More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3808 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 324 aa  648    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0541  tRNA pseudouridine synthase B  62.58 
 
 		 318 aa  370  1e-101  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.578827  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2484  tRNA pseudouridine synthase B  64 
 
 		 304 aa  359  4e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468436  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  49.37 
 
 		 307 aa  253  3e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  44.69 
 
 		 310 aa  248  9e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  45.43 
 
 		 308 aa  247  2e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  48.68 
 
 		 318 aa  243  1.9999999999999999e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  45.81 
 
 		 335 aa  239  4e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  46.77 
 
 		 354 aa  238  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  46.37 
 
 		 366 aa  237  3e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  43.96 
 
 		 366 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  44.48 
 
 		 412 aa  232  6e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0026  tRNA pseudouridine synthase B  44.79 
 
 		 358 aa  231  1e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.148493 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  44.38 
 
 		 351 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0482  tRNA pseudouridine synthase B  44.48 
 
 		 387 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.266724  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  47.39 
 
 		 304 aa  229  6e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  45.32 
 
 		 344 aa  226  5.0000000000000005e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  43.85 
 
 		 368 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2817  tRNA pseudouridine synthase B  45.03 
 
 		 341 aa  222  8e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  44.37 
 
 		 341 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  44.37 
 
 		 341 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  43.75 
 
 		 342 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  45.07 
 
 		 300 aa  217  2.9999999999999998e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  42.76 
 
 		 299 aa  216  4e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  46.15 
 
 		 363 aa  216  4e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  42.48 
 
 		 301 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  43.54 
 
 		 302 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  41.08 
 
 		 309 aa  211  1e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  41.83 
 
 		 301 aa  208  9e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  41.85 
 
 		 306 aa  207  1e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  41.53 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2770  tRNA pseudouridine synthase B  42.16 
 
 		 301 aa  206  6e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  41.92 
 
 		 324 aa  204  1e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  41.58 
 
 		 324 aa  204  2e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  41.58 
 
 		 324 aa  204  2e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3724  tRNA pseudouridine synthase B  42.71 
 
 		 319 aa  202  6e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  40.38 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  42.5 
 
 		 312 aa  199  3.9999999999999996e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  44 
 
 		 304 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  44 
 
 		 304 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  43.59 
 
 		 321 aa  199  5e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  43.59 
 
 		 321 aa  199  5e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  43.59 
 
 		 311 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  41.83 
 
 		 359 aa  199  7e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0441  tRNA pseudouridine synthase B  44.41 
 
 		 311 aa  199  7e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0728  tRNA pseudouridine synthase B  37.79 
 
 		 296 aa  198  9e-50  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0336  tRNA pseudouridine synthase B  37.13 
 
 		 301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.636591  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0071  tRNA pseudouridine synthase B  40.38 
 
 		 380 aa  197  2.0000000000000003e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  43.84 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  48.47 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  43.98 
 
 		 302 aa  197  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  43.98 
 
 		 302 aa  197  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  43.98 
 
 		 302 aa  197  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  43.98 
 
 		 302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  42.96 
 
 		 311 aa  195  7e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  40.38 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  43.22 
 
 		 311 aa  194  1e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  43.94 
 
 		 310 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  43.94 
 
 		 310 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  39.74 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 308 aa  194  2e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  42.7 
 
 		 307 aa  193  4e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  43.33 
 
 		 310 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  40.06 
 
 		 305 aa  192  9e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  42.59 
 
 		 311 aa  192  9e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  40.88 
 
 		 310 aa  192  9e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  43.59 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  41.73 
 
 		 309 aa  191  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  46.55 
 
 		 314 aa  190  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  43.56 
 
 		 310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  42.07 
 
 		 315 aa  189  5e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  43.27 
 
 		 306 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4385  tRNA pseudouridine synthase B  39.42 
 
 		 310 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.5296 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  43.33 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1256  tRNA pseudouridine synthase B  37.97 
 
 		 320 aa  187  2e-46  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  39.87 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  43.45 
 
 		 305 aa  186  5e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  39.74 
 
 		 305 aa  186  6e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  40.06 
 
 		 305 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  43.22 
 
 		 328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  42.59 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  39.18 
 
 		 313 aa  183  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  42.59 
 
 		 322 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  38.95 
 
 		 314 aa  181  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  41.11 
 
 		 318 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  40.6 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  43.96 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  45.81 
 
 		 291 aa  180  2.9999999999999997e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  41.08 
 
 		 289 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  41.81 
 
 		 318 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  40.94 
 
 		 315 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  42.96 
 
 		 304 aa  180  4e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2771  tRNA pseudouridine synthase B  37.55 
 
 		 307 aa  179  4.999999999999999e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2992  tRNA pseudouridine synthase B  40.19 
 
 		 321 aa  179  8e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2136  tRNA pseudouridine synthase B  39 
 
 		 338 aa  179  8e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0388744  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  39.12 
 
 		 371 aa  179  8e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  40.56 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2009  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 347 aa  177  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.845229  normal  0.607065 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  43.08 
 
 		 307 aa  177  3e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  39.27 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>