More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3907 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_3907  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 285 aa  557  1e-158  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.539689  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1439  diaminopimelate epimerase  53.15 
 
 		 272 aa  239  5e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2235  Diaminopimelate epimerase  51.61 
 
 		 268 aa  234  1.0000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.40141 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1404  diaminopimelate epimerase  51.76 
 
 		 278 aa  232  6e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000282005 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1131  diaminopimelate epimerase  52.71 
 
 		 270 aa  227  2e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.587947 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3281  diaminopimelate epimerase  52.46 
 
 		 273 aa  223  2e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0128403  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1446  diaminopimelate epimerase  50.53 
 
 		 280 aa  216  2.9999999999999998e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.788738  normal  0.737233 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0677  diaminopimelate epimerase  50 
 
 		 271 aa  214  9.999999999999999e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.190367 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0816  diaminopimelate epimerase  51.06 
 
 		 274 aa  212  4.9999999999999996e-54  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27640  diaminopimelate epimerase  50.7 
 
 		 277 aa  207  1e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12739  diaminopimelate epimerase  50.68 
 
 		 289 aa  206  3e-52  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.142767  normal  0.397169 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4570  diaminopimelate epimerase  51.43 
 
 		 271 aa  204  1e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.604274  normal  0.276247 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3982  diaminopimelate epimerase  48.42 
 
 		 281 aa  203  3e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0054397  normal  0.0200465 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2435  diaminopimelate epimerase  47.57 
 
 		 289 aa  203  3e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1295 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07270  diaminopimelate epimerase  48 
 
 		 317 aa  201  1.9999999999999998e-50  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3961  diaminopimelate epimerase  48.97 
 
 		 289 aa  199  3e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.28492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2209  diaminopimelate epimerase  46.6 
 
 		 293 aa  195  6e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0340996 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2150  diaminopimelate epimerase  46.6 
 
 		 293 aa  195  6e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0239375 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2163  diaminopimelate epimerase  46.6 
 
 		 313 aa  195  7e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3514  diaminopimelate epimerase  49.83 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0771524 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1623  diaminopimelate epimerase  46.98 
 
 		 293 aa  182  5.0000000000000004e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.195256 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1483  diaminopimelate epimerase  43.97 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1466  diaminopimelate epimerase  43.46 
 
 		 314 aa  180  2e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000267094 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1464  diaminopimelate epimerase  43.81 
 
 		 314 aa  177  1e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.222043  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1501  diaminopimelate epimerase  45.54 
 
 		 319 aa  176  6e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0192882  normal  0.294941 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1799  diaminopimelate epimerase  46.26 
 
 		 290 aa  174  9.999999999999999e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3841  diaminopimelate epimerase  47.22 
 
 		 279 aa  174  9.999999999999999e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2214  diaminopimelate epimerase  43.2 
 
 		 302 aa  170  2e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.271575  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1230  diaminopimelate epimerase  48.45 
 
 		 307 aa  169  5e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.017842 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23090  diaminopimelate epimerase  47.54 
 
 		 313 aa  166  2.9999999999999998e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.107849 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1049  diaminopimelate epimerase  42.9 
 
 		 304 aa  157  1e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.353956 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1558  diaminopimelate epimerase  45.19 
 
 		 321 aa  157  3e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.540975  hitchhiker  0.00734648 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10580  diaminopimelate epimerase  45.05 
 
 		 282 aa  150  2e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2438  diaminopimelate epimerase  44.37 
 
 		 309 aa  144  1e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.270073  normal  0.851316 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  41.1 
 
 		 278 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0105  diaminopimelate epimerase  36.39 
 
 		 297 aa  133  3e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11570  Diaminopimelate epimerase  33.78 
 
 		 284 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  34.45 
 
 		 283 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0323  diaminopimelate epimerase  35.37 
 
 		 279 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0119  diaminopimelate epimerase  38.23 
 
 		 278 aa  118  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4074  diaminopimelate epimerase  35.07 
 
 		 276 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0061  diaminopimelate epimerase  37.67 
 
 		 279 aa  117  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00205  diaminopimelate epimerase  34.69 
 
 		 269 aa  115  6e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1253  diaminopimelate epimerase  41.94 
 
 		 321 aa  115  7.999999999999999e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3995  diaminopimelate epimerase  34.35 
 
 		 275 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3100  diaminopimelate epimerase  31.21 
 
 		 280 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.239794  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3973  diaminopimelate epimerase  34.35 
 
 		 275 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4089  diaminopimelate epimerase  34.35 
 
 		 275 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0401553 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3896  diaminopimelate epimerase  34.35 
 
 		 275 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0191841 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1694  diaminopimelate epimerase  33.11 
 
 		 284 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0440642  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0378  diaminopimelate epimerase  34.03 
 
 		 278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1173  diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 		 278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  hitchhiker  0.0076294 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0495  diaminopimelate epimerase  35.4 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4308  diaminopimelate epimerase  35.05 
 
 		 275 aa  113  3e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3582  diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 		 275 aa  113  3e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.653633  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1453  diaminopimelate epimerase  37.71 
 
 		 286 aa  113  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5143  diaminopimelate epimerase  32.07 
 
 		 281 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75804e-23 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0392  diaminopimelate epimerase  35.05 
 
 		 275 aa  113  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3633  diaminopimelate epimerase  35.05 
 
 		 275 aa  113  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.476258 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0657  diaminopimelate epimerase  37.85 
 
 		 254 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0391  diaminopimelate epimerase  35.05 
 
 		 275 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.749695 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2998  diaminopimelate epimerase  37.7 
 
 		 292 aa  112  6e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3688  diaminopimelate epimerase  37.7 
 
 		 315 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24568  normal  0.690927 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0316  diaminopimelate epimerase  39.18 
 
 		 276 aa  112  8.000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2751  diaminopimelate epimerase  33.57 
 
 		 268 aa  112  9e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1183  diaminopimelate epimerase  36.64 
 
 		 280 aa  112  9e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.147631  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3113  diaminopimelate epimerase  36.36 
 
 		 277 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.534786  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4157  diaminopimelate epimerase  34.94 
 
 		 274 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4275  diaminopimelate epimerase  34.94 
 
 		 274 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4175  diaminopimelate epimerase  34.94 
 
 		 274 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.132697  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1371  diaminopimelate epimerase  37.01 
 
 		 368 aa  110  2.0000000000000002e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.692483  normal  0.473185 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4227  diaminopimelate epimerase  34.94 
 
 		 274 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.642483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1150  Diaminopimelate epimerase  34.54 
 
 		 287 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.756006  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4334  diaminopimelate epimerase  34.94 
 
 		 274 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03685  diaminopimelate epimerase  34.14 
 
 		 274 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.163573  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4170  Diaminopimelate epimerase  34.14 
 
 		 274 aa  110  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.837067  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4175  diaminopimelate epimerase  34.14 
 
 		 274 aa  110  3e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0210737 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4198  diaminopimelate epimerase  34.14 
 
 		 274 aa  110  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.180433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5248  diaminopimelate epimerase  34.14 
 
 		 274 aa  110  3e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3444  diaminopimelate epimerase  34.44 
 
 		 291 aa  110  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4034  diaminopimelate epimerase  34.14 
 
 		 274 aa  110  3e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4328  diaminopimelate epimerase  34.14 
 
 		 274 aa  110  3e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03634  hypothetical protein  34.14 
 
 		 274 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.191697  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3837  diaminopimelate epimerase  37.93 
 
 		 277 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0489107  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0405  diaminopimelate epimerase  36.27 
 
 		 283 aa  109  5e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.759979  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4166  diaminopimelate epimerase  32.75 
 
 		 274 aa  108  7.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0349  diaminopimelate epimerase  35.88 
 
 		 299 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4269  diaminopimelate epimerase  33.45 
 
 		 274 aa  108  1e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3975  diaminopimelate epimerase  33.1 
 
 		 274 aa  108  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.525187  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0380  diaminopimelate epimerase  34.35 
 
 		 281 aa  108  1e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3088  diaminopimelate epimerase  33.79 
 
 		 282 aa  108  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.233699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1058  diaminopimelate epimerase  35.95 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.553091  normal  0.543638 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0218  diaminopimelate epimerase  31.1 
 
 		 266 aa  108  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2322  diaminopimelate epimerase  33 
 
 		 277 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000212903  hitchhiker  0.00476007 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09701  diaminopimelate epimerase  28.62 
 
 		 286 aa  107  2e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0227672  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34582  predicted protein  33.22 
 
 		 334 aa  107  2e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0126  diaminopimelate epimerase  31.62 
 
 		 276 aa  107  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1604  diaminopimelate epimerase  36.33 
 
 		 278 aa  107  3e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.728905  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0237  diaminopimelate epimerase  34.93 
 
 		 277 aa  107  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3983  diaminopimelate epimerase  33.1 
 
 		 274 aa  107  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.983346  normal  0.2689 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>