More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0445 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0445  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 275 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4308  diaminopimelate epimerase  86.91 
 
 		 275 aa  514  1.0000000000000001e-145  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4089  diaminopimelate epimerase  86.91 
 
 		 275 aa  514  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0401553 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3896  diaminopimelate epimerase  86.91 
 
 		 275 aa  514  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0191841 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3995  diaminopimelate epimerase  86.91 
 
 		 275 aa  514  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0391  diaminopimelate epimerase  87.27 
 
 		 275 aa  514  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.749695 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3973  diaminopimelate epimerase  86.91 
 
 		 275 aa  514  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3582  diaminopimelate epimerase  87.64 
 
 		 275 aa  513  1e-144  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.653633  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0392  diaminopimelate epimerase  86.55 
 
 		 275 aa  511  1e-144  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3633  diaminopimelate epimerase  86.55 
 
 		 275 aa  511  1e-144  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.476258 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0391  diaminopimelate epimerase  89.09 
 
 		 275 aa  497  1e-140  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0323  diaminopimelate epimerase  83.09 
 
 		 279 aa  496  1e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0378  diaminopimelate epimerase  84.25 
 
 		 278 aa  494  1e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4129  diaminopimelate epimerase  84.95 
 
 		 280 aa  474  1e-133  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.583012 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3249  diaminopimelate epimerase  84.36 
 
 		 275 aa  476  1e-133  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0487  diaminopimelate epimerase  84.12 
 
 		 279 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.111776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4074  diaminopimelate epimerase  68.25 
 
 		 276 aa  412  1e-114  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0077  diaminopimelate epimerase  65.82 
 
 		 276 aa  407  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00205  diaminopimelate epimerase  71 
 
 		 269 aa  405  1.0000000000000001e-112  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03685  diaminopimelate epimerase  68.61 
 
 		 274 aa  398  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.163573  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4170  Diaminopimelate epimerase  68.61 
 
 		 274 aa  398  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.837067  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03634  hypothetical protein  68.61 
 
 		 274 aa  398  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.191697  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4175  diaminopimelate epimerase  68.61 
 
 		 274 aa  398  9.999999999999999e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0210737 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4328  diaminopimelate epimerase  68.61 
 
 		 274 aa  398  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4034  diaminopimelate epimerase  68.61 
 
 		 274 aa  398  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2393  diaminopimelate epimerase  68.86 
 
 		 276 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.976013  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4198  diaminopimelate epimerase  68.61 
 
 		 274 aa  398  9.999999999999999e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.180433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5248  diaminopimelate epimerase  68.61 
 
 		 274 aa  398  9.999999999999999e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1610  diaminopimelate epimerase  68.25 
 
 		 274 aa  397  9.999999999999999e-111  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4275  diaminopimelate epimerase  67.52 
 
 		 274 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4269  diaminopimelate epimerase  67.88 
 
 		 274 aa  396  1e-109  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4157  diaminopimelate epimerase  67.52 
 
 		 274 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0182  diaminopimelate epimerase  66.79 
 
 		 274 aa  394  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.998768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4227  diaminopimelate epimerase  67.52 
 
 		 274 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.642483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4334  diaminopimelate epimerase  67.52 
 
 		 274 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4175  diaminopimelate epimerase  67.52 
 
 		 274 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.132697  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0183  diaminopimelate epimerase  67.15 
 
 		 274 aa  391  1e-108  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.190067  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4166  diaminopimelate epimerase  66.79 
 
 		 274 aa  392  1e-108  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3983  diaminopimelate epimerase  68.25 
 
 		 274 aa  392  1e-108  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.983346  normal  0.2689 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3975  diaminopimelate epimerase  67.15 
 
 		 274 aa  389  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.525187  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0232  diaminopimelate epimerase  67.15 
 
 		 274 aa  387  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.596238  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00309  diaminopimelate epimerase  68.13 
 
 		 276 aa  383  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0126  diaminopimelate epimerase  66.42 
 
 		 276 aa  381  1e-105  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0205  diaminopimelate epimerase  67.15 
 
 		 274 aa  378  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.834964  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002111  diaminopimelate epimerase  68.86 
 
 		 276 aa  379  1e-104  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0541  diaminopimelate epimerase  67.15 
 
 		 274 aa  378  1e-104  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4011  diaminopimelate epimerase  67.15 
 
 		 274 aa  378  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0040  diaminopimelate epimerase  64.96 
 
 		 275 aa  359  2e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00697529 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0495  diaminopimelate epimerase  58.55 
 
 		 308 aa  336  1.9999999999999998e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  59.06 
 
 		 278 aa  335  5e-91  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0196  diaminopimelate epimerase  58.76 
 
 		 290 aa  329  3e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.465069  hitchhiker  0.000651224 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3113  diaminopimelate epimerase  56 
 
 		 277 aa  325  4.0000000000000003e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.534786  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3587  diaminopimelate epimerase  56.73 
 
 		 276 aa  325  5e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.335636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0237  diaminopimelate epimerase  55.27 
 
 		 277 aa  323  3e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0125  diaminopimelate epimerase  57.72 
 
 		 274 aa  322  3e-87  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0061  diaminopimelate epimerase  53.62 
 
 		 279 aa  313  1.9999999999999998e-84  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3837  diaminopimelate epimerase  54.74 
 
 		 277 aa  310  2e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0489107  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0266  diaminopimelate epimerase  56.36 
 
 		 276 aa  310  2e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0349  diaminopimelate epimerase  56.99 
 
 		 293 aa  310  2e-83  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000570655  hitchhiker  0.0000127535 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0316  diaminopimelate epimerase  58.76 
 
 		 276 aa  309  4e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0192  diaminopimelate epimerase  55.84 
 
 		 276 aa  308  5e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0380  diaminopimelate epimerase  54.74 
 
 		 281 aa  308  5e-83  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0405  diaminopimelate epimerase  54.74 
 
 		 283 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.759979  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0119  diaminopimelate epimerase  53.99 
 
 		 278 aa  306  3e-82  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6021  diaminopimelate epimerase  56.36 
 
 		 276 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.449975  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69690  diaminopimelate epimerase  56.36 
 
 		 276 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0119345  normal  0.292475 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2526  diaminopimelate epimerase  56.2 
 
 		 288 aa  298  6e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.126589 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5137  diaminopimelate epimerase  57.09 
 
 		 276 aa  298  8e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.91439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2363  Diaminopimelate epimerase  52.96 
 
 		 297 aa  297  1e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000154753  hitchhiker  0.00000000163815 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0200  diaminopimelate epimerase  54.48 
 
 		 295 aa  296  2e-79  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000663087 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1200  diaminopimelate epimerase  52.36 
 
 		 287 aa  297  2e-79  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0570214  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2743  diaminopimelate epimerase  52.96 
 
 		 288 aa  296  2e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0353205  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0220  diaminopimelate epimerase  54.12 
 
 		 295 aa  296  2e-79  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47710  diaminopimelate epimerase  56.73 
 
 		 276 aa  296  3e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5289  diaminopimelate epimerase  56.36 
 
 		 276 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5228  diaminopimelate epimerase  56.36 
 
 		 287 aa  295  4e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0859  diaminopimelate epimerase  54.21 
 
 		 275 aa  295  6e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2542  diaminopimelate epimerase  55.47 
 
 		 277 aa  294  1e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0836815  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4373  diaminopimelate epimerase  51.94 
 
 		 287 aa  292  4e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0224  diaminopimelate epimerase  54.91 
 
 		 276 aa  292  5e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2069  diaminopimelate epimerase  51.29 
 
 		 276 aa  291  9e-78  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000531715  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0113  diaminopimelate epimerase  51.29 
 
 		 276 aa  291  9e-78  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067838  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0039  diaminopimelate epimerase  50.18 
 
 		 292 aa  289  4e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258665 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0033  diaminopimelate epimerase  50.18 
 
 		 292 aa  288  9e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5499  diaminopimelate epimerase  54.55 
 
 		 276 aa  287  1e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0349  diaminopimelate epimerase  51.24 
 
 		 299 aa  287  2e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0076  diaminopimelate epimerase  51.06 
 
 		 286 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0183  diaminopimelate epimerase  54.18 
 
 		 276 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0198  diaminopimelate epimerase  50.18 
 
 		 288 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0244  diaminopimelate epimerase  54.18 
 
 		 276 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0867905  normal  0.652879 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0153  diaminopimelate epimerase  49.11 
 
 		 288 aa  281  7.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3245  diaminopimelate epimerase  51.56 
 
 		 296 aa  280  2e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3131  diaminopimelate epimerase  50.53 
 
 		 289 aa  278  9e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3080  diaminopimelate epimerase  50.53 
 
 		 387 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.188461 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2471  diaminopimelate epimerase  49.82 
 
 		 309 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3085  diaminopimelate epimerase  49.82 
 
 		 309 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0197  diaminopimelate epimerase  50.88 
 
 		 289 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.925339  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2167  diaminopimelate epimerase  50.53 
 
 		 289 aa  273  3e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.636028  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3444  diaminopimelate epimerase  50.53 
 
 		 291 aa  272  3e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3426  diaminopimelate epimerase  50.53 
 
 		 289 aa  273  3e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>