More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2398 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2398  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 211 aa  410  1e-114  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.010674  normal  0.0425697 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2446  TetR family transcriptional regulator  69.27 
 
 		 243 aa  191  8e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00126454  normal  0.145119 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4093  putative transcriptional regulator, TetR family  59.8 
 
 		 213 aa  189  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.365154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5385  transcriptional regulator, TetR family  52.4 
 
 		 213 aa  175  6e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0901691 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6288  transcriptional regulator, TetR family  41 
 
 		 237 aa  126  3e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4296  transcriptional regulator, TetR family  38.28 
 
 		 212 aa  118  4.9999999999999996e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0786  putative transcriptional regulator, TetR family  36.74 
 
 		 215 aa  103  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000169887  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3406  putative transcriptional regulator, TetR family  36.02 
 
 		 222 aa  96.3  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209005  normal  0.472724 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2165  putative transcriptional regulator, TetR family  36.41 
 
 		 215 aa  91.3  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.367605  normal  0.919137 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0193  transcriptional regulator, TetR family  43.79 
 
 		 215 aa  81.6  0.000000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2460  transcriptional regulator, TetR family  43.52 
 
 		 214 aa  79.7  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.953634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4473  putative transcriptional regulator, TetR family  42.28 
 
 		 208 aa  77.4  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.446518  normal  0.220039 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0172  TetR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 208 aa  73.2  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143032  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4583  putative transcriptional regulator, TetR family  48.35 
 
 		 200 aa  71.2  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.181423  normal  0.302497 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2372  transcriptional regulator, TetR family  34.25 
 
 		 236 aa  71.2  0.00000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3172  transcriptional regulator, TetR family  45.24 
 
 		 198 aa  68.6  0.00000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3896  transcriptional regulator, TetR family  34.68 
 
 		 202 aa  68.6  0.00000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.673039  normal  0.0314346 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0667  transcriptional regulator, TetR family  45.36 
 
 		 209 aa  68.2  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1711  putative transcriptional regulator, TetR family  34.52 
 
 		 208 aa  68.2  0.00000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.195446 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4515  TetR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 221 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6254  putative transcriptional regulator, TetR family  44.71 
 
 		 208 aa  67.4  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.170118  normal  0.0153866 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5563  transcriptional regulator, TetR family  30.39 
 
 		 246 aa  67  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.811394 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5636  transcriptional regulator, TetR family  54.24 
 
 		 202 aa  67.4  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.500793 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1662  transcriptional regulator, TetR family  49.51 
 
 		 206 aa  67  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.539832  normal  0.0656981 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3564  putative transcriptional regulator, TetR family  37.82 
 
 		 217 aa  67  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.394377 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3333  transcriptional regulator, TetR family  32.85 
 
 		 202 aa  67  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.202273 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2044  transcriptional regulator, TetR family  40.6 
 
 		 217 aa  66.2  0.0000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.713085  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0871  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 219 aa  65.5  0.0000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5284  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 217 aa  65.1  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  43.82 
 
 		 232 aa  65.1  0.0000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4216  transcriptional regulator, TetR family  38.64 
 
 		 215 aa  64.7  0.0000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2237  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 		 214 aa  64.7  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00985462  hitchhiker  0.00000967235 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  44.32 
 
 		 242 aa  63.2  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1420  transcriptional regulator, TetR family  34.58 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0102  transcriptional regulator, TetR family  36.11 
 
 		 192 aa  61.6  0.000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.351493 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2069  TetR family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 212 aa  61.6  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.327504 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4596  TetR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 204 aa  60.1  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.887184 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3949  transcriptional regulator, TetR family  44.16 
 
 		 210 aa  60.5  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0865952  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3008  transcriptional regulator, TetR family  43.59 
 
 		 280 aa  60.5  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3846  transcriptional regulator, TetR family  36.97 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.213396  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0274  transcriptional regulator, TetR family  32.86 
 
 		 192 aa  60.5  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.160629  normal  0.0104752 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3839  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 251 aa  60.8  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7123  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 200 aa  60.5  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  46.48 
 
 		 225 aa  60.1  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0635  transcription regulator protein  37.65 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5861  transcriptional regulator, TetR family  31.76 
 
 		 197 aa  58.9  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.356858 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2988  regulatory protein, TetR  32.41 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.399481  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3919  transcriptional regulator, TetR family  49.18 
 
 		 209 aa  58.9  0.00000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.738583 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3806  transcriptional regulator, TetR family  49.18 
 
 		 209 aa  58.9  0.00000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.238661 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0716  TetR family transcriptional regulator  48.24 
 
 		 289 aa  58.5  0.00000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.673391 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4457  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 215 aa  58.5  0.00000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4544  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 215 aa  58.5  0.00000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.317306 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4839  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 215 aa  58.5  0.00000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0941729 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0334  transcriptional regulator, TetR family  39.77 
 
 		 226 aa  58.5  0.00000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.202617  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  56.14 
 
 		 231 aa  58.2  0.00000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4757  TetR family transcriptional regulator  45.35 
 
 		 247 aa  58.2  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8533  putative transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 199 aa  58.2  0.00000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00958176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4318  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 214 aa  58.2  0.00000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.419772 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  43.96 
 
 		 221 aa  57.8  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4988  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 246 aa  58.2  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0053  transcriptional regulator, TetR family  47.37 
 
 		 212 aa  57.8  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1928  transcriptional regulator, TetR family  48.15 
 
 		 235 aa  57.8  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0356  transcriptional regulator, TetR family  29.76 
 
 		 235 aa  57.4  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00145185  hitchhiker  0.0000223354 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 220 aa  57.8  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4463  transcriptional regulator, TetR family  47.3 
 
 		 204 aa  57.8  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  53.45 
 
 		 235 aa  57  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0709  regulatory protein TetR  50 
 
 		 248 aa  56.6  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0291  putative transcriptional regulator, TetR family  47.54 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28480  transcriptional regulator  49.21 
 
 		 326 aa  56.6  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.552525 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1148  transcriptional regulator, TetR family  43.82 
 
 		 198 aa  56.6  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.562135  normal  0.441003 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23360  transcriptional regulator, tetR family  33.01 
 
 		 206 aa  56.6  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.445238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0103  transcriptional regulator, TetR family  34.65 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 233 aa  56.2  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3143  transcriptional regulator, TetR family  40.48 
 
 		 230 aa  56.2  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4029  TetR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 196 aa  55.5  0.0000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5054  putative transcriptional regulator, TetR family  34.33 
 
 		 201 aa  55.8  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.613298 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5885  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 203 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.687121 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1997  TetR family transcriptional regulator  60.98 
 
 		 209 aa  54.3  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0474929  normal  0.0514197 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4304  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 202 aa  54.3  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.148025  normal  0.676238 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0266  TetR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 207 aa  54.7  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.437766  hitchhiker  0.000931508 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 226 aa  54.3  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5175  putative transcriptional regulator, TetR family  35.43 
 
 		 205 aa  54.7  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0125916  hitchhiker  0.00846982 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2666  TetR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 213 aa  53.5  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4652  TetR family transcriptional regulator  27 
 
 		 195 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4421  TetR family transcriptional regulator  27 
 
 		 195 aa  53.9  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4260  transcriptional regulator  27 
 
 		 195 aa  53.9  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6173  transcriptional regulator, TetR family  39.66 
 
 		 202 aa  53.5  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4272  transcriptional regulator  27 
 
 		 195 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3845  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 209 aa  53.5  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00359694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3717  TetR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 191 aa  53.5  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4762  TetR family transcriptional regulator  27 
 
 		 195 aa  53.9  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4653  transcriptional regulator, TetR family  27 
 
 		 195 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4637  transcriptional regulator, TetR family  27 
 
 		 195 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4824  TetR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 228 aa  53.5  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4171  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 203 aa  53.9  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0201849  hitchhiker  0.000462956 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1118  transcriptional regulator, TetR family  42.11 
 
 		 201 aa  53.5  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00548751  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4633  transcriptional regulator, TetR family  27 
 
 		 195 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.169287  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4242  transcriptional regulator, TetR family  40.62 
 
 		 200 aa  53.5  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1218  TetR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 206 aa  53.1  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0787  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 192 aa  53.5  0.000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0101484 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>