More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_27640 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_27640  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 277 aa  548  1e-155  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1439  diaminopimelate epimerase  66.79 
 
 		 272 aa  339  2e-92  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1131  diaminopimelate epimerase  57.14 
 
 		 270 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.587947 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2235  Diaminopimelate epimerase  54.89 
 
 		 268 aa  271  1e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.40141 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1404  diaminopimelate epimerase  56.27 
 
 		 278 aa  268  5.9999999999999995e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000282005 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3281  diaminopimelate epimerase  52.94 
 
 		 273 aa  259  2e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0128403  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3982  diaminopimelate epimerase  53.11 
 
 		 281 aa  258  6e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0054397  normal  0.0200465 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12739  diaminopimelate epimerase  55.4 
 
 		 289 aa  255  5e-67  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.142767  normal  0.397169 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2163  diaminopimelate epimerase  54.48 
 
 		 313 aa  253  3e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2150  diaminopimelate epimerase  54.48 
 
 		 293 aa  253  3e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0239375 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2209  diaminopimelate epimerase  54.48 
 
 		 293 aa  253  3e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0340996 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2435  diaminopimelate epimerase  53.63 
 
 		 289 aa  252  5.000000000000001e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1295 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3961  diaminopimelate epimerase  55.75 
 
 		 289 aa  252  6e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.28492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1446  diaminopimelate epimerase  53.82 
 
 		 280 aa  251  8.000000000000001e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.788738  normal  0.737233 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0816  diaminopimelate epimerase  54.01 
 
 		 274 aa  249  5e-65  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0677  diaminopimelate epimerase  52.03 
 
 		 271 aa  241  1e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.190367 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1799  diaminopimelate epimerase  53.71 
 
 		 290 aa  236  3e-61  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2214  diaminopimelate epimerase  51.72 
 
 		 302 aa  229  3e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.271575  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1230  diaminopimelate epimerase  50.53 
 
 		 307 aa  220  1.9999999999999999e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.017842 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4570  diaminopimelate epimerase  54.72 
 
 		 271 aa  218  1e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.604274  normal  0.276247 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1483  diaminopimelate epimerase  46.94 
 
 		 303 aa  215  8e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3907  diaminopimelate epimerase  50.7 
 
 		 285 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.539689  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3514  diaminopimelate epimerase  50.18 
 
 		 302 aa  213  1.9999999999999998e-54  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0771524 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1623  diaminopimelate epimerase  51.09 
 
 		 293 aa  212  5.999999999999999e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.195256 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3841  diaminopimelate epimerase  49.64 
 
 		 279 aa  204  1e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23090  diaminopimelate epimerase  48.04 
 
 		 313 aa  204  1e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.107849 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1049  diaminopimelate epimerase  45.51 
 
 		 304 aa  197  1.0000000000000001e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.353956 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1501  diaminopimelate epimerase  44.74 
 
 		 319 aa  193  2e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0192882  normal  0.294941 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1558  diaminopimelate epimerase  48.48 
 
 		 321 aa  193  3e-48  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.540975  hitchhiker  0.00734648 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07270  diaminopimelate epimerase  45.3 
 
 		 317 aa  191  9e-48  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10580  diaminopimelate epimerase  49.64 
 
 		 282 aa  187  2e-46  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2438  diaminopimelate epimerase  43.96 
 
 		 309 aa  179  2.9999999999999997e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.270073  normal  0.851316 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1464  diaminopimelate epimerase  43.41 
 
 		 314 aa  171  1e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.222043  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1466  diaminopimelate epimerase  38.83 
 
 		 314 aa  155  6e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000267094 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5143  diaminopimelate epimerase  35.31 
 
 		 281 aa  151  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75804e-23 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  38.73 
 
 		 278 aa  149  5e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1173  diaminopimelate epimerase  34.98 
 
 		 278 aa  146  3e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  hitchhiker  0.0076294 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0549  diaminopimelate epimerase  35.64 
 
 		 280 aa  143  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4074  diaminopimelate epimerase  35.11 
 
 		 276 aa  144  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0323  diaminopimelate epimerase  33.8 
 
 		 279 aa  142  5e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0378  diaminopimelate epimerase  35.94 
 
 		 278 aa  142  6e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0380  diaminopimelate epimerase  33.56 
 
 		 281 aa  142  6e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1927  diaminopimelate epimerase  35.31 
 
 		 280 aa  142  7e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2393  diaminopimelate epimerase  34.88 
 
 		 276 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.976013  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3837  diaminopimelate epimerase  37.98 
 
 		 277 aa  139  4.999999999999999e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0489107  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0237  diaminopimelate epimerase  34.75 
 
 		 277 aa  139  4.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34582  predicted protein  33.33 
 
 		 334 aa  139  6e-32  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00205  diaminopimelate epimerase  34.78 
 
 		 269 aa  139  7e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1610  diaminopimelate epimerase  34.41 
 
 		 274 aa  137  1e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  36.81 
 
 		 283 aa  137  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0391  diaminopimelate epimerase  34.15 
 
 		 275 aa  136  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.749695 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3582  diaminopimelate epimerase  34.15 
 
 		 275 aa  136  5e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.653633  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0392  diaminopimelate epimerase  34.15 
 
 		 275 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3633  diaminopimelate epimerase  34.15 
 
 		 275 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.476258 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0061  diaminopimelate epimerase  38.87 
 
 		 279 aa  135  6.0000000000000005e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4308  diaminopimelate epimerase  33.8 
 
 		 275 aa  135  8e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3973  diaminopimelate epimerase  33.8 
 
 		 275 aa  135  8e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4089  diaminopimelate epimerase  33.8 
 
 		 275 aa  135  8e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0401553 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3995  diaminopimelate epimerase  33.8 
 
 		 275 aa  135  8e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3896  diaminopimelate epimerase  33.8 
 
 		 275 aa  135  8e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0191841 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0033  diaminopimelate epimerase  34.59 
 
 		 292 aa  135  9e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2377  diaminopimelate epimerase  32.63 
 
 		 281 aa  135  9e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.63698  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1418  diaminopimelate epimerase  32.64 
 
 		 279 aa  134  9.999999999999999e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.827991  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0105  diaminopimelate epimerase  39.93 
 
 		 297 aa  134  9.999999999999999e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2326  diaminopimelate epimerase  32.63 
 
 		 281 aa  134  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3983  diaminopimelate epimerase  35.13 
 
 		 274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.983346  normal  0.2689 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11570  Diaminopimelate epimerase  32.99 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1913  Diaminopimelate epimerase  33.97 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0039  diaminopimelate epimerase  34.59 
 
 		 292 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258665 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0119  diaminopimelate epimerase  35.21 
 
 		 278 aa  133  3e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0126  diaminopimelate epimerase  34.29 
 
 		 276 aa  133  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0349  diaminopimelate epimerase  35.31 
 
 		 293 aa  133  3e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000570655  hitchhiker  0.0000127535 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4269  diaminopimelate epimerase  34.77 
 
 		 274 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03685  diaminopimelate epimerase  35.13 
 
 		 274 aa  132  6e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.163573  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4170  Diaminopimelate epimerase  35.13 
 
 		 274 aa  132  6e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.837067  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4198  diaminopimelate epimerase  35.13 
 
 		 274 aa  132  6e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.180433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4034  diaminopimelate epimerase  35.13 
 
 		 274 aa  132  6e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4328  diaminopimelate epimerase  35.13 
 
 		 274 aa  132  6e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03634  hypothetical protein  35.13 
 
 		 274 aa  132  6e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.191697  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5248  diaminopimelate epimerase  35.13 
 
 		 274 aa  132  6e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4175  diaminopimelate epimerase  35.13 
 
 		 274 aa  132  6e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0210737 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3088  diaminopimelate epimerase  33.1 
 
 		 282 aa  132  6.999999999999999e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.233699  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1253  diaminopimelate epimerase  41.37 
 
 		 321 aa  132  6.999999999999999e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002111  diaminopimelate epimerase  35.36 
 
 		 276 aa  132  7.999999999999999e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1453  diaminopimelate epimerase  36.21 
 
 		 286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0998  diaminopimelate epimerase  30.94 
 
 		 260 aa  131  1.0000000000000001e-29  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0182  diaminopimelate epimerase  34.05 
 
 		 274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.998768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4175  diaminopimelate epimerase  34.41 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.132697  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0198  diaminopimelate epimerase  34.48 
 
 		 288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4227  diaminopimelate epimerase  34.41 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.642483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3113  diaminopimelate epimerase  35.71 
 
 		 277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.534786  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4157  diaminopimelate epimerase  34.41 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4334  diaminopimelate epimerase  34.41 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4275  diaminopimelate epimerase  34.41 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0153  diaminopimelate epimerase  33.79 
 
 		 288 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4166  diaminopimelate epimerase  34.05 
 
 		 274 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3587  diaminopimelate epimerase  33.93 
 
 		 276 aa  129  4.0000000000000003e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.335636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3245  diaminopimelate epimerase  38.72 
 
 		 296 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139278  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1893  diaminopimelate epimerase  36.62 
 
 		 278 aa  129  5.0000000000000004e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.593063  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0004  diaminopimelate epimerase  31.83 
 
 		 292 aa  129  6e-29  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0554484  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>