More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0899 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0899  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 294 aa  595  1e-169  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1058  diaminopimelate epimerase  76.87 
 
 		 299 aa  451  1.0000000000000001e-126  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.553091  normal  0.543638 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3435  diaminopimelate epimerase  75.25 
 
 		 295 aa  440  9.999999999999999e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2998  diaminopimelate epimerase  73.04 
 
 		 292 aa  424  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3688  diaminopimelate epimerase  72.35 
 
 		 315 aa  423  1e-117  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24568  normal  0.690927 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3444  diaminopimelate epimerase  70.55 
 
 		 291 aa  419  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0799  diaminopimelate epimerase  71.86 
 
 		 292 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1453  diaminopimelate epimerase  70.75 
 
 		 286 aa  399  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0129  diaminopimelate epimerase  64.53 
 
 		 297 aa  354  1e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0648318 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3245  diaminopimelate epimerase  62.91 
 
 		 296 aa  352  5e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0153  diaminopimelate epimerase  60.2 
 
 		 288 aa  342  4e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6435  diaminopimelate epimerase  59.66 
 
 		 289 aa  340  1e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0076  diaminopimelate epimerase  60.07 
 
 		 286 aa  340  2e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0192  diaminopimelate epimerase  61.38 
 
 		 276 aa  338  5.9999999999999996e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0198  diaminopimelate epimerase  60.54 
 
 		 288 aa  338  5.9999999999999996e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0172  diaminopimelate epimerase  60.34 
 
 		 289 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4373  diaminopimelate epimerase  59.86 
 
 		 287 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0349  diaminopimelate epimerase  59.86 
 
 		 299 aa  335  3.9999999999999995e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2471  diaminopimelate epimerase  58.84 
 
 		 309 aa  335  5e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3085  diaminopimelate epimerase  58.84 
 
 		 309 aa  335  5e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3131  diaminopimelate epimerase  58.84 
 
 		 289 aa  335  7e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3080  diaminopimelate epimerase  58.98 
 
 		 387 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.188461 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0197  diaminopimelate epimerase  60 
 
 		 289 aa  332  5e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.925339  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3260  diaminopimelate epimerase  59.66 
 
 		 289 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0209  diaminopimelate epimerase  59.66 
 
 		 289 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3426  diaminopimelate epimerase  59.66 
 
 		 289 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2167  diaminopimelate epimerase  59.66 
 
 		 289 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.636028  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2922  diaminopimelate epimerase  59.66 
 
 		 289 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.513817  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3102  diaminopimelate epimerase  57.82 
 
 		 309 aa  329  3e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.671935 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0196  diaminopimelate epimerase  59.93 
 
 		 290 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.465069  hitchhiker  0.000651224 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3837  diaminopimelate epimerase  59.73 
 
 		 277 aa  324  8.000000000000001e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0489107  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2994  diaminopimelate epimerase  58.89 
 
 		 282 aa  324  1e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0384566 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0039  diaminopimelate epimerase  59.39 
 
 		 292 aa  323  2e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258665 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0033  diaminopimelate epimerase  58.7 
 
 		 292 aa  319  3e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2526  diaminopimelate epimerase  60.55 
 
 		 288 aa  304  1.0000000000000001e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.126589 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0495  diaminopimelate epimerase  53.42 
 
 		 308 aa  303  2.0000000000000002e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2542  diaminopimelate epimerase  57.39 
 
 		 277 aa  301  1e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0836815  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0137  diaminopimelate epimerase  59.39 
 
 		 292 aa  299  3e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  55.67 
 
 		 278 aa  295  7e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4553  diaminopimelate epimerase  49.01 
 
 		 382 aa  293  3e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1723  Diaminopimelate epimerase  54.51 
 
 		 284 aa  290  2e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.714915  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0237  diaminopimelate epimerase  53.45 
 
 		 277 aa  286  2e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3113  diaminopimelate epimerase  53.95 
 
 		 277 aa  284  1.0000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.534786  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0316  diaminopimelate epimerase  55.52 
 
 		 276 aa  282  5.000000000000001e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2006  diaminopimelate epimerase  53.92 
 
 		 284 aa  279  3e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2069  diaminopimelate epimerase  48.43 
 
 		 276 aa  277  2e-73  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000531715  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0113  diaminopimelate epimerase  48.43 
 
 		 276 aa  277  2e-73  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067838  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0380  diaminopimelate epimerase  52.94 
 
 		 281 aa  277  2e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3582  diaminopimelate epimerase  51.74 
 
 		 275 aa  276  4e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.653633  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0323  diaminopimelate epimerase  50.52 
 
 		 279 aa  276  4e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4308  diaminopimelate epimerase  51.74 
 
 		 275 aa  275  9e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0392  diaminopimelate epimerase  51.39 
 
 		 275 aa  275  9e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3633  diaminopimelate epimerase  51.39 
 
 		 275 aa  275  9e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.476258 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3973  diaminopimelate epimerase  52.08 
 
 		 275 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3995  diaminopimelate epimerase  52.08 
 
 		 275 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3896  diaminopimelate epimerase  52.08 
 
 		 275 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0191841 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4089  diaminopimelate epimerase  52.08 
 
 		 275 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0401553 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0391  diaminopimelate epimerase  51.04 
 
 		 275 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.749695 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0266  diaminopimelate epimerase  54.14 
 
 		 276 aa  273  3e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2363  Diaminopimelate epimerase  51.9 
 
 		 297 aa  268  1e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000154753  hitchhiker  0.00000000163815 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2743  diaminopimelate epimerase  51.9 
 
 		 288 aa  267  1e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0353205  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0061  diaminopimelate epimerase  49.66 
 
 		 279 aa  268  1e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4334  diaminopimelate epimerase  50 
 
 		 274 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4157  diaminopimelate epimerase  50 
 
 		 274 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4275  diaminopimelate epimerase  50 
 
 		 274 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4227  diaminopimelate epimerase  50 
 
 		 274 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.642483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2393  diaminopimelate epimerase  50.35 
 
 		 276 aa  267  2e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.976013  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4175  diaminopimelate epimerase  50 
 
 		 274 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.132697  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0378  diaminopimelate epimerase  50.7 
 
 		 278 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1200  diaminopimelate epimerase  52.6 
 
 		 287 aa  266  2.9999999999999995e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0570214  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3587  diaminopimelate epimerase  49.31 
 
 		 276 aa  265  5.999999999999999e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.335636  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03685  diaminopimelate epimerase  50 
 
 		 274 aa  264  1e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.163573  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4170  Diaminopimelate epimerase  50 
 
 		 274 aa  264  1e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.837067  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4328  diaminopimelate epimerase  50 
 
 		 274 aa  264  1e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4198  diaminopimelate epimerase  50 
 
 		 274 aa  264  1e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.180433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4175  diaminopimelate epimerase  50 
 
 		 274 aa  264  1e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0210737 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4034  diaminopimelate epimerase  50 
 
 		 274 aa  264  1e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0232  diaminopimelate epimerase  50 
 
 		 274 aa  264  1e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.596238  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03634  hypothetical protein  50 
 
 		 274 aa  264  1e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.191697  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5248  diaminopimelate epimerase  50 
 
 		 274 aa  264  1e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47710  diaminopimelate epimerase  53.08 
 
 		 276 aa  263  3e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0349  diaminopimelate epimerase  50 
 
 		 293 aa  262  4e-69  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000570655  hitchhiker  0.0000127535 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4269  diaminopimelate epimerase  49.31 
 
 		 274 aa  262  4.999999999999999e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1610  diaminopimelate epimerase  46.88 
 
 		 274 aa  261  8e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0119  diaminopimelate epimerase  50.17 
 
 		 278 aa  260  2e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0182  diaminopimelate epimerase  49.65 
 
 		 274 aa  260  2e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.998768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0220  diaminopimelate epimerase  50.35 
 
 		 295 aa  260  2e-68  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3983  diaminopimelate epimerase  49.65 
 
 		 274 aa  259  3e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.983346  normal  0.2689 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0405  diaminopimelate epimerase  49.48 
 
 		 283 aa  259  4e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.759979  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3975  diaminopimelate epimerase  50 
 
 		 274 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.525187  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0200  diaminopimelate epimerase  50.35 
 
 		 295 aa  258  1e-67  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000663087 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00205  diaminopimelate epimerase  48.06 
 
 		 269 aa  257  1e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4166  diaminopimelate epimerase  49.31 
 
 		 274 aa  257  2e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0183  diaminopimelate epimerase  50 
 
 		 274 aa  257  2e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.190067  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0859  diaminopimelate epimerase  53.87 
 
 		 275 aa  256  3e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6021  diaminopimelate epimerase  51.03 
 
 		 276 aa  256  3e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.449975  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69690  diaminopimelate epimerase  51.03 
 
 		 276 aa  256  3e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0119345  normal  0.292475 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00309  diaminopimelate epimerase  51.74 
 
 		 276 aa  254  9e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5289  diaminopimelate epimerase  53.1 
 
 		 276 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0224  diaminopimelate epimerase  50.69 
 
 		 276 aa  253  3e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>