More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_2446 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_2446  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 243 aa  468  1.0000000000000001e-131  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00126454  normal  0.145119 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2398  TetR family transcriptional regulator  68.63 
 
 		 211 aa  220  1.9999999999999999e-56  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.010674  normal  0.0425697 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4093  putative transcriptional regulator, TetR family  63.27 
 
 		 213 aa  186  3e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.365154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5385  transcriptional regulator, TetR family  50.48 
 
 		 213 aa  173  1.9999999999999998e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0901691 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6288  transcriptional regulator, TetR family  44.78 
 
 		 237 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4296  transcriptional regulator, TetR family  38.39 
 
 		 212 aa  124  1e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0786  putative transcriptional regulator, TetR family  36.23 
 
 		 215 aa  109  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000169887  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3406  putative transcriptional regulator, TetR family  36.5 
 
 		 222 aa  105  6e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209005  normal  0.472724 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2165  putative transcriptional regulator, TetR family  37.98 
 
 		 215 aa  102  7e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.367605  normal  0.919137 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3896  transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 		 202 aa  85.1  8e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.673039  normal  0.0314346 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2237  transcriptional regulator, TetR family  33.91 
 
 		 214 aa  82.8  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00985462  hitchhiker  0.00000967235 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4473  putative transcriptional regulator, TetR family  38.18 
 
 		 208 aa  82  0.000000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.446518  normal  0.220039 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0172  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 208 aa  82  0.000000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143032  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0193  transcriptional regulator, TetR family  38.12 
 
 		 215 aa  80.1  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3564  putative transcriptional regulator, TetR family  39.39 
 
 		 217 aa  79.7  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.394377 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0102  transcriptional regulator, TetR family  39.16 
 
 		 192 aa  76.6  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.351493 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2460  transcriptional regulator, TetR family  35.54 
 
 		 214 aa  75.5  0.0000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.953634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5563  transcriptional regulator, TetR family  32.57 
 
 		 246 aa  75.1  0.0000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.811394 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5284  transcriptional regulator, TetR family  36.61 
 
 		 217 aa  74.7  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0334  transcriptional regulator, TetR family  34.57 
 
 		 226 aa  74.7  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.202617  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4583  putative transcriptional regulator, TetR family  58.73 
 
 		 200 aa  73.6  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.181423  normal  0.302497 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1711  putative transcriptional regulator, TetR family  33.53 
 
 		 208 aa  73.9  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.195446 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8533  putative transcriptional regulator, TetR family  34.57 
 
 		 199 aa  73.6  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00958176  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5636  transcriptional regulator, TetR family  56.9 
 
 		 202 aa  72.4  0.000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.500793 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7123  TetR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 200 aa  72.4  0.000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4216  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 215 aa  72  0.000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6254  putative transcriptional regulator, TetR family  57.14 
 
 		 208 aa  72  0.000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.170118  normal  0.0153866 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1662  transcriptional regulator, TetR family  44 
 
 		 206 aa  72  0.000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.539832  normal  0.0656981 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2525  transcriptional regulator, TetR family  36.57 
 
 		 200 aa  71.6  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0871  transcriptional regulator, TetR family  41.11 
 
 		 219 aa  69.7  0.00000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0667  transcriptional regulator, TetR family  40.94 
 
 		 209 aa  68.9  0.00000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4515  TetR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 221 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4463  transcriptional regulator, TetR family  58.06 
 
 		 204 aa  68.2  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0716  TetR family transcriptional regulator  51.11 
 
 		 289 aa  67.4  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.673391 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1928  transcriptional regulator, TetR family  40.74 
 
 		 235 aa  67.4  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2069  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 212 aa  66.6  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.327504 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0291  putative transcriptional regulator, TetR family  32.02 
 
 		 212 aa  66.6  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3333  transcriptional regulator, TetR family  34.08 
 
 		 202 aa  66.2  0.0000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.202273 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4757  TetR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 247 aa  65.9  0.0000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2044  transcriptional regulator, TetR family  36.31 
 
 		 217 aa  65.5  0.0000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.713085  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3008  transcriptional regulator, TetR family  32.09 
 
 		 280 aa  64.7  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4457  TetR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 215 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4544  TetR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 215 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.317306 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23360  transcriptional regulator, tetR family  33.18 
 
 		 206 aa  65.1  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.445238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4839  TetR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 215 aa  65.1  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0941729 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0350  TetR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 194 aa  65.1  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.378963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4596  TetR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 204 aa  64.3  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.887184 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1420  transcriptional regulator, TetR family  33.84 
 
 		 212 aa  64.3  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4397  transcriptional regulator, TetR family  35.26 
 
 		 209 aa  63.9  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2372  transcriptional regulator, TetR family  34.83 
 
 		 236 aa  63.9  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0665  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 195 aa  63.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11957  normal  0.196161 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0409  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 192 aa  63.5  0.000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0053  transcriptional regulator, TetR family  36.22 
 
 		 212 aa  63.5  0.000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0418  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 192 aa  63.5  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.602911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3172  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 198 aa  63.5  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2988  regulatory protein, TetR  34.88 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.399481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0274  transcriptional regulator, TetR family  34.53 
 
 		 192 aa  62.4  0.000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.160629  normal  0.0104752 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5054  putative transcriptional regulator, TetR family  51.61 
 
 		 201 aa  62.4  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.613298 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4988  transcriptional regulator, TetR family  43.21 
 
 		 246 aa  62.4  0.000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0397  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 192 aa  62.4  0.000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.188282 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0103  transcriptional regulator, TetR family  33.92 
 
 		 210 aa  62  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5861  transcriptional regulator, TetR family  35.51 
 
 		 197 aa  62  0.000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.356858 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3949  transcriptional regulator, TetR family  55.17 
 
 		 210 aa  62  0.000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0865952  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7250  transcriptional regulator, TetR family  33.07 
 
 		 252 aa  62  0.000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6173  transcriptional regulator, TetR family  34.86 
 
 		 202 aa  61.2  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2672  TetR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 217 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3143  transcriptional regulator, TetR family  36.13 
 
 		 230 aa  60.8  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2987  hypothetical protein  54.39 
 
 		 219 aa  60.8  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3919  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 209 aa  60.5  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.738583 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3806  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 209 aa  60.5  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.238661 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0709  regulatory protein TetR  33.57 
 
 		 248 aa  60.8  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3877  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 223 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.208498 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3895  transcriptional regulator, TetR family  46 
 
 		 204 aa  60.1  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.467976  normal  0.029552 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5885  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 203 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.687121 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2229  TetR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00028806  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2014  TetR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0449612  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1986  TetR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000218655  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1968  TetR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0105465  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3846  transcriptional regulator, TetR family  50.91 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.213396  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2169  TetR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000817381  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2488  transcriptional regulator, TetR family  39.51 
 
 		 215 aa  59.7  0.00000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.930531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2312  transcriptional regulator, TetR family  40.35 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000153851  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2004  TetR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00390576  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4029  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1728  TetR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 214 aa  59.3  0.00000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.689181 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0270  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 192 aa  58.5  0.00000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.522665  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1155  transcriptional regulator, TetR family  47.46 
 
 		 223 aa  58.5  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.931412 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0635  transcription regulator protein  36.47 
 
 		 216 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5175  putative transcriptional regulator, TetR family  33.99 
 
 		 205 aa  57.4  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0125916  hitchhiker  0.00846982 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0787  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 192 aa  57.4  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0101484 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0550  TetR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 229 aa  57  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.345828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3397  transcriptional regulator, TetR family  51.72 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0550529  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0113  transcriptional regulator, TetR family  34.5 
 
 		 211 aa  57  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.987214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1461  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 197 aa  55.8  0.0000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0279876 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4318  transcriptional regulator, TetR family  41.43 
 
 		 214 aa  55.8  0.0000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.419772 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1156  TetR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 192 aa  55.8  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00478832  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2236  TetR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.226682  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7136  transcriptional regulator, TetR family  35.61 
 
 		 237 aa  55.8  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00720754  normal  0.217815 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3324  regulatory protein, TetR  45.9 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0882884 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4472  transcriptional regulator, TetR family  63.27 
 
 		 205 aa  55.1  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.590949  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>