More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_0570 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_0570  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 229 aa  468  1.0000000000000001e-131  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04550  putative tRNA pseudouridine synthase  64.04 
 
 		 238 aa  304  8.000000000000001e-82  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1973  tRNA pseudouridine synthase B  62.1 
 
 		 558 aa  284  7e-76  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.15148  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3547  tRNA pseudouridine synthase B  55.76 
 
 		 228 aa  254  7e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1673  tRNA pseudouridine synthase B  57.85 
 
 		 232 aa  251  7e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1246  tRNA pseudouridine synthase B  53.92 
 
 		 244 aa  238  6.999999999999999e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.193687 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0789  tRNA pseudouridine synthase B  53.15 
 
 		 241 aa  234  1.0000000000000001e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.559665 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0948  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  51.39 
 
 		 225 aa  217  1e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.276253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0388  hypothetical protein  51.4 
 
 		 230 aa  213  1.9999999999999998e-54  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32966  predicted protein  43.42 
 
 		 279 aa  190  2e-47  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1460  tRNA pseudouridine synthase B  45.58 
 
 		 255 aa  189  4e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000738183  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  45.37 
 
 		 249 aa  189  4e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  44.05 
 
 		 311 aa  185  4e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  42.47 
 
 		 310 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  42.47 
 
 		 310 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  42.47 
 
 		 310 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0369  tRNA pseudouridine synthase B  44.19 
 
 		 247 aa  181  7e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0446306  normal  0.471247 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  43.61 
 
 		 311 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  41.78 
 
 		 310 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  42.22 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0302  tRNA pseudouridine synthase B  45.05 
 
 		 243 aa  180  2e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000137862  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 		 293 aa  180  2e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  42.67 
 
 		 322 aa  180  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  41.78 
 
 		 310 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  42.01 
 
 		 311 aa  177  8e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  42.01 
 
 		 321 aa  178  8e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  41.55 
 
 		 311 aa  177  8e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  42.01 
 
 		 321 aa  178  8e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  42.01 
 
 		 302 aa  177  9e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  42.01 
 
 		 302 aa  177  9e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  42.01 
 
 		 302 aa  177  9e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  42.01 
 
 		 302 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  41.41 
 
 		 309 aa  177  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  41.7 
 
 		 241 aa  176  3e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  44.81 
 
 		 315 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  44.55 
 
 		 244 aa  174  9.999999999999999e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  39.64 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  42.53 
 
 		 314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  45.54 
 
 		 314 aa  172  5e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1777  tRNA pseudouridine synthase B  43.26 
 
 		 289 aa  171  1e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0123602  normal  0.16523 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  43.66 
 
 		 318 aa  170  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  44.13 
 
 		 318 aa  170  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  39.73 
 
 		 298 aa  168  8e-41  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0404  tRNA pseudouridine synthase B  41.71 
 
 		 240 aa  166  2e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00439158  normal  0.254846 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  36.89 
 
 		 306 aa  165  5e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  41.04 
 
 		 299 aa  165  5.9999999999999996e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  41.67 
 
 		 359 aa  163  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  37.05 
 
 		 322 aa  162  4.0000000000000004e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2992  tRNA pseudouridine synthase B  43.58 
 
 		 321 aa  162  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  42.66 
 
 		 344 aa  161  9e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0400  tRNA pseudouridine synthase B  42.59 
 
 		 241 aa  160  1e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00240651  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  39.15 
 
 		 289 aa  160  2e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  38.14 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2428  tRNA pseudouridine synthase B  41.82 
 
 		 337 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  37.62 
 
 		 304 aa  158  5e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1249  tRNA pseudouridine synthase B  44.05 
 
 		 333 aa  158  7e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0328015  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  36.67 
 
 		 313 aa  157  1e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  39.27 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3381  tRNA pseudouridine synthase B  41.89 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.092575  normal  0.759632 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2009  tRNA pseudouridine synthase B  41.82 
 
 		 347 aa  157  2e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.845229  normal  0.607065 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  37.74 
 
 		 313 aa  156  3e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1919  pseudouridylate synthase  41.07 
 
 		 345 aa  156  3e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0760202 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  36.57 
 
 		 307 aa  155  4e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0371  tRNA pseudouridine synthase B  39.29 
 
 		 252 aa  155  5.0000000000000005e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000885731  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  37.55 
 
 		 308 aa  155  6e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  40.93 
 
 		 299 aa  155  7e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  41.01 
 
 		 328 aa  154  8e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  37.74 
 
 		 298 aa  154  9e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  38.6 
 
 		 307 aa  154  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  43.46 
 
 		 294 aa  154  1e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  37.9 
 
 		 295 aa  154  1e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0071  tRNA pseudouridine synthase B  39.81 
 
 		 380 aa  154  2e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2747  tRNA pseudouridine synthase B  43.38 
 
 		 331 aa  153  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0741734  normal  0.187539 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  40.18 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2136  tRNA pseudouridine synthase B  43.05 
 
 		 338 aa  153  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0388744  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  36 
 
 		 295 aa  153  2e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  36.2 
 
 		 299 aa  152  2.9999999999999998e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  37.61 
 
 		 371 aa  152  5e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  38.43 
 
 		 291 aa  152  5.9999999999999996e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7739  tRNA pseudouridine synthase B  37.8 
 
 		 305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  35.19 
 
 		 336 aa  151  7e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  40.18 
 
 		 294 aa  151  7e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  34.07 
 
 		 327 aa  150  1e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  35.16 
 
 		 289 aa  150  1e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  36.07 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2750  tRNA pseudouridine synthase B  43.52 
 
 		 318 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  35.65 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  37.33 
 
 		 305 aa  149  3e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  38.81 
 
 		 304 aa  149  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  37.56 
 
 		 291 aa  149  3e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  36.87 
 
 		 300 aa  149  4e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  36.32 
 
 		 302 aa  148  7e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  39.09 
 
 		 307 aa  148  8e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  37.96 
 
 		 318 aa  148  8e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  39.91 
 
 		 339 aa  147  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  37.98 
 
 		 297 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  37.98 
 
 		 297 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  38.6 
 
 		 306 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  37.98 
 
 		 297 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  38.14 
 
 		 304 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>