More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_1727 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 309 aa  619  1e-176  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  83.82 
 
 		 311 aa  521  1e-147  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  83.17 
 
 		 311 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  80.66 
 
 		 310 aa  488  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  80.39 
 
 		 310 aa  490  1e-137  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  80.07 
 
 		 310 aa  484  1e-136  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  80.72 
 
 		 322 aa  474  1e-133  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  77.27 
 
 		 321 aa  471  1e-132  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  77.27 
 
 		 321 aa  471  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  76.92 
 
 		 311 aa  472  1e-132  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  80.74 
 
 		 310 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  80.74 
 
 		 310 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  77.27 
 
 		 311 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  80.74 
 
 		 310 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  78.6 
 
 		 302 aa  463  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  78.6 
 
 		 302 aa  463  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  78.6 
 
 		 302 aa  463  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  78.26 
 
 		 302 aa  462  1e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  64.94 
 
 		 314 aa  380  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  64.42 
 
 		 314 aa  376  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  63.58 
 
 		 315 aa  374  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  62.73 
 
 		 318 aa  363  3e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  62.42 
 
 		 318 aa  361  8e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  58.77 
 
 		 328 aa  312  3.9999999999999997e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  52.96 
 
 		 304 aa  300  2e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  52.63 
 
 		 304 aa  299  3e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3381  tRNA pseudouridine synthase B  56.91 
 
 		 332 aa  299  4e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.092575  normal  0.759632 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  51.97 
 
 		 305 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  51.97 
 
 		 305 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2136  tRNA pseudouridine synthase B  55.7 
 
 		 338 aa  295  8e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0388744  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  51.16 
 
 		 303 aa  295  1e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  51.64 
 
 		 305 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  51.63 
 
 		 339 aa  293  3e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  52.55 
 
 		 305 aa  292  4e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  53.87 
 
 		 299 aa  291  7e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2992  tRNA pseudouridine synthase B  55.41 
 
 		 321 aa  290  2e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  50.66 
 
 		 306 aa  289  4e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  51.32 
 
 		 305 aa  288  6e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  50.99 
 
 		 305 aa  288  1e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  51.16 
 
 		 302 aa  285  5.999999999999999e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  52.01 
 
 		 302 aa  285  8e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  50.99 
 
 		 305 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2009  tRNA pseudouridine synthase B  53.02 
 
 		 347 aa  283  2.0000000000000002e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.845229  normal  0.607065 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  51.99 
 
 		 298 aa  280  2e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1919  pseudouridylate synthase  51.97 
 
 		 345 aa  280  2e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0760202 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  46.25 
 
 		 318 aa  279  4e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  51.53 
 
 		 307 aa  279  4e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1249  tRNA pseudouridine synthase B  52.9 
 
 		 333 aa  278  9e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0328015  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2750  tRNA pseudouridine synthase B  53.47 
 
 		 318 aa  277  1e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2428  tRNA pseudouridine synthase B  51.11 
 
 		 337 aa  275  7e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1862  tRNA pseudouridine synthase B  49.34 
 
 		 313 aa  275  1.0000000000000001e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.552372  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  51.49 
 
 		 308 aa  271  1e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  48.88 
 
 		 307 aa  267  2e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2559  tRNA pseudouridine synthase B  53.21 
 
 		 333 aa  267  2e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0116383 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  45.13 
 
 		 317 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  44.95 
 
 		 315 aa  264  1e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  46.33 
 
 		 324 aa  265  1e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  46.33 
 
 		 324 aa  265  1e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  46.33 
 
 		 324 aa  265  1e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  44.81 
 
 		 308 aa  265  1e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1009  tRNA pseudouridine synthase B  46.75 
 
 		 317 aa  264  2e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2832  tRNA pseudouridine synthase B  46.03 
 
 		 318 aa  264  2e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.478015  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2825  tRNA pseudouridine synthase B  44.84 
 
 		 315 aa  264  2e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.791691  hitchhiker  0.00423146 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3387  tRNA pseudouridine synthase B  45.19 
 
 		 321 aa  262  4e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448784 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1697  tRNA pseudouridine synthase B  46.82 
 
 		 317 aa  263  4e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1093  tRNA pseudouridine synthase B  45.78 
 
 		 317 aa  262  6e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0247742 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0992  tRNA pseudouridine synthase B  45.54 
 
 		 317 aa  261  8e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.358844  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  46.6 
 
 		 312 aa  259  3e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1028  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 317 aa  259  6e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000142961 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  45.54 
 
 		 314 aa  258  7e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0963  tRNA pseudouridine synthase B  43.83 
 
 		 315 aa  258  7e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0397132  normal  0.0378785 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  46.03 
 
 		 318 aa  258  8e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  48.84 
 
 		 308 aa  258  8e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2747  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 		 331 aa  258  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0741734  normal  0.187539 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  45.69 
 
 		 309 aa  257  2e-67  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  45.71 
 
 		 314 aa  257  2e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  46.01 
 
 		 309 aa  257  2e-67  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  48.36 
 
 		 307 aa  257  2e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  46.82 
 
 		 313 aa  256  3e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  45.22 
 
 		 314 aa  256  4e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  45.22 
 
 		 314 aa  256  4e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  45.22 
 
 		 314 aa  256  4e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  45.22 
 
 		 314 aa  256  4e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  45.22 
 
 		 314 aa  256  4e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  45.22 
 
 		 314 aa  256  4e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1032  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 317 aa  255  6e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  hitchhiker  0.0000301922 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002611  tRNA pseudouridine synthase B  44.98 
 
 		 317 aa  255  7e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  49.83 
 
 		 293 aa  255  8e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  49.83 
 
 		 293 aa  255  8e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  45.54 
 
 		 314 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  44.9 
 
 		 314 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  47.56 
 
 		 308 aa  253  3e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03394  tRNA pseudouridine synthase B  45.31 
 
 		 314 aa  252  4.0000000000000004e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  44.9 
 
 		 314 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  45.54 
 
 		 314 aa  252  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0819  tRNA pseudouridine synthase B  44.12 
 
 		 310 aa  252  6e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0113178 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  45.22 
 
 		 314 aa  250  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  45.54 
 
 		 314 aa  250  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  45.22 
 
 		 314 aa  250  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  42.04 
 
 		 317 aa  250  2e-65  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>