More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2214 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_2214  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 302 aa  588  1e-167  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.271575  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12739  diaminopimelate epimerase  59.25 
 
 		 289 aa  294  2e-78  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.142767  normal  0.397169 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2435  diaminopimelate epimerase  58.16 
 
 		 289 aa  286  2.9999999999999996e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1295 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3961  diaminopimelate epimerase  58.82 
 
 		 289 aa  280  2e-74  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.28492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2150  diaminopimelate epimerase  56.16 
 
 		 293 aa  268  8e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0239375 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2209  diaminopimelate epimerase  56.16 
 
 		 293 aa  268  8e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0340996 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2163  diaminopimelate epimerase  56.16 
 
 		 313 aa  268  1e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1799  diaminopimelate epimerase  59.11 
 
 		 290 aa  262  4e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0816  diaminopimelate epimerase  50.69 
 
 		 274 aa  232  6e-60  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1439  diaminopimelate epimerase  48.81 
 
 		 272 aa  224  9e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0677  diaminopimelate epimerase  49.65 
 
 		 271 aa  224  1e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.190367 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3281  diaminopimelate epimerase  50.87 
 
 		 273 aa  216  4e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0128403  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2235  Diaminopimelate epimerase  47.72 
 
 		 268 aa  212  4.9999999999999996e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.40141 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1131  diaminopimelate epimerase  48.77 
 
 		 270 aa  211  9e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.587947 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27640  diaminopimelate epimerase  50.34 
 
 		 277 aa  209  6e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3514  diaminopimelate epimerase  49.15 
 
 		 302 aa  208  8e-53  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0771524 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3982  diaminopimelate epimerase  44.29 
 
 		 281 aa  192  4e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0054397  normal  0.0200465 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1404  diaminopimelate epimerase  44.75 
 
 		 278 aa  192  5e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000282005 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1230  diaminopimelate epimerase  45.64 
 
 		 307 aa  188  1e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.017842 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1483  diaminopimelate epimerase  43.71 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1446  diaminopimelate epimerase  44.33 
 
 		 280 aa  185  8e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.788738  normal  0.737233 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07270  diaminopimelate epimerase  42.3 
 
 		 317 aa  179  7e-44  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1464  diaminopimelate epimerase  45.86 
 
 		 314 aa  174  9.999999999999999e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.222043  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1049  diaminopimelate epimerase  44.69 
 
 		 304 aa  172  7.999999999999999e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.353956 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1466  diaminopimelate epimerase  41.61 
 
 		 314 aa  171  2e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000267094 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1501  diaminopimelate epimerase  42.11 
 
 		 319 aa  168  8e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0192882  normal  0.294941 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4570  diaminopimelate epimerase  46.32 
 
 		 271 aa  168  1e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.604274  normal  0.276247 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23090  diaminopimelate epimerase  43.73 
 
 		 313 aa  166  5.9999999999999996e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.107849 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1623  diaminopimelate epimerase  46.46 
 
 		 293 aa  166  5.9999999999999996e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.195256 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2438  diaminopimelate epimerase  41.88 
 
 		 309 aa  162  5.0000000000000005e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.270073  normal  0.851316 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1558  diaminopimelate epimerase  45.16 
 
 		 321 aa  159  5e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.540975  hitchhiker  0.00734648 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1253  diaminopimelate epimerase  42.86 
 
 		 321 aa  159  5e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3841  diaminopimelate epimerase  41.86 
 
 		 279 aa  159  5e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3907  diaminopimelate epimerase  43.2 
 
 		 285 aa  159  6e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.539689  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10580  diaminopimelate epimerase  45.33 
 
 		 282 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0105  diaminopimelate epimerase  36.33 
 
 		 297 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3837  diaminopimelate epimerase  36.33 
 
 		 277 aa  124  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0489107  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11570  Diaminopimelate epimerase  32.45 
 
 		 284 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2393  diaminopimelate epimerase  31 
 
 		 276 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.976013  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4074  diaminopimelate epimerase  30.07 
 
 		 276 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0657  diaminopimelate epimerase  35.11 
 
 		 254 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1694  diaminopimelate epimerase  30.33 
 
 		 284 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0440642  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1764  diaminopimelate epimerase  34.07 
 
 		 269 aa  107  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34582  predicted protein  31.5 
 
 		 334 aa  108  2e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00205  diaminopimelate epimerase  29.53 
 
 		 269 aa  108  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3587  diaminopimelate epimerase  32.24 
 
 		 276 aa  106  4e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.335636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4373  diaminopimelate epimerase  32.91 
 
 		 287 aa  106  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0171  Diaminopimelate epimerase  28.57 
 
 		 286 aa  106  6e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0998  diaminopimelate epimerase  25.51 
 
 		 260 aa  105  6e-22  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0724  diaminopimelate epimerase  27.91 
 
 		 277 aa  105  7e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0456566  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0076  diaminopimelate epimerase  32.58 
 
 		 286 aa  105  9e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0232  diaminopimelate epimerase  33.44 
 
 		 274 aa  104  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.596238  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1738  diaminopimelate epimerase  28.66 
 
 		 277 aa  105  1e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2989  diaminopimelate epimerase  27.91 
 
 		 285 aa  105  1e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000823328  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0237  diaminopimelate epimerase  31.68 
 
 		 277 aa  105  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3995  diaminopimelate epimerase  29.1 
 
 		 275 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3582  diaminopimelate epimerase  28.43 
 
 		 275 aa  103  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.653633  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3113  diaminopimelate epimerase  32.67 
 
 		 277 aa  104  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.534786  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0164  diaminopimelate epimerase  28.66 
 
 		 277 aa  104  2e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.543882  normal  0.191958 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3983  diaminopimelate epimerase  31.56 
 
 		 274 aa  104  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.983346  normal  0.2689 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3896  diaminopimelate epimerase  29.1 
 
 		 275 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0191841 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4089  diaminopimelate epimerase  29.1 
 
 		 275 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0401553 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3973  diaminopimelate epimerase  29.1 
 
 		 275 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4175  diaminopimelate epimerase  32.89 
 
 		 274 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.132697  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4227  diaminopimelate epimerase  32.89 
 
 		 274 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.642483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4275  diaminopimelate epimerase  32.89 
 
 		 274 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2100  diaminopimelate epimerase  28.62 
 
 		 272 aa  103  3e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.312969  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1814  diaminopimelate epimerase  28.62 
 
 		 272 aa  103  3e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4157  diaminopimelate epimerase  32.89 
 
 		 274 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4334  diaminopimelate epimerase  32.89 
 
 		 274 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4269  diaminopimelate epimerase  32.55 
 
 		 274 aa  103  4e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0119  diaminopimelate epimerase  32.56 
 
 		 278 aa  103  5e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0323  diaminopimelate epimerase  28.57 
 
 		 279 aa  102  5e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0004  diaminopimelate epimerase  28.48 
 
 		 292 aa  102  6e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0554484  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  32.9 
 
 		 283 aa  102  7e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03685  diaminopimelate epimerase  32.21 
 
 		 274 aa  102  8e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.163573  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4170  Diaminopimelate epimerase  32.21 
 
 		 274 aa  102  8e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.837067  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4034  diaminopimelate epimerase  32.21 
 
 		 274 aa  102  8e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4328  diaminopimelate epimerase  32.21 
 
 		 274 aa  102  8e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5248  diaminopimelate epimerase  32.21 
 
 		 274 aa  102  8e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4175  diaminopimelate epimerase  32.21 
 
 		 274 aa  102  8e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0210737 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4198  diaminopimelate epimerase  32.21 
 
 		 274 aa  102  8e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.180433  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03634  hypothetical protein  32.21 
 
 		 274 aa  102  8e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.191697  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0349  diaminopimelate epimerase  30.26 
 
 		 293 aa  102  1e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000570655  hitchhiker  0.0000127535 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3074  diaminopimelate epimerase  29.1 
 
 		 279 aa  100  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000185766  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0125  diaminopimelate epimerase  27.09 
 
 		 274 aa  101  2e-20  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0392  diaminopimelate epimerase  28.71 
 
 		 275 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3633  diaminopimelate epimerase  28.71 
 
 		 275 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.476258 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1453  diaminopimelate epimerase  31.05 
 
 		 286 aa  100  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0391  diaminopimelate epimerase  29.37 
 
 		 275 aa  100  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.749695 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0183  diaminopimelate epimerase  31.58 
 
 		 274 aa  100  3e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.190067  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3975  diaminopimelate epimerase  32.45 
 
 		 274 aa  100  3e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.525187  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0378  diaminopimelate epimerase  29.18 
 
 		 278 aa  100  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2431  diaminopimelate epimerase  32.54 
 
 		 275 aa  100  3e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.410157  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4166  diaminopimelate epimerase  32.12 
 
 		 274 aa  100  4e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1893  diaminopimelate epimerase  32.33 
 
 		 278 aa  99.4  7e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.593063  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0198  diaminopimelate epimerase  32.24 
 
 		 288 aa  99  9e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3100  diaminopimelate epimerase  28.15 
 
 		 280 aa  98.2  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.239794  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0153  diaminopimelate epimerase  31.82 
 
 		 288 aa  98.2  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3545  diaminopimelate epimerase  28.34 
 
 		 288 aa  98.6  1e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>