More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_1439 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_1439  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 272 aa  531  1e-150  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27640  diaminopimelate epimerase  66.79 
 
 		 277 aa  305  5.0000000000000004e-82  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3982  diaminopimelate epimerase  56.46 
 
 		 281 aa  268  5e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0054397  normal  0.0200465 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1131  diaminopimelate epimerase  56.62 
 
 		 270 aa  259  4e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.587947 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2235  Diaminopimelate epimerase  54.78 
 
 		 268 aa  257  1e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.40141 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3281  diaminopimelate epimerase  55.04 
 
 		 273 aa  251  1e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0128403  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12739  diaminopimelate epimerase  54.45 
 
 		 289 aa  250  2e-65  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.142767  normal  0.397169 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0677  diaminopimelate epimerase  54.32 
 
 		 271 aa  249  3e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.190367 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2163  diaminopimelate epimerase  52.7 
 
 		 313 aa  246  2e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2209  diaminopimelate epimerase  51.69 
 
 		 293 aa  245  4.9999999999999997e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0340996 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2150  diaminopimelate epimerase  51.69 
 
 		 293 aa  245  4.9999999999999997e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0239375 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1404  diaminopimelate epimerase  54.45 
 
 		 278 aa  244  8e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000282005 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3961  diaminopimelate epimerase  52.9 
 
 		 289 aa  243  3e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.28492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0816  diaminopimelate epimerase  52.33 
 
 		 274 aa  241  1e-62  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2435  diaminopimelate epimerase  49.83 
 
 		 289 aa  239  4e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1295 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1446  diaminopimelate epimerase  53.43 
 
 		 280 aa  236  3e-61  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.788738  normal  0.737233 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1799  diaminopimelate epimerase  52.1 
 
 		 290 aa  225  7e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2214  diaminopimelate epimerase  48.81 
 
 		 302 aa  218  8.999999999999998e-56  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.271575  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3907  diaminopimelate epimerase  52.94 
 
 		 285 aa  217  1e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.539689  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1230  diaminopimelate epimerase  52.63 
 
 		 307 aa  215  7e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.017842 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3841  diaminopimelate epimerase  51.46 
 
 		 279 aa  213  2.9999999999999995e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4570  diaminopimelate epimerase  53.14 
 
 		 271 aa  213  3.9999999999999995e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.604274  normal  0.276247 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1483  diaminopimelate epimerase  45.79 
 
 		 303 aa  211  1e-53  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3514  diaminopimelate epimerase  50.17 
 
 		 302 aa  208  8e-53  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0771524 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1501  diaminopimelate epimerase  43.65 
 
 		 319 aa  181  8.000000000000001e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0192882  normal  0.294941 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1558  diaminopimelate epimerase  48.83 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.540975  hitchhiker  0.00734648 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10580  diaminopimelate epimerase  49.29 
 
 		 282 aa  179  5.999999999999999e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23090  diaminopimelate epimerase  47.08 
 
 		 313 aa  178  8e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.107849 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1049  diaminopimelate epimerase  44.3 
 
 		 304 aa  177  1e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.353956 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1623  diaminopimelate epimerase  45.52 
 
 		 293 aa  173  2.9999999999999996e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.195256 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07270  diaminopimelate epimerase  45.48 
 
 		 317 aa  172  3.9999999999999995e-42  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2438  diaminopimelate epimerase  43.67 
 
 		 309 aa  159  6e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.270073  normal  0.851316 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1464  diaminopimelate epimerase  38.96 
 
 		 314 aa  147  1.0000000000000001e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.222043  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1466  diaminopimelate epimerase  38.83 
 
 		 314 aa  146  4.0000000000000006e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000267094 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0105  diaminopimelate epimerase  39.73 
 
 		 297 aa  145  6e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  38.06 
 
 		 278 aa  142  7e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1253  diaminopimelate epimerase  41.88 
 
 		 321 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3837  diaminopimelate epimerase  38.38 
 
 		 277 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0489107  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0198  diaminopimelate epimerase  36.08 
 
 		 288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0323  diaminopimelate epimerase  35.42 
 
 		 279 aa  125  7e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0378  diaminopimelate epimerase  34.64 
 
 		 278 aa  125  9e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0153  diaminopimelate epimerase  33.56 
 
 		 288 aa  125  9e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  35.66 
 
 		 283 aa  124  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0237  diaminopimelate epimerase  32.62 
 
 		 277 aa  124  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1453  diaminopimelate epimerase  33.9 
 
 		 286 aa  123  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0349  diaminopimelate epimerase  34.47 
 
 		 299 aa  123  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3582  diaminopimelate epimerase  34.39 
 
 		 275 aa  123  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.653633  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2100  diaminopimelate epimerase  31.05 
 
 		 272 aa  122  5e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.312969  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1183  diaminopimelate epimerase  37.06 
 
 		 280 aa  122  6e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.147631  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4308  diaminopimelate epimerase  34.63 
 
 		 275 aa  122  7e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0061  diaminopimelate epimerase  37.98 
 
 		 279 aa  122  8e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4074  diaminopimelate epimerase  32.96 
 
 		 276 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0391  diaminopimelate epimerase  34.84 
 
 		 275 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.749695 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0076  diaminopimelate epimerase  34.48 
 
 		 286 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0033  diaminopimelate epimerase  34.25 
 
 		 292 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0380  diaminopimelate epimerase  32.87 
 
 		 281 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1814  diaminopimelate epimerase  30.32 
 
 		 272 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0392  diaminopimelate epimerase  34.84 
 
 		 275 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3633  diaminopimelate epimerase  34.84 
 
 		 275 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.476258 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1927  diaminopimelate epimerase  34.51 
 
 		 280 aa  119  4.9999999999999996e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3688  diaminopimelate epimerase  34.68 
 
 		 315 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24568  normal  0.690927 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0778  Diaminopimelate epimerase  29.15 
 
 		 285 aa  119  7e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.961561  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4089  diaminopimelate epimerase  33.81 
 
 		 275 aa  118  9e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0401553 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3973  diaminopimelate epimerase  33.81 
 
 		 275 aa  118  9e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3896  diaminopimelate epimerase  33.81 
 
 		 275 aa  118  9e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0191841 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3995  diaminopimelate epimerase  33.81 
 
 		 275 aa  118  9e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0039  diaminopimelate epimerase  33.9 
 
 		 292 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258665 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2998  diaminopimelate epimerase  34.68 
 
 		 292 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4373  diaminopimelate epimerase  34.36 
 
 		 287 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2751  diaminopimelate epimerase  32.34 
 
 		 268 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002111  diaminopimelate epimerase  34.74 
 
 		 276 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00205  diaminopimelate epimerase  32.74 
 
 		 269 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11570  Diaminopimelate epimerase  33.56 
 
 		 284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34582  predicted protein  33.22 
 
 		 334 aa  116  3e-25  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3100  diaminopimelate epimerase  31.56 
 
 		 280 aa  116  3.9999999999999997e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.239794  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2393  diaminopimelate epimerase  33.57 
 
 		 276 aa  116  5e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.976013  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0126  diaminopimelate epimerase  34.15 
 
 		 276 aa  116  5e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3444  diaminopimelate epimerase  32.99 
 
 		 291 aa  116  5e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0119  diaminopimelate epimerase  33.45 
 
 		 278 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0171  Diaminopimelate epimerase  27.15 
 
 		 286 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0630  diaminopimelate epimerase  29.93 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.822901  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3088  diaminopimelate epimerase  32.87 
 
 		 282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.233699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0349  diaminopimelate epimerase  35.39 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000570655  hitchhiker  0.0000127535 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3113  diaminopimelate epimerase  35.07 
 
 		 277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.534786  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0799  diaminopimelate epimerase  33.67 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00309  diaminopimelate epimerase  34.03 
 
 		 276 aa  113  3e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1738  diaminopimelate epimerase  30.53 
 
 		 277 aa  113  3e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0200  diaminopimelate epimerase  34.95 
 
 		 295 aa  113  4.0000000000000004e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000663087 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0182  diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 		 274 aa  113  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.998768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0004  diaminopimelate epimerase  31.94 
 
 		 292 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0554484  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3435  diaminopimelate epimerase  34.44 
 
 		 295 aa  113  4.0000000000000004e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4269  diaminopimelate epimerase  34.05 
 
 		 274 aa  112  5e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3245  diaminopimelate epimerase  35.88 
 
 		 296 aa  112  6e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0172  diaminopimelate epimerase  32.42 
 
 		 289 aa  112  6e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0316  diaminopimelate epimerase  34.72 
 
 		 276 aa  112  7.000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4170  Diaminopimelate epimerase  34.41 
 
 		 274 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.837067  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03634  hypothetical protein  34.41 
 
 		 274 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.191697  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4034  diaminopimelate epimerase  34.41 
 
 		 274 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5248  diaminopimelate epimerase  34.41 
 
 		 274 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4198  diaminopimelate epimerase  34.41 
 
 		 274 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.180433  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>