More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_0677 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_0677  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 271 aa  536  1e-151  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.190367 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0816  diaminopimelate epimerase  74.44 
 
 		 274 aa  375  1e-103  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3281  diaminopimelate epimerase  58.96 
 
 		 273 aa  274  1.0000000000000001e-72  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0128403  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2235  Diaminopimelate epimerase  56.41 
 
 		 268 aa  273  3e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.40141 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1131  diaminopimelate epimerase  56.51 
 
 		 270 aa  263  2e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.587947 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1439  diaminopimelate epimerase  54.32 
 
 		 272 aa  256  4e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1483  diaminopimelate epimerase  50.17 
 
 		 303 aa  242  5e-63  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1404  diaminopimelate epimerase  49.64 
 
 		 278 aa  226  4e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000282005 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2214  diaminopimelate epimerase  49.65 
 
 		 302 aa  224  1e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.271575  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27640  diaminopimelate epimerase  52.03 
 
 		 277 aa  224  2e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3514  diaminopimelate epimerase  48.56 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0771524 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1446  diaminopimelate epimerase  50.71 
 
 		 280 aa  216  2e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.788738  normal  0.737233 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3982  diaminopimelate epimerase  47.78 
 
 		 281 aa  210  2e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0054397  normal  0.0200465 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4570  diaminopimelate epimerase  52.04 
 
 		 271 aa  210  2e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.604274  normal  0.276247 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12739  diaminopimelate epimerase  47.37 
 
 		 289 aa  210  2e-53  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.142767  normal  0.397169 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2435  diaminopimelate epimerase  47.14 
 
 		 289 aa  210  2e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1295 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3841  diaminopimelate epimerase  49.47 
 
 		 279 aa  210  3e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2150  diaminopimelate epimerase  48.44 
 
 		 293 aa  207  1e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0239375 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2209  diaminopimelate epimerase  48.44 
 
 		 293 aa  207  1e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0340996 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1230  diaminopimelate epimerase  48.74 
 
 		 307 aa  206  4e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.017842 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3907  diaminopimelate epimerase  48.19 
 
 		 285 aa  206  4e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.539689  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1799  diaminopimelate epimerase  50.88 
 
 		 290 aa  206  5e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2163  diaminopimelate epimerase  48.1 
 
 		 313 aa  205  5e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3961  diaminopimelate epimerase  47.14 
 
 		 289 aa  200  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.28492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1623  diaminopimelate epimerase  47.16 
 
 		 293 aa  189  5e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.195256 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1501  diaminopimelate epimerase  42.86 
 
 		 319 aa  188  8e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0192882  normal  0.294941 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23090  diaminopimelate epimerase  46.18 
 
 		 313 aa  185  8e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.107849 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10580  diaminopimelate epimerase  48.4 
 
 		 282 aa  184  1.0000000000000001e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1558  diaminopimelate epimerase  47.33 
 
 		 321 aa  182  5.0000000000000004e-45  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.540975  hitchhiker  0.00734648 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1049  diaminopimelate epimerase  41.75 
 
 		 304 aa  179  4e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.353956 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07270  diaminopimelate epimerase  43.28 
 
 		 317 aa  176  4e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1466  diaminopimelate epimerase  43.71 
 
 		 314 aa  173  2.9999999999999996e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000267094 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1464  diaminopimelate epimerase  44.07 
 
 		 314 aa  172  3.9999999999999995e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.222043  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2438  diaminopimelate epimerase  41.28 
 
 		 309 aa  161  1e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.270073  normal  0.851316 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1253  diaminopimelate epimerase  44.01 
 
 		 321 aa  150  2e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2100  diaminopimelate epimerase  33.8 
 
 		 272 aa  139  4.999999999999999e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.312969  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1814  diaminopimelate epimerase  32.99 
 
 		 272 aa  139  4.999999999999999e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0105  diaminopimelate epimerase  33.22 
 
 		 297 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3837  diaminopimelate epimerase  37.16 
 
 		 277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0489107  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3249  diaminopimelate epimerase  34.01 
 
 		 275 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  35.93 
 
 		 278 aa  130  3e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3582  diaminopimelate epimerase  32.18 
 
 		 275 aa  129  6e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.653633  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0323  diaminopimelate epimerase  33.45 
 
 		 279 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4089  diaminopimelate epimerase  32.18 
 
 		 275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0401553 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3973  diaminopimelate epimerase  32.18 
 
 		 275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3896  diaminopimelate epimerase  32.18 
 
 		 275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0191841 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3995  diaminopimelate epimerase  32.18 
 
 		 275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0061  diaminopimelate epimerase  34.93 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0392  diaminopimelate epimerase  31.83 
 
 		 275 aa  126  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3633  diaminopimelate epimerase  31.83 
 
 		 275 aa  126  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.476258 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0316  diaminopimelate epimerase  37.5 
 
 		 276 aa  126  4.0000000000000003e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0183  diaminopimelate epimerase  33.56 
 
 		 274 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.190067  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0391  diaminopimelate epimerase  32.18 
 
 		 275 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.749695 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0077  diaminopimelate epimerase  32.07 
 
 		 276 aa  124  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0232  diaminopimelate epimerase  33.79 
 
 		 274 aa  125  1e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.596238  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4308  diaminopimelate epimerase  31.49 
 
 		 275 aa  124  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0153  diaminopimelate epimerase  31.42 
 
 		 288 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2998  diaminopimelate epimerase  33.77 
 
 		 292 aa  123  3e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3688  diaminopimelate epimerase  34.11 
 
 		 315 aa  123  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24568  normal  0.690927 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00205  diaminopimelate epimerase  31.51 
 
 		 269 aa  123  4e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0378  diaminopimelate epimerase  31.71 
 
 		 278 aa  122  6e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0198  diaminopimelate epimerase  32.65 
 
 		 288 aa  122  9e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34582  predicted protein  33.11 
 
 		 334 aa  121  9.999999999999999e-27  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0192  diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 		 276 aa  120  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4166  diaminopimelate epimerase  33.79 
 
 		 274 aa  120  3e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2393  diaminopimelate epimerase  32.75 
 
 		 276 aa  119  4.9999999999999996e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.976013  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1604  diaminopimelate epimerase  36 
 
 		 278 aa  119  4.9999999999999996e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.728905  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3975  diaminopimelate epimerase  33.45 
 
 		 274 aa  119  6e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.525187  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1927  diaminopimelate epimerase  33.45 
 
 		 280 aa  119  7e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3444  diaminopimelate epimerase  34.01 
 
 		 291 aa  118  9e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0164  diaminopimelate epimerase  30.14 
 
 		 277 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.543882  normal  0.191958 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0349  diaminopimelate epimerase  32.78 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002111  diaminopimelate epimerase  30.74 
 
 		 276 aa  117  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0445  diaminopimelate epimerase  32.99 
 
 		 275 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1453  diaminopimelate epimerase  32.42 
 
 		 286 aa  116  5e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1738  diaminopimelate epimerase  29.45 
 
 		 277 aa  115  5e-25  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4275  diaminopimelate epimerase  33.1 
 
 		 274 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  32.65 
 
 		 283 aa  115  6e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4269  diaminopimelate epimerase  33.1 
 
 		 274 aa  115  6e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0076  diaminopimelate epimerase  32.21 
 
 		 286 aa  115  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4227  diaminopimelate epimerase  33.1 
 
 		 274 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.642483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4334  diaminopimelate epimerase  33.1 
 
 		 274 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4175  diaminopimelate epimerase  33.1 
 
 		 274 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.132697  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4157  diaminopimelate epimerase  33.1 
 
 		 274 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03685  diaminopimelate epimerase  33.45 
 
 		 274 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.163573  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4170  Diaminopimelate epimerase  33.45 
 
 		 274 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.837067  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5248  diaminopimelate epimerase  33.45 
 
 		 274 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4034  diaminopimelate epimerase  33.45 
 
 		 274 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03634  hypothetical protein  33.45 
 
 		 274 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.191697  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4328  diaminopimelate epimerase  33.45 
 
 		 274 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4198  diaminopimelate epimerase  33.45 
 
 		 274 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.180433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4175  diaminopimelate epimerase  33.45 
 
 		 274 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0210737 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0799  diaminopimelate epimerase  34.44 
 
 		 292 aa  115  6.9999999999999995e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4373  diaminopimelate epimerase  31.67 
 
 		 287 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1371  diaminopimelate epimerase  34.8 
 
 		 368 aa  114  1.0000000000000001e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.692483  normal  0.473185 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3113  diaminopimelate epimerase  35.4 
 
 		 277 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.534786  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0724  diaminopimelate epimerase  28.08 
 
 		 277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0456566  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15041  diaminopimelate epimerase  33.22 
 
 		 323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.476128 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0237  diaminopimelate epimerase  32.65 
 
 		 277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1058  diaminopimelate epimerase  33 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.553091  normal  0.543638 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>