More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1212 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 
318 aa  633  1e-180  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  98.74 
 
 
318 aa  628  1e-179  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  86.16 
 
 
314 aa  543  1e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  68.55 
 
 
315 aa  404  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  66.67 
 
 
314 aa  399  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  66.88 
 
 
310 aa  384  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  65.62 
 
 
310 aa  384  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  66.67 
 
 
321 aa  381  1e-105  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  66.67 
 
 
311 aa  382  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  66.67 
 
 
321 aa  381  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  68.09 
 
 
310 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  67.09 
 
 
310 aa  383  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  68.09 
 
 
310 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  66.67 
 
 
311 aa  380  1e-104  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  68.09 
 
 
310 aa  381  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  67.21 
 
 
302 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  66.88 
 
 
302 aa  376  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  67.21 
 
 
302 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  67.21 
 
 
302 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  64.49 
 
 
311 aa  377  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  64.76 
 
 
311 aa  375  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  66.45 
 
 
322 aa  371  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  62.42 
 
 
309 aa  372  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1249  tRNA pseudouridine synthase B  58.5 
 
 
333 aa  315  7e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0328015  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  60.2 
 
 
328 aa  313  1.9999999999999998e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2136  tRNA pseudouridine synthase B  57.43 
 
 
338 aa  311  1e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0388744  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2428  tRNA pseudouridine synthase B  56.59 
 
 
337 aa  307  2.0000000000000002e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36134  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2009  tRNA pseudouridine synthase B  56.47 
 
 
347 aa  307  2.0000000000000002e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.845229  normal  0.607065 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  55.7 
 
 
299 aa  305  5.0000000000000004e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2559  tRNA pseudouridine synthase B  58.17 
 
 
333 aa  305  5.0000000000000004e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0116383 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2992  tRNA pseudouridine synthase B  58.17 
 
 
321 aa  303  2.0000000000000002e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10878  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  56.39 
 
 
339 aa  303  3.0000000000000004e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2750  tRNA pseudouridine synthase B  58.36 
 
 
318 aa  298  7e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  53.59 
 
 
302 aa  297  2e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  51.96 
 
 
303 aa  295  5e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3381  tRNA pseudouridine synthase B  56.03 
 
 
332 aa  293  2e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.092575  normal  0.759632 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2747  tRNA pseudouridine synthase B  55.56 
 
 
331 aa  292  6e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0741734  normal  0.187539 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  57.92 
 
 
304 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  57.92 
 
 
304 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  49.84 
 
 
308 aa  281  9e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  52.1 
 
 
298 aa  281  1e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  54.07 
 
 
307 aa  277  2e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  52.09 
 
 
306 aa  275  6e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  50.48 
 
 
305 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1919  pseudouridylate synthase  52.24 
 
 
345 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0760202 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  51.3 
 
 
305 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  51.62 
 
 
305 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  55.98 
 
 
305 aa  272  6e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  51.62 
 
 
305 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  56.43 
 
 
307 aa  268  1e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  54.83 
 
 
305 aa  267  2e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  50.65 
 
 
305 aa  265  7e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 
318 aa  264  2e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  53.85 
 
 
302 aa  263  2e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  47.92 
 
 
312 aa  262  6.999999999999999e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  54.37 
 
 
318 aa  262  6.999999999999999e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03394  tRNA pseudouridine synthase B  47.45 
 
 
314 aa  261  1e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  52.35 
 
 
307 aa  256  2e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1862  tRNA pseudouridine synthase B  47.15 
 
 
313 aa  257  2e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.552372  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  46.52 
 
 
318 aa  256  3e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  44.81 
 
 
323 aa  256  3e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0819  tRNA pseudouridine synthase B  45.57 
 
 
310 aa  256  3e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0113178 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  50.18 
 
 
314 aa  255  7e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  54.35 
 
 
308 aa  254  1.0000000000000001e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002611  tRNA pseudouridine synthase B  50.37 
 
 
317 aa  254  2.0000000000000002e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  52.78 
 
 
324 aa  252  6e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  43.99 
 
 
308 aa  252  6e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  52.78 
 
 
324 aa  252  6e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  52.78 
 
 
324 aa  252  6e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  50.76 
 
 
314 aa  250  2e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  51.89 
 
 
314 aa  250  2e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  49.63 
 
 
344 aa  250  2e-65  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  51.14 
 
 
314 aa  249  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1697  tRNA pseudouridine synthase B  49.81 
 
 
317 aa  249  6e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  46.25 
 
 
313 aa  248  7e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.106094 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  50.38 
 
 
314 aa  248  1e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  50.38 
 
 
314 aa  248  1e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  50.38 
 
 
314 aa  248  1e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  50.38 
 
 
314 aa  248  1e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  50.38 
 
 
314 aa  248  1e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  50.38 
 
 
314 aa  248  1e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  50.76 
 
 
314 aa  247  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  50.76 
 
 
314 aa  247  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  50.18 
 
 
309 aa  247  2e-64  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  50.38 
 
 
314 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 
314 aa  246  3e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  50.38 
 
 
314 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  51.71 
 
 
308 aa  244  9.999999999999999e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 
314 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  49.82 
 
 
309 aa  244  1.9999999999999999e-63  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  43.45 
 
 
317 aa  243  3e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2825  tRNA pseudouridine synthase B  45.17 
 
 
315 aa  243  3e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.791691  hitchhiker  0.00423146 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  51 
 
 
314 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0963  tRNA pseudouridine synthase B  54.15 
 
 
315 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0397132  normal  0.0378785 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3344  tRNA pseudouridine synthase B  48.23 
 
 
318 aa  242  6e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  50.37 
 
 
293 aa  241  9e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  50.37 
 
 
293 aa  241  9e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3387  tRNA pseudouridine synthase B  43.12 
 
 
321 aa  241  1e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00448784 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0071  tRNA pseudouridine synthase B  47.25 
 
 
380 aa  239  2.9999999999999997e-62  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  50.4 
 
 
314 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>