More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3514 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3514  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 302 aa  584  1e-166  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0771524 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1230  diaminopimelate epimerase  73.19 
 
 		 307 aa  332  5e-90  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.017842 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1131  diaminopimelate epimerase  58.91 
 
 		 270 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.587947 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3281  diaminopimelate epimerase  60.14 
 
 		 273 aa  249  5e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0128403  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2235  Diaminopimelate epimerase  55.04 
 
 		 268 aa  248  9e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.40141 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1404  diaminopimelate epimerase  55.9 
 
 		 278 aa  236  2e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000282005 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1446  diaminopimelate epimerase  57.04 
 
 		 280 aa  233  3e-60  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.788738  normal  0.737233 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3982  diaminopimelate epimerase  53.85 
 
 		 281 aa  231  1e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0054397  normal  0.0200465 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0816  diaminopimelate epimerase  50.89 
 
 		 274 aa  229  4e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3841  diaminopimelate epimerase  57.19 
 
 		 279 aa  225  7e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0677  diaminopimelate epimerase  48.56 
 
 		 271 aa  216  2.9999999999999998e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.190367 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1439  diaminopimelate epimerase  49.83 
 
 		 272 aa  216  4e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2214  diaminopimelate epimerase  49.15 
 
 		 302 aa  207  1e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.271575  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4570  diaminopimelate epimerase  51.47 
 
 		 271 aa  207  2e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.604274  normal  0.276247 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1623  diaminopimelate epimerase  50 
 
 		 293 aa  204  2e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.195256 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2150  diaminopimelate epimerase  48.1 
 
 		 293 aa  201  9e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0239375 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2209  diaminopimelate epimerase  48.1 
 
 		 293 aa  201  9e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0340996 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07270  diaminopimelate epimerase  47.19 
 
 		 317 aa  201  9.999999999999999e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2163  diaminopimelate epimerase  47.93 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1501  diaminopimelate epimerase  49.68 
 
 		 319 aa  200  3e-50  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0192882  normal  0.294941 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12739  diaminopimelate epimerase  51.05 
 
 		 289 aa  199  5e-50  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.142767  normal  0.397169 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1049  diaminopimelate epimerase  47.04 
 
 		 304 aa  199  7e-50  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.353956 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27640  diaminopimelate epimerase  49.82 
 
 		 277 aa  197  2.0000000000000003e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2435  diaminopimelate epimerase  47.4 
 
 		 289 aa  196  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1295 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1483  diaminopimelate epimerase  47.33 
 
 		 303 aa  196  6e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3961  diaminopimelate epimerase  47.4 
 
 		 289 aa  193  2e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.28492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10580  diaminopimelate epimerase  53.15 
 
 		 282 aa  187  1e-46  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23090  diaminopimelate epimerase  48.06 
 
 		 313 aa  186  5e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.107849 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1799  diaminopimelate epimerase  50.65 
 
 		 290 aa  181  1e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3907  diaminopimelate epimerase  49.13 
 
 		 285 aa  178  8e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.539689  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1466  diaminopimelate epimerase  42.59 
 
 		 314 aa  175  7e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000267094 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1558  diaminopimelate epimerase  47.35 
 
 		 321 aa  172  7.999999999999999e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.540975  hitchhiker  0.00734648 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1464  diaminopimelate epimerase  44.53 
 
 		 314 aa  167  2e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.222043  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2438  diaminopimelate epimerase  47.51 
 
 		 309 aa  164  1.0000000000000001e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.270073  normal  0.851316 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  39.19 
 
 		 283 aa  163  3e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1604  diaminopimelate epimerase  43.14 
 
 		 278 aa  159  4e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.728905  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1173  diaminopimelate epimerase  37.41 
 
 		 278 aa  158  1e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  hitchhiker  0.0076294 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0105  diaminopimelate epimerase  39.6 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  41.1 
 
 		 278 aa  155  9e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11570  Diaminopimelate epimerase  35.71 
 
 		 284 aa  153  2.9999999999999998e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1927  diaminopimelate epimerase  38.93 
 
 		 280 aa  152  5.9999999999999996e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34582  predicted protein  37.34 
 
 		 334 aa  150  2e-35  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0380  diaminopimelate epimerase  37.58 
 
 		 281 aa  150  3e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3100  diaminopimelate epimerase  35.71 
 
 		 280 aa  149  5e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.239794  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4074  diaminopimelate epimerase  36.3 
 
 		 276 aa  149  6e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0549  diaminopimelate epimerase  37.58 
 
 		 280 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0196  diaminopimelate epimerase  38.36 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.465069  hitchhiker  0.000651224 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0061  diaminopimelate epimerase  39.53 
 
 		 279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5143  diaminopimelate epimerase  34.8 
 
 		 281 aa  146  5e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75804e-23 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0004  diaminopimelate epimerase  34.34 
 
 		 292 aa  145  1e-33  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0554484  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1200  diaminopimelate epimerase  39.93 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0570214  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1150  Diaminopimelate epimerase  39 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.756006  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3245  diaminopimelate epimerase  38.26 
 
 		 296 aa  143  3e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0237  diaminopimelate epimerase  36.18 
 
 		 277 aa  143  3e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1453  diaminopimelate epimerase  38.67 
 
 		 286 aa  143  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0495  diaminopimelate epimerase  38.57 
 
 		 308 aa  143  4e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1253  diaminopimelate epimerase  43.29 
 
 		 321 aa  143  4e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1694  diaminopimelate epimerase  37.29 
 
 		 284 aa  142  5e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0440642  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3582  diaminopimelate epimerase  35.27 
 
 		 275 aa  142  6e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.653633  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0323  diaminopimelate epimerase  37.58 
 
 		 279 aa  142  6e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0349  diaminopimelate epimerase  36.64 
 
 		 293 aa  142  7e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000570655  hitchhiker  0.0000127535 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00205  diaminopimelate epimerase  36.75 
 
 		 269 aa  142  8e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3837  diaminopimelate epimerase  39.39 
 
 		 277 aa  141  9.999999999999999e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0489107  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1371  diaminopimelate epimerase  40.07 
 
 		 368 aa  142  9.999999999999999e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.692483  normal  0.473185 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_35896  predicted protein  37.25 
 
 		 407 aa  141  9.999999999999999e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.22648  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3545  diaminopimelate epimerase  34.67 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0378  diaminopimelate epimerase  35.37 
 
 		 278 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0200  diaminopimelate epimerase  37.88 
 
 		 295 aa  140  3e-32  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000663087 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0198  diaminopimelate epimerase  38.26 
 
 		 288 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1107  diaminopimelate epimerase  38.05 
 
 		 355 aa  140  3e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.134817  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0392  diaminopimelate epimerase  34.59 
 
 		 275 aa  140  3e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3633  diaminopimelate epimerase  34.59 
 
 		 275 aa  140  3e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.476258 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4308  diaminopimelate epimerase  34.59 
 
 		 275 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0164  diaminopimelate epimerase  33.45 
 
 		 277 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.543882  normal  0.191958 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3113  diaminopimelate epimerase  39.79 
 
 		 277 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.534786  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0153  diaminopimelate epimerase  37.09 
 
 		 288 aa  139  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09701  diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 		 286 aa  139  3.9999999999999997e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0227672  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0391  diaminopimelate epimerase  34.93 
 
 		 275 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.749695 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2998  diaminopimelate epimerase  37.87 
 
 		 292 aa  139  6e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0220  diaminopimelate epimerase  37.2 
 
 		 295 aa  139  6e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0899  diaminopimelate epimerase  37.95 
 
 		 294 aa  139  7e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3896  diaminopimelate epimerase  35.15 
 
 		 275 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0191841 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4089  diaminopimelate epimerase  35.15 
 
 		 275 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0401553 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3973  diaminopimelate epimerase  35.15 
 
 		 275 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3995  diaminopimelate epimerase  35.15 
 
 		 275 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0630  diaminopimelate epimerase  35.25 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.822901  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0192  diaminopimelate epimerase  38.83 
 
 		 276 aa  138  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1738  diaminopimelate epimerase  32.76 
 
 		 277 aa  138  1e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3688  diaminopimelate epimerase  38.54 
 
 		 315 aa  137  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24568  normal  0.690927 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0799  diaminopimelate epimerase  38.41 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0724  diaminopimelate epimerase  33.11 
 
 		 277 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0456566  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2393  diaminopimelate epimerase  34.81 
 
 		 276 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.976013  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0185  diaminopimelate epimerase  37.2 
 
 		 280 aa  137  3.0000000000000003e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00343666  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1015  diaminopimelate epimerase  35.25 
 
 		 274 aa  137  3.0000000000000003e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2542  diaminopimelate epimerase  38.28 
 
 		 277 aa  135  6.0000000000000005e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0836815  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2316  diaminopimelate epimerase  38.85 
 
 		 274 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00309  diaminopimelate epimerase  37.07 
 
 		 276 aa  135  6.0000000000000005e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1913  Diaminopimelate epimerase  34.82 
 
 		 299 aa  135  9e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0166  diaminopimelate epimerase  35.33 
 
 		 288 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0119  diaminopimelate epimerase  37.72 
 
 		 278 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>