More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_14640 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 295 aa  566  1e-160  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  73.2 
 
 		 299 aa  402  1e-111  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  60.9 
 
 		 299 aa  338  5e-92  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  62.37 
 
 		 302 aa  335  7e-91  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  59.09 
 
 		 299 aa  321  9.000000000000001e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  58.33 
 
 		 297 aa  308  5.9999999999999995e-83  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  58.76 
 
 		 294 aa  307  1.0000000000000001e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  59.23 
 
 		 289 aa  306  3e-82  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  56.52 
 
 		 306 aa  303  3.0000000000000004e-81  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  56.01 
 
 		 298 aa  302  5.000000000000001e-81  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  55.03 
 
 		 322 aa  299  4e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  57.63 
 
 		 297 aa  298  7e-80  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  57.63 
 
 		 297 aa  298  7e-80  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  57.63 
 
 		 297 aa  298  7e-80  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  59.73 
 
 		 327 aa  297  2e-79  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  58.68 
 
 		 293 aa  296  3e-79  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  59.38 
 
 		 299 aa  296  3e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  60.27 
 
 		 313 aa  295  4e-79  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  58.89 
 
 		 289 aa  290  2e-77  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7739  tRNA pseudouridine synthase B  59.59 
 
 		 305 aa  288  8e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1449  tRNA pseudouridine synthase B  58.25 
 
 		 301 aa  287  1e-76  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00175949  normal  0.371099 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  56.61 
 
 		 295 aa  276  3e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  54.67 
 
 		 310 aa  274  1.0000000000000001e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1336  tRNA pseudouridine synthase B  58.11 
 
 		 305 aa  271  8.000000000000001e-72  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0671374  hitchhiker  0.00117638 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  58.94 
 
 		 336 aa  270  2.9999999999999997e-71  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  56.01 
 
 		 298 aa  269  5e-71  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  54.17 
 
 		 304 aa  263  2e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1378  tRNA pseudouridine synthase B  57.09 
 
 		 327 aa  264  2e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.758516  normal  0.467888 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  53.31 
 
 		 318 aa  258  6e-68  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2213  tRNA pseudouridine synthase B  57.05 
 
 		 323 aa  258  6e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0106911  normal  0.0721688 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  52.3 
 
 		 325 aa  251  9.000000000000001e-66  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23430  tRNA pseudouridine synthase B  53.02 
 
 		 343 aa  249  5e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.902891  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  52.6 
 
 		 307 aa  247  2e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  50.33 
 
 		 303 aa  236  4e-61  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11500  tRNA pseudouridine 55 synthase  45.67 
 
 		 348 aa  233  2.0000000000000002e-60  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0558927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1021  tRNA pseudouridine synthase B  47.35 
 
 		 333 aa  226  2e-58  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  46.02 
 
 		 293 aa  223  3e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  45.85 
 
 		 293 aa  208  1e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  41.78 
 
 		 291 aa  203  3e-51  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0287  tRNA pseudouridine synthase B  40.86 
 
 		 367 aa  201  9.999999999999999e-51  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  39.58 
 
 		 307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  39.51 
 
 		 307 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  44.57 
 
 		 304 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  44.09 
 
 		 301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  39.36 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  41.41 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  39.93 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  39.86 
 
 		 307 aa  196  3e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  39.36 
 
 		 307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  39.51 
 
 		 307 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  39.51 
 
 		 307 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  39.36 
 
 		 307 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  51.63 
 
 		 307 aa  195  6e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  39.16 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  43.43 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  49.07 
 
 		 302 aa  193  2e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0827  tRNA pseudouridine synthase B  48.2 
 
 		 313 aa  192  5e-48  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000378584 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0640  tRNA pseudouridine synthase B  43.99 
 
 		 298 aa  192  6e-48  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.951154  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  39.67 
 
 		 313 aa  192  7e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  42.62 
 
 		 300 aa  191  2e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  43.13 
 
 		 314 aa  189  5.999999999999999e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.971864 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14011  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  40.57 
 
 		 309 aa  187  1e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.276631 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1745  pseudouridine synthase  46.18 
 
 		 387 aa  187  2e-46  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  40.93 
 
 		 291 aa  187  2e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  41.58 
 
 		 304 aa  187  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  41.38 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  41.38 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  48.66 
 
 		 301 aa  186  6e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  39.93 
 
 		 302 aa  185  7e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2131  tRNA pseudouridine synthase B  40.89 
 
 		 315 aa  185  9e-46  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.222918  normal  0.419239 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  41.24 
 
 		 304 aa  185  9e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  41.3 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  43.87 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  42.18 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  41.27 
 
 		 306 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  40.61 
 
 		 310 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  44.27 
 
 		 363 aa  182  5.0000000000000004e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01305  tRNA pseudouridine synthase B  42.45 
 
 		 299 aa  182  6e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.19887  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  41.3 
 
 		 310 aa  182  7e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  46.95 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  43.8 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  42.69 
 
 		 344 aa  181  1e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  41.38 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  40.55 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  41.67 
 
 		 308 aa  180  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  40.55 
 
 		 305 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  45.25 
 
 		 313 aa  180  2e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2813  tRNA pseudouridine synthase B  41.52 
 
 		 302 aa  179  4e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  38.75 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  44.09 
 
 		 318 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 321 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 321 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0948  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  45.07 
 
 		 225 aa  179  4.999999999999999e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.276253  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 311 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 302 aa  178  8e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  43.7 
 
 		 314 aa  178  8e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 302 aa  178  8e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 302 aa  178  8e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>