		 930 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.668358  decreased coverage  0.0001414 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0416  hypothetical protein  32.03 
 
 		 346 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0322809  normal  0.695963 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1474  NHL repeat containing protein  31.5 
 
 		 668 aa  107  3e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0914572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3620  putative surface layer protein  27.72 
 
 		 752 aa  98.2  2e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0840  NHL repeat containing protein  36.84 
 
 		 390 aa  89.7  7e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0361513  normal  0.0920788 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1395  NHL repeat containing protein  28.57 
 
 		 391 aa  88.6  2e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.597363 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2986  PA14 domain-containing protein  29.2 
 
 		 1293 aa  87.8  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1389  periplasmic copper-binding  27.8 
 
 		 709 aa  87.8  3e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0136597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2074  NHL repeat containing protein  28.47 
 
 		 522 aa  87.4  4e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.614793 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0755  Carbohydrate binding family 6  29.51 
 
 		 627 aa  85.5  0.000000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.40711 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4124  NHL repeat-containing protein  30.53 
 
 		 359 aa  83.6  0.000000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.640446 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0742  NHL repeat-containing protein  27.15 
 
 		 355 aa  83.6  0.000000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.150031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1273  NHL repeat containing protein  29.82 
 
 		 387 aa  83.2  0.000000000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.349999  normal  0.851657 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2897  NHL repeat-containing protein  26.74 
 
 		 363 aa  82.8  0.000000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.645365  normal  0.499228 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1869  NHL repeat containing protein  28.24 
 
 		 307 aa  82.4  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1379  NHL repeat-containing protein  27.27 
 
 		 319 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0368543 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1788  NHL repeat-containing protein  27.61 
 
 		 354 aa  80.1  0.00000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.565326  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1601  NHL repeat-containing protein  29.72 
 
 		 491 aa  79.3  0.0000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0447928  normal  0.136115 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1167  hypothetical protein  26.28 
 
 		 588 aa  78.6  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.233122  normal  0.0121867 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1421  NHL repeat containing protein  39.01 
 
 		 930 aa  77.4  0.0000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.368909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1869  NHL repeat-containing protein  27.14 
 
 		 353 aa  76.3  0.0000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0563587 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2818  hypothetical protein  27.97 
 
 		 392 aa  75.9  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.587259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2631  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.96 
 
 		 343 aa  76.3  0.000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.118189  hitchhiker  0.000564983 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0617  NHL repeat-containing protein  25.72 
 
 		 361 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0567002  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0355  NHL repeat-containing protein  27.7 
 
 		 1030 aa  75.1  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.64892  normal  0.0641589 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0293  NHL repeat-containing protein  30.09 
 
 		 1163 aa  74.7  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.368653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1920  NHL repeat-containing protein  24.26 
 
 		 343 aa  72.4  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00542747  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3159  NHL repeat containing protein  25.91 
 
 		 372 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4135  NHL repeat-containing protein  28.68 
 
 		 368 aa  70.9  0.00000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0258  NHL repeat-containing protein  25.82 
 
 		 343 aa  70.1  0.00000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0477  NHL repeat-containing protein  27.98 
 
 		 525 aa  70.5  0.00000000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.176502 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2981  NHL repeat containing protein  31.02 
 
 		 2296 aa  68.9  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3225  NHL repeat-containing protein  27.65 
 
 		 365 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2500  leucine-rich repeat-containing protein  23.91 
 
 		 1351 aa  68.6  0.0000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3475  NHL repeat protein  29.9 
 
 		 1140 aa  68.2  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3109  NHL repeat containing protein  26.64 
 
 		 355 aa  67.4  0.0000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0242  NHL repeat-containing protein  27.78 
 
 		 1146 aa  67.4  0.0000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00900908 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2758  NHL repeat-containing protein  33.77 
 
 		 396 aa  64.7  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3222  NHL repeat-containing protein  32.39 
 
 		 412 aa  64.3  0.000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0746  NHL repeat-containing protein  26.55 
 
 		 418 aa  63.5  0.000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4723  NHL repeat containing protein  29.15 
 
 		 1079 aa  63.2  0.000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.645184  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4004  ABC transporter related protein  27.78 
 
 		 639 aa  62.8  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.774502  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2282  NHL repeat containing protein  30.77 
 
 		 373 aa  61.6  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.11837 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0422  hypothetical protein  25 
 
 		 1068 aa  60.5  0.00000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.248115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3838  NHL repeat-containing protein  24 
 
 		 360 aa  59.3  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000127539  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  28.75 
 
 		 1834 aa  58.2  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3780  hypothetical protein  26.42 
 
 		 377 aa  57.8  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2854  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  28.95 
 
 		 1292 aa  57.4  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0274394  normal  0.093276 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1047  fibronectin type III domain-containing protein  25.1 
 
 		 903 aa  57  0.0000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1960  Carbohydrate binding family 6  23.34 
 
 		 786 aa  56.2  0.0000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0676284  normal  0.0447838 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0256  NHL repeat-containing protein  26.92 
 
 		 384 aa  56.2  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1359  NHL repeat containing protein  24.5 
 
 		 439 aa  56.2  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.666477 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2158  NHL repeat-containing protein  25 
 
 		 1750 aa  55.1  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0923  NHL repeat-containing protein  27.54 
 
 		 379 aa  55.5  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1358  NHL repeat containing protein  25.48 
 
 		 646 aa  55.5  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.967304 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2755  NHL repeat-containing protein  30.05 
 
 		 347 aa  54.7  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1378  hypothetical protein  22.51 
 
 		 1030 aa  54.3  0.000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.872311  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2265  NHL repeat-containing protein  26.75 
 
 		 963 aa  54.3  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.397951  normal  0.439164 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0357  NHL repeat containing protein  24.74 
 
 		 700 aa  53.9  0.000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.18335e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3865  NHL repeat-containing protein  25.35 
 
 		 1177 aa  53.5  0.000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3162  NHL repeat containing protein  24.71 
 
 		 395 aa  52.8  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1109  NHL repeat-containing protein  34.25 
 
 		 521 aa  52  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.607782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2914  NHL repeat-containing protein  27.68 
 
 		 315 aa  51.6  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5916  NHL repeat-containing protein  25.66 
 
 		 379 aa  50.8  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.205268  normal  0.0756085 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0556  immunoglobulin I-set domain-containing protein  24.82 
 
 		 1130 aa  50.8  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.329662  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1539  NHL repeat containing protein  28.09 
 
 		 267 aa  50.8  0.00004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1158  serine/threonine protein kinase  26.7 
 
 		 647 aa  50.8  0.00004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.429913  normal  0.143954 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2135  hypothetical protein  26.53 
 
 		 326 aa  49.3  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2296  hypothetical protein  31.05 
 
 		 684 aa  47.8  0.0003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2779  hypothetical protein  22.57 
 
 		 1051 aa  47.4  0.0004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.380242 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2816  NHL repeat-containing protein  25.93 
 
 		 386 aa  47.4  0.0005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.306413  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3112  NHL repeat containing protein  26.35 
 
 		 436 aa  47.4  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1954  NHL repeat containing protein  32.74 
 
 		 340 aa  47.4  0.0005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2878  hypothetical protein  23.56 
 
 		 364 aa  47  0.0006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.461679  normal  0.172876 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2272  glycoside hydrolase family 26  31.29 
 
 		 711 aa  47  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.738347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2137  hypothetical protein  26.4 
 
 		 322 aa  46.6  0.0007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.982688 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3465  copper amine oxidase domain protein  29.81 
 
 		 447 aa  46.6  0.0007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10949  transmembrane serine/threonine-protein kinase D pknD  26.33 
 
 		 664 aa  45.8  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4088  serine/threonine protein kinase  23 
 
 		 850 aa  45.8  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.527089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4759  NHL repeat-containing protein  28.79 
 
 		 211 aa  45.8  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1861  Phage tail protein  30.77 
 
 		 747 aa  45.4  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1050  NHL repeat-containing protein  23.36 
 
 		 318 aa  45.4  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.400914  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4618  NHL repeat-containing protein  22.58 
 
 		 1026 aa  45.1  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1097  Kelch repeat-containing protein  26.06 
 
 		 1557 aa  45.1  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.612946  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4750  NHL repeat-containing protein  39.74 
 
 		 279 aa  44.7  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4334  hypothetical protein  28.72 
 
 		 357 aa  44.3  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.72153  normal  0.0216853 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4851  NHL repeat-containing protein  28.72 
 
 		 357 aa  43.9  0.006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0728414 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2572  hypothetical protein  25.89 
 
 		 1608 aa  43.5  0.007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7287  serine/threonine protein kinase  23.08 
 
 		 892 aa  43.1  0.008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0443497  normal  0.301808 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>