More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Anae109_1144 on replicon NC_009675
Organism: Anaeromyxobacter sp. Fw109-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 
315 aa  599  1e-170  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  65 
 
 
313 aa  347  1e-94  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  64.87 
 
 
313 aa  347  1e-94  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  65.31 
 
 
313 aa  347  2e-94  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  45.28 
 
 
304 aa  230  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  44.95 
 
 
304 aa  228  7e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  44.77 
 
 
306 aa  223  3e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  44.77 
 
 
305 aa  223  4e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  42.35 
 
 
305 aa  222  6e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  42.67 
 
 
305 aa  222  7e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  42.35 
 
 
305 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  42.35 
 
 
305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  42.59 
 
 
307 aa  218  1e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  41.69 
 
 
305 aa  218  2e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  41.37 
 
 
305 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  45.35 
 
 
313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  40.34 
 
 
307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  43.33 
 
 
344 aa  213  2.9999999999999995e-54  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  43.71 
 
 
299 aa  211  9e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  36.93 
 
 
294 aa  211  1e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  43.18 
 
 
311 aa  210  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  41.11 
 
 
307 aa  209  4e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  42.76 
 
 
304 aa  209  5e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  42.58 
 
 
311 aa  208  9e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  41.48 
 
 
307 aa  207  2e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  46.1 
 
 
314 aa  207  2e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  39.66 
 
 
307 aa  207  2e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  41.11 
 
 
307 aa  206  3e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  39.66 
 
 
307 aa  206  4e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  39.66 
 
 
307 aa  206  5e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  39.66 
 
 
307 aa  205  6e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  39.66 
 
 
307 aa  205  6e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  41.11 
 
 
307 aa  205  7e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  41.94 
 
 
309 aa  205  9e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  44.23 
 
 
314 aa  204  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  43.46 
 
 
321 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  43.46 
 
 
321 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  43.18 
 
 
311 aa  202  4e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  43.18 
 
 
302 aa  203  4e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  41.94 
 
 
308 aa  202  4e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  43.18 
 
 
302 aa  203  4e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  43.18 
 
 
302 aa  203  4e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  47.55 
 
 
303 aa  202  5e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  45.28 
 
 
302 aa  201  9e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 
302 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  43.18 
 
 
311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  46.18 
 
 
310 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  45.35 
 
 
318 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  46.18 
 
 
310 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0998  tRNA pseudouridine synthase B  36.75 
 
 
294 aa  200  3e-50  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0507198  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  41.64 
 
 
308 aa  200  3e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1331  tRNA pseudouridine synthase B  38.01 
 
 
305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.284628  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  45.04 
 
 
307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  44.27 
 
 
292 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1357  tRNA pseudouridine synthase B  38.01 
 
 
305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.531893  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  45.35 
 
 
318 aa  199  6e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 
293 aa  199  7e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 
293 aa  199  7e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  38.54 
 
 
314 aa  198  7.999999999999999e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  40.91 
 
 
302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  46.44 
 
 
241 aa  198  1.0000000000000001e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  43.75 
 
 
310 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0838  tRNA pseudouridine synthase B  36.76 
 
 
305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  38.85 
 
 
318 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  41.8 
 
 
306 aa  196  3e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  37.9 
 
 
314 aa  196  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  38.54 
 
 
314 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  46.04 
 
 
315 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  41.38 
 
 
306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  38.54 
 
 
314 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  37.9 
 
 
314 aa  196  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  37.9 
 
 
314 aa  196  5.000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0071  tRNA pseudouridine synthase B  38.6 
 
 
380 aa  196  6e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  42.9 
 
 
304 aa  196  6e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  45.02 
 
 
297 aa  196  6e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  37.9 
 
 
314 aa  195  7e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  37.9 
 
 
314 aa  195  7e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  37.9 
 
 
314 aa  195  7e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  37.9 
 
 
314 aa  195  7e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  37.9 
 
 
314 aa  195  7e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  37.9 
 
 
314 aa  195  7e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  35.55 
 
 
283 aa  195  8.000000000000001e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  37.9 
 
 
314 aa  195  9e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2428  tRNA pseudouridine synthase B  41.05 
 
 
337 aa  195  9e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36134  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  42.95 
 
 
310 aa  195  9e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  43.65 
 
 
310 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  42.57 
 
 
301 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  42.32 
 
 
303 aa  194  2e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  43.56 
 
 
301 aa  194  2e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  37.58 
 
 
314 aa  194  2e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  43.97 
 
 
310 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1237  tRNA pseudouridine synthase B  40.76 
 
 
330 aa  194  2e-48  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.657883  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  39.68 
 
 
310 aa  193  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  39.68 
 
 
308 aa  193  3e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  43.75 
 
 
297 aa  193  3e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1000  tRNA pseudouridine synthase B  38.91 
 
 
280 aa  193  3e-48  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  39.18 
 
 
308 aa  193  3e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0701  tRNA pseudouridine synthase B  38.49 
 
 
301 aa  193  4e-48  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0781617  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  42.96 
 
 
302 aa  193  4e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  47.37 
 
 
328 aa  193  4e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>