More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0302 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_0302  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 243 aa  500  1e-141  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000137862  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0400  tRNA pseudouridine synthase B  66.8 
 
 		 241 aa  338  4e-92  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00240651  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1460  tRNA pseudouridine synthase B  69.43 
 
 		 255 aa  334  7.999999999999999e-91  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000738183  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0371  tRNA pseudouridine synthase B  70.45 
 
 		 252 aa  324  1e-87  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000885731  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0404  tRNA pseudouridine synthase B  65.14 
 
 		 240 aa  300  1e-80  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00439158  normal  0.254846 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0369  tRNA pseudouridine synthase B  63.18 
 
 		 247 aa  300  2e-80  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0446306  normal  0.471247 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1777  tRNA pseudouridine synthase B  65.74 
 
 		 289 aa  295  6e-79  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0123602  normal  0.16523 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04550  putative tRNA pseudouridine synthase  49.77 
 
 		 238 aa  199  3e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1673  tRNA pseudouridine synthase B  45.61 
 
 		 232 aa  195  6e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0948  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  50 
 
 		 225 aa  194  8.000000000000001e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.276253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1973  tRNA pseudouridine synthase B  44.93 
 
 		 558 aa  193  2e-48  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.15148  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0388  hypothetical protein  46.33 
 
 		 230 aa  187  1e-46  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3547  tRNA pseudouridine synthase B  46.58 
 
 		 228 aa  185  7e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0570  tRNA pseudouridine synthase B  45.05 
 
 		 229 aa  180  2e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0789  tRNA pseudouridine synthase B  41.08 
 
 		 241 aa  177  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.559665 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32966  predicted protein  48.26 
 
 		 279 aa  176  3e-43  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  46.7 
 
 		 241 aa  172  5.999999999999999e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  40.62 
 
 		 299 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1246  tRNA pseudouridine synthase B  42.25 
 
 		 244 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.193687 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  43.26 
 
 		 295 aa  158  9e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  40.69 
 
 		 249 aa  156  2e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  41.74 
 
 		 304 aa  152  5e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  41.55 
 
 		 311 aa  152  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  39.17 
 
 		 306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  40.47 
 
 		 289 aa  152  7e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  38.46 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  40.76 
 
 		 300 aa  148  7e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  38.74 
 
 		 295 aa  148  9e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7739  tRNA pseudouridine synthase B  39.56 
 
 		 305 aa  147  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  40.37 
 
 		 289 aa  147  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  39.37 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  40.18 
 
 		 311 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  37.56 
 
 		 292 aa  146  3e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  40.37 
 
 		 293 aa  145  5e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  38.91 
 
 		 302 aa  145  6e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  39.82 
 
 		 300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  38.86 
 
 		 300 aa  144  1e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  43.84 
 
 		 244 aa  144  1e-33  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  40.37 
 
 		 299 aa  144  1e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  40.29 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  41.87 
 
 		 310 aa  143  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  40.29 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1237  tRNA pseudouridine synthase B  37.89 
 
 		 330 aa  143  2e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.657883  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  40.29 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  38.36 
 
 		 336 aa  143  3e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  40.36 
 
 		 314 aa  142  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  39.63 
 
 		 306 aa  142  3e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  38.22 
 
 		 322 aa  142  4e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  38.83 
 
 		 321 aa  142  6e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  38.83 
 
 		 321 aa  142  6e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  38.83 
 
 		 302 aa  141  7e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  38.83 
 
 		 302 aa  141  7e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  38.83 
 
 		 311 aa  142  7e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  38.83 
 
 		 302 aa  141  7e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  39.91 
 
 		 299 aa  142  7e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  41.1 
 
 		 318 aa  142  7e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  40.69 
 
 		 300 aa  141  8e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  37.84 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0676  tRNA pseudouridine synthase B  37.39 
 
 		 235 aa  141  9.999999999999999e-33  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000650493 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  39.81 
 
 		 310 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  41.74 
 
 		 339 aa  140  9.999999999999999e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  38.83 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  39.32 
 
 		 310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  42.13 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  40.19 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  39.32 
 
 		 318 aa  139  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  39.62 
 
 		 299 aa  139  3e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  39.32 
 
 		 311 aa  139  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1313  pseudouridine synthase  38.84 
 
 		 298 aa  139  3e-32  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.702604  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  39.91 
 
 		 291 aa  139  3e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  37.79 
 
 		 308 aa  139  3e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  37.67 
 
 		 314 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1222  tRNA pseudouridine synthase B  39.63 
 
 		 294 aa  138  6e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.732593  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  38.83 
 
 		 318 aa  139  6e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  38.46 
 
 		 303 aa  138  6e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  41.12 
 
 		 308 aa  138  7e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  40.67 
 
 		 315 aa  138  8.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  38.03 
 
 		 293 aa  137  1e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  35.81 
 
 		 359 aa  137  1e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  41.4 
 
 		 310 aa  137  1e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  40.98 
 
 		 371 aa  137  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  38.91 
 
 		 308 aa  136  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  40.2 
 
 		 297 aa  136  2e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  38.83 
 
 		 310 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  37.83 
 
 		 302 aa  136  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  37.38 
 
 		 313 aa  135  4e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  39.17 
 
 		 325 aa  135  5e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  40.91 
 
 		 308 aa  135  5e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  36.74 
 
 		 298 aa  135  7.000000000000001e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  38.22 
 
 		 302 aa  135  7.000000000000001e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0071  tRNA pseudouridine synthase B  36.23 
 
 		 380 aa  134  9.999999999999999e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  38.46 
 
 		 294 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  40.89 
 
 		 303 aa  133  1.9999999999999998e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  36.32 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  38.81 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  39.55 
 
 		 344 aa  133  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  36.41 
 
 		 304 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  39.32 
 
 		 322 aa  133  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  36.92 
 
 		 315 aa  133  3e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  36.25 
 
 		 327 aa  132  3e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>