More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_0903 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  100 
 
 		 299 aa  616  1e-175  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  44.01 
 
 		 304 aa  228  1e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  44.96 
 
 		 294 aa  223  2e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 		 297 aa  218  8.999999999999998e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  41.75 
 
 		 303 aa  214  9.999999999999999e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  42.52 
 
 		 291 aa  214  9.999999999999999e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  39.93 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  40.52 
 
 		 297 aa  212  7e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  41.33 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  39.26 
 
 		 293 aa  206  3e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  36.89 
 
 		 309 aa  203  2e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  42.21 
 
 		 305 aa  202  4e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  39.81 
 
 		 300 aa  202  5e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  38.46 
 
 		 308 aa  202  6e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  38.66 
 
 		 310 aa  202  8e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  47.91 
 
 		 306 aa  202  8e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  37.06 
 
 		 309 aa  201  1.9999999999999998e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  39.56 
 
 		 310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2771  tRNA pseudouridine synthase B  37.38 
 
 		 307 aa  198  9e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  42.9 
 
 		 304 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  38.69 
 
 		 307 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  38.46 
 
 		 328 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  42.57 
 
 		 295 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  40.67 
 
 		 307 aa  198  1.0000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  38.26 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  39.02 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  42.97 
 
 		 304 aa  195  6e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  36.72 
 
 		 314 aa  195  8.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  38.72 
 
 		 308 aa  195  8.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  38.36 
 
 		 307 aa  195  9e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  38.36 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  38.03 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  38.69 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1237  tRNA pseudouridine synthase B  40.15 
 
 		 330 aa  194  1e-48  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.657883  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  42.24 
 
 		 295 aa  194  2e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  37.27 
 
 		 323 aa  193  3e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  39.67 
 
 		 310 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  39.67 
 
 		 310 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  38.36 
 
 		 307 aa  193  4e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  41.98 
 
 		 371 aa  192  4e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  38.03 
 
 		 307 aa  192  5e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  38.03 
 
 		 307 aa  192  5e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  38.21 
 
 		 311 aa  192  7e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  39.33 
 
 		 310 aa  192  8e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  38.87 
 
 		 311 aa  191  9e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  37.87 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  37.58 
 
 		 311 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  35.71 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  36.93 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0929  tRNA pseudouridine synthase B  41.37 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.590741  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  38.36 
 
 		 307 aa  190  2e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  40.39 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  38.28 
 
 		 309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  37.22 
 
 		 314 aa  189  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  37.46 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  39 
 
 		 310 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  36.67 
 
 		 293 aa  189  7e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  36.67 
 
 		 293 aa  189  7e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  45.83 
 
 		 299 aa  189  7e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  39 
 
 		 310 aa  188  8e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  37.7 
 
 		 307 aa  188  8e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  39.44 
 
 		 307 aa  188  1e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  39 
 
 		 310 aa  187  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  42.25 
 
 		 303 aa  187  1e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  36.39 
 
 		 314 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  39.93 
 
 		 307 aa  188  1e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  37.12 
 
 		 339 aa  187  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  37.87 
 
 		 321 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  37.87 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  37.87 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  37.87 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1125  tRNA pseudouridine synthase B  37.38 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  37.87 
 
 		 321 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  37.55 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  37.87 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  40.87 
 
 		 292 aa  187  2e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  36.79 
 
 		 314 aa  186  3e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  35.74 
 
 		 324 aa  187  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  35.74 
 
 		 324 aa  187  3e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  37.87 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  35.74 
 
 		 324 aa  187  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  37.17 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0491  tRNA pseudouridine synthase B  37.63 
 
 		 323 aa  186  4e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.444271 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  37.17 
 
 		 314 aa  186  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  37.17 
 
 		 314 aa  186  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  37.7 
 
 		 318 aa  185  8e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  36.49 
 
 		 301 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3344  tRNA pseudouridine synthase B  36.69 
 
 		 318 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  38.37 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1000  tRNA pseudouridine synthase B  40.65 
 
 		 280 aa  184  2.0000000000000003e-45  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  37.7 
 
 		 318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  34.19 
 
 		 317 aa  183  3e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  36.08 
 
 		 314 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  36.57 
 
 		 314 aa  182  4.0000000000000006e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  36.54 
 
 		 305 aa  182  6e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  37.06 
 
 		 294 aa  182  6e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  36.61 
 
 		 315 aa  182  6e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  35.03 
 
 		 314 aa  182  7e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  35.03 
 
 		 314 aa  182  7e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  35.03 
 
 		 314 aa  182  7e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>