More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_0948 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_0948  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  100 
 
 		 225 aa  462  1e-129  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.276253  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04550  putative tRNA pseudouridine synthase  57.75 
 
 		 238 aa  238  4e-62  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1673  tRNA pseudouridine synthase B  52.61 
 
 		 232 aa  230  1e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1973  tRNA pseudouridine synthase B  47.77 
 
 		 558 aa  218  7.999999999999999e-56  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.15148  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3547  tRNA pseudouridine synthase B  53.92 
 
 		 228 aa  218  8.999999999999998e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0570  tRNA pseudouridine synthase B  51.39 
 
 		 229 aa  217  1e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0388  hypothetical protein  51.21 
 
 		 230 aa  212  2.9999999999999995e-54  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0789  tRNA pseudouridine synthase B  49.07 
 
 		 241 aa  212  3.9999999999999995e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.559665 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1246  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 244 aa  207  8e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.193687 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1460  tRNA pseudouridine synthase B  49.77 
 
 		 255 aa  198  3.9999999999999996e-50  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000738183  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1777  tRNA pseudouridine synthase B  47.09 
 
 		 289 aa  195  4.0000000000000005e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0123602  normal  0.16523 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0302  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 243 aa  194  7e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000137862  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0369  tRNA pseudouridine synthase B  48.17 
 
 		 247 aa  192  3e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0446306  normal  0.471247 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  45.5 
 
 		 295 aa  189  2.9999999999999997e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0400  tRNA pseudouridine synthase B  47.32 
 
 		 241 aa  188  5e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00240651  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32966  predicted protein  45.62 
 
 		 279 aa  187  1e-46  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  45.71 
 
 		 241 aa  186  2e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  45.67 
 
 		 244 aa  186  4e-46  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  42.92 
 
 		 314 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  47.87 
 
 		 249 aa  183  1.0000000000000001e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  44.34 
 
 		 293 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  47.42 
 
 		 289 aa  182  3e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0404  tRNA pseudouridine synthase B  45.75 
 
 		 240 aa  180  2e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00439158  normal  0.254846 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  44.24 
 
 		 299 aa  180  2e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  45.07 
 
 		 295 aa  179  2.9999999999999997e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 321 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 302 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 321 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 311 aa  178  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 302 aa  178  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 302 aa  178  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 302 aa  178  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  43.32 
 
 		 318 aa  178  7e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  41.01 
 
 		 336 aa  176  2e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  44.5 
 
 		 292 aa  176  3e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  43.54 
 
 		 304 aa  175  4e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0371  tRNA pseudouridine synthase B  46.92 
 
 		 252 aa  175  4e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000885731  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  42.4 
 
 		 318 aa  174  8e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  42.79 
 
 		 306 aa  174  8e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  43.29 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  43.6 
 
 		 311 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  41.9 
 
 		 311 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  42.79 
 
 		 310 aa  172  3.9999999999999995e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  41.63 
 
 		 302 aa  172  3.9999999999999995e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  42.06 
 
 		 298 aa  172  3.9999999999999995e-42  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  41.47 
 
 		 306 aa  172  5e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  43.95 
 
 		 302 aa  171  5.999999999999999e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  42.92 
 
 		 314 aa  171  6.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  42.65 
 
 		 310 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  43.6 
 
 		 311 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  42.65 
 
 		 310 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  43.33 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  40.55 
 
 		 322 aa  169  3e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  40.71 
 
 		 310 aa  169  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  43.66 
 
 		 294 aa  169  3e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  42.72 
 
 		 294 aa  169  4e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  40.53 
 
 		 310 aa  168  5e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  39.73 
 
 		 299 aa  169  5e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  44.5 
 
 		 297 aa  169  5e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  44.93 
 
 		 318 aa  169  5e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  40.35 
 
 		 289 aa  169  5e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  39.37 
 
 		 315 aa  168  6e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  40.97 
 
 		 307 aa  168  8e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  41.71 
 
 		 310 aa  168  8e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  41.71 
 
 		 310 aa  168  8e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2992  tRNA pseudouridine synthase B  43.12 
 
 		 321 aa  167  9e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  41.71 
 
 		 303 aa  167  9e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  43.87 
 
 		 299 aa  166  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  41.31 
 
 		 291 aa  167  2e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  40.91 
 
 		 371 aa  166  2.9999999999999998e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  41.71 
 
 		 322 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 309 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  41.86 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  41.86 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  42.72 
 
 		 294 aa  164  9e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  41.43 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  43.19 
 
 		 309 aa  164  1.0000000000000001e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  45.63 
 
 		 295 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  40.48 
 
 		 300 aa  164  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1449  tRNA pseudouridine synthase B  42.13 
 
 		 301 aa  163  2.0000000000000002e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00175949  normal  0.371099 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  41.31 
 
 		 315 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  42.23 
 
 		 310 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  42.44 
 
 		 310 aa  162  3e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  43.19 
 
 		 309 aa  162  3e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  45.63 
 
 		 295 aa  162  4.0000000000000004e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  39.64 
 
 		 299 aa  162  5.0000000000000005e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4385  tRNA pseudouridine synthase B  41.75 
 
 		 310 aa  162  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.5296 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  41.9 
 
 		 313 aa  161  6e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1237  tRNA pseudouridine synthase B  39.63 
 
 		 330 aa  161  7e-39  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.657883  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  39.45 
 
 		 297 aa  161  7e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  43.33 
 
 		 300 aa  160  1e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  40.19 
 
 		 298 aa  160  1e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  39.34 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  39.81 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  41.9 
 
 		 297 aa  159  2e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  41.9 
 
 		 297 aa  159  2e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  41.9 
 
 		 297 aa  159  2e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0998  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 294 aa  159  3e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0507198  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  40.47 
 
 		 325 aa  159  3e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 291 aa  159  4e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>