More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LACR_1237 on replicon NC_008527
Organism: Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008527  LACR_1237  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 330 aa  679    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.657883  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0998  tRNA pseudouridine synthase B  49.85 
 
 		 294 aa  305  5.0000000000000004e-82  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0507198  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1000  tRNA pseudouridine synthase B  52.7 
 
 		 280 aa  297  2e-79  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1331  tRNA pseudouridine synthase B  44.65 
 
 		 305 aa  267  2e-70  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.284628  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1357  tRNA pseudouridine synthase B  44.65 
 
 		 305 aa  267  2e-70  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.531893  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  43.16 
 
 		 307 aa  265  1e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  42.68 
 
 		 307 aa  265  1e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  42.68 
 
 		 307 aa  265  1e-69  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  42.68 
 
 		 307 aa  264  2e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  42.68 
 
 		 307 aa  263  3e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  43.16 
 
 		 307 aa  263  3e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  42.68 
 
 		 307 aa  263  3e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  42.07 
 
 		 307 aa  262  4.999999999999999e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  41.77 
 
 		 307 aa  260  2e-68  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  42.2 
 
 		 307 aa  260  2e-68  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0701  tRNA pseudouridine synthase B  42.77 
 
 		 301 aa  255  6e-67  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0781617  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  41.03 
 
 		 307 aa  255  8e-67  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0838  tRNA pseudouridine synthase B  41.41 
 
 		 305 aa  249  3e-65  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  40.31 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  41.23 
 
 		 302 aa  238  1e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1351  pseudouridine synthase  39.94 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.779318  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0816  tRNA pseudouridine synthase B  43.65 
 
 		 297 aa  211  2e-53  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0170651  normal  0.0612098 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  45.53 
 
 		 297 aa  209  4e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  41.7 
 
 		 309 aa  205  7e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  35.89 
 
 		 300 aa  205  1e-51  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  42.97 
 
 		 294 aa  204  2e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1313  pseudouridine synthase  36.31 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.702604  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2771  tRNA pseudouridine synthase B  37.94 
 
 		 307 aa  202  8e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  41.37 
 
 		 293 aa  201  9.999999999999999e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  40.4 
 
 		 314 aa  195  7e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1447  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 299 aa  195  8.000000000000001e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000785982  normal  0.274975 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  40.15 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  35.26 
 
 		 300 aa  194  3e-48  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  38.06 
 
 		 291 aa  192  9e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  39.02 
 
 		 315 aa  192  1e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  40.94 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  42.15 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  37.31 
 
 		 314 aa  189  5e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 309 aa  189  7e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  41.79 
 
 		 283 aa  188  1e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  40.56 
 
 		 318 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  33.94 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  36.43 
 
 		 315 aa  186  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  38.32 
 
 		 301 aa  187  3e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  40.16 
 
 		 318 aa  186  6e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  39.84 
 
 		 310 aa  186  7e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  39.84 
 
 		 310 aa  186  7e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 241 aa  185  8e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  39.46 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  38.46 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  37.97 
 
 		 344 aa  183  3e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  41.28 
 
 		 293 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  41.28 
 
 		 339 aa  182  9.000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  38.62 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  38.62 
 
 		 311 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  39.02 
 
 		 310 aa  182  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  38.62 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  38.62 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  38.62 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  38.62 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  39.02 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  38.62 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  38.21 
 
 		 322 aa  180  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  39.02 
 
 		 311 aa  181  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  39.02 
 
 		 310 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  36.76 
 
 		 294 aa  179  5.999999999999999e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  38.62 
 
 		 310 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  39.29 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  38.06 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  35.74 
 
 		 359 aa  177  3e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  36.4 
 
 		 294 aa  177  3e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14011  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  38.58 
 
 		 309 aa  176  4e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.276631 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  38.06 
 
 		 313 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  39.37 
 
 		 371 aa  176  6e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  42.2 
 
 		 302 aa  175  8e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  37.84 
 
 		 291 aa  175  8e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  37.65 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2136  tRNA pseudouridine synthase B  38.55 
 
 		 338 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0388744  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  37.8 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  37.07 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  38.06 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0071  tRNA pseudouridine synthase B  35.38 
 
 		 380 aa  173  3.9999999999999995e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  35.84 
 
 		 318 aa  173  3.9999999999999995e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  37.31 
 
 		 323 aa  173  3.9999999999999995e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  40.78 
 
 		 298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2992  tRNA pseudouridine synthase B  39.39 
 
 		 321 aa  173  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  37.3 
 
 		 308 aa  172  5e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  38.21 
 
 		 311 aa  172  5e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  38 
 
 		 292 aa  172  7.999999999999999e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  37.64 
 
 		 298 aa  172  9e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  38.21 
 
 		 311 aa  172  9e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  35.82 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2131  tRNA pseudouridine synthase B  35.79 
 
 		 315 aa  171  1e-41  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.222918  normal  0.419239 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  36.57 
 
 		 324 aa  171  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  40.3 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  38.15 
 
 		 289 aa  171  1e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  36.61 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  38.71 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  36.96 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  38.37 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>