More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Syncc9605_2131 on replicon NC_007516
Organism: Synechococcus sp. CC9605



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007516  Syncc9605_2131  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 
315 aa  633  1e-180  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.222918  normal  0.419239 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0543  tRNA pseudouridine synthase B  70 
 
 
302 aa  423  1e-117  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0888324  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  57.14 
 
 
323 aa  362  4e-99  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  48.23 
 
 
314 aa  314  1.9999999999999998e-84  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.971864 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  48.23 
 
 
314 aa  310  2e-83  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14011  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  48.21 
 
 
309 aa  305  9.000000000000001e-82  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.276631 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15081  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  41.67 
 
 
305 aa  248  1e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.976573  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15481  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  41.39 
 
 
307 aa  247  2e-64  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15331  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  41.47 
 
 
305 aa  246  3e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.765679  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1445  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 
307 aa  236  5.0000000000000005e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  43.49 
 
 
308 aa  231  2e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1222  tRNA pseudouridine synthase B  49.49 
 
 
294 aa  230  3e-59  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.732593  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  42 
 
 
299 aa  227  2e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  42.52 
 
 
308 aa  225  7e-58  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 
293 aa  221  9.999999999999999e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  41.98 
 
 
291 aa  212  5.999999999999999e-54  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 
301 aa  212  5.999999999999999e-54  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  41.14 
 
 
308 aa  202  8e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  40.88 
 
 
306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  45.36 
 
 
291 aa  200  3e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  44.6 
 
 
293 aa  198  7.999999999999999e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  42.23 
 
 
322 aa  196  4.0000000000000005e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  43.79 
 
 
293 aa  195  9e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  40.61 
 
 
299 aa  189  5.999999999999999e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  40.4 
 
 
300 aa  189  7e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  41.86 
 
 
336 aa  187  2e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  41.5 
 
 
297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  40.89 
 
 
295 aa  185  1.0000000000000001e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  40.75 
 
 
302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  42 
 
 
294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  43.33 
 
 
303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  47.6 
 
 
300 aa  182  5.0000000000000004e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  39.31 
 
 
300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  43.3 
 
 
307 aa  180  4e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  38.62 
 
 
300 aa  179  4e-44  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  41.77 
 
 
313 aa  179  8e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  40.21 
 
 
304 aa  179  8e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  45.97 
 
 
299 aa  178  1e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  40.21 
 
 
298 aa  178  1e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  47.39 
 
 
310 aa  177  2e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01305  tRNA pseudouridine synthase B  40.55 
 
 
299 aa  177  3e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.19887  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  42.48 
 
 
303 aa  176  3e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  44.57 
 
 
289 aa  176  5e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0998  tRNA pseudouridine synthase B  37.4 
 
 
294 aa  175  8e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0507198  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 
297 aa  175  9e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 
297 aa  175  9e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 
297 aa  175  9e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  43.32 
 
 
241 aa  174  9.999999999999999e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  40.46 
 
 
318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  45.36 
 
 
292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  46.23 
 
 
305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  43.8 
 
 
327 aa  173  2.9999999999999996e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  37.67 
 
 
301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  42.86 
 
 
299 aa  173  2.9999999999999996e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  39.77 
 
 
324 aa  172  5.999999999999999e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  39.77 
 
 
324 aa  172  5.999999999999999e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  36.82 
 
 
305 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  39.15 
 
 
324 aa  172  9e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1237  tRNA pseudouridine synthase B  35.79 
 
 
330 aa  171  1e-41  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.657883  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 
301 aa  171  2e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  43.66 
 
 
299 aa  171  2e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0640  tRNA pseudouridine synthase B  38.44 
 
 
298 aa  170  3e-41  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.951154  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  43.83 
 
 
304 aa  170  4e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  41.86 
 
 
301 aa  169  6e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  41.7 
 
 
302 aa  168  1e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  40.77 
 
 
307 aa  168  1e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  38.98 
 
 
298 aa  167  2e-40  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7739  tRNA pseudouridine synthase B  46.05 
 
 
305 aa  167  2e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  37.93 
 
 
300 aa  166  4e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  40.82 
 
 
289 aa  166  5e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0816  tRNA pseudouridine synthase B  34.81 
 
 
297 aa  166  5.9999999999999996e-40  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0170651  normal  0.0612098 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  43.93 
 
 
304 aa  165  6.9999999999999995e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  36.1 
 
 
363 aa  165  8e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  37.25 
 
 
299 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  41.09 
 
 
301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  42.08 
 
 
310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  39.52 
 
 
297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  35.52 
 
 
308 aa  165  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  31.65 
 
 
314 aa  165  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  38.72 
 
 
302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1351  pseudouridine synthase  34.25 
 
 
302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.779318  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1378  tRNA pseudouridine synthase B  41.98 
 
 
327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.758516  normal  0.467888 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  39.72 
 
 
313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  36.77 
 
 
305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  38.15 
 
 
304 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  36.43 
 
 
305 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  37.46 
 
 
306 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  39.3 
 
 
318 aa  162  8.000000000000001e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  35.22 
 
 
309 aa  161  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  36.42 
 
 
351 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1336  tRNA pseudouridine synthase B  41.15 
 
 
305 aa  161  1e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0671374  hitchhiker  0.00117638 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0701  tRNA pseudouridine synthase B  34.46 
 
 
301 aa  162  1e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0781617  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 
312 aa  162  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  37.11 
 
 
305 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  38.65 
 
 
313 aa  161  2e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  34.54 
 
 
313 aa  160  2e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  39.01 
 
 
313 aa  161  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  35.55 
 
 
368 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  42.29 
 
 
371 aa  161  2e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  34.06 
 
 
308 aa  159  4e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>