More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_2978 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 295 aa  601  1.0000000000000001e-171  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  96.61 
 
 		 295 aa  556  1e-157  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  56.39 
 
 		 310 aa  323  3e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  55.92 
 
 		 304 aa  313  1.9999999999999998e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  53.02 
 
 		 292 aa  290  1e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  52.65 
 
 		 304 aa  282  5.000000000000001e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  55.59 
 
 		 304 aa  281  6.000000000000001e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  44.04 
 
 		 306 aa  243  3e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  41.4 
 
 		 294 aa  224  1e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  43.94 
 
 		 294 aa  223  2e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  43.56 
 
 		 294 aa  223  4e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 		 297 aa  220  3e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  48.15 
 
 		 304 aa  217  2e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  47.74 
 
 		 304 aa  216  5e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  45.58 
 
 		 310 aa  215  7e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  42.24 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  48.12 
 
 		 309 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  45.39 
 
 		 303 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  45.23 
 
 		 310 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  45.9 
 
 		 303 aa  212  7e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  45.09 
 
 		 311 aa  211  9e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  43.11 
 
 		 311 aa  211  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  38.8 
 
 		 303 aa  209  3e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  44.12 
 
 		 311 aa  210  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  44.36 
 
 		 302 aa  209  4e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  44.36 
 
 		 302 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  44.36 
 
 		 302 aa  209  4e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  44.36 
 
 		 321 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  44.36 
 
 		 321 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  44.33 
 
 		 310 aa  209  4e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  44.36 
 
 		 311 aa  209  5e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  44.36 
 
 		 302 aa  209  6e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  41.81 
 
 		 309 aa  208  8e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 298 aa  208  1e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  45.95 
 
 		 305 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  40.3 
 
 		 309 aa  208  1e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  44.33 
 
 		 310 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  44.33 
 
 		 310 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  45.95 
 
 		 305 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  43.93 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  44.68 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  44.83 
 
 		 308 aa  205  7e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  44.37 
 
 		 322 aa  204  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  45.95 
 
 		 305 aa  205  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  39.39 
 
 		 300 aa  204  2e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  44.44 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  41.03 
 
 		 313 aa  203  3e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  51.42 
 
 		 371 aa  203  3e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  44.77 
 
 		 314 aa  201  8e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 308 aa  201  9e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  42.4 
 
 		 293 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  42.4 
 
 		 293 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  45.75 
 
 		 241 aa  201  9.999999999999999e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  44.11 
 
 		 305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  46.55 
 
 		 244 aa  199  3e-50  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  45.27 
 
 		 306 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  47.33 
 
 		 305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  45.82 
 
 		 303 aa  199  6e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  41.7 
 
 		 314 aa  198  7.999999999999999e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 		 300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  44.4 
 
 		 307 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  41.61 
 
 		 307 aa  197  1.0000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  39.29 
 
 		 308 aa  197  1.0000000000000001e-49  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  37.58 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  40.28 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  38.67 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2992  tRNA pseudouridine synthase B  45.1 
 
 		 321 aa  196  3e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 310 aa  196  5.000000000000001e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 318 aa  195  6e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  42.52 
 
 		 344 aa  195  6e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  41.96 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  40.77 
 
 		 309 aa  194  1e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  43.36 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0071  tRNA pseudouridine synthase B  41.9 
 
 		 380 aa  193  2e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  40.31 
 
 		 324 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  40.31 
 
 		 324 aa  194  2e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  40.31 
 
 		 324 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2750  tRNA pseudouridine synthase B  43.37 
 
 		 318 aa  193  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  40.77 
 
 		 309 aa  193  3e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1313  pseudouridine synthase  39.45 
 
 		 298 aa  192  5e-48  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.702604  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  38.26 
 
 		 318 aa  192  8e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  43.58 
 
 		 314 aa  191  9e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  38.1 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  45.64 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  40.23 
 
 		 307 aa  190  2e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2136  tRNA pseudouridine synthase B  44.64 
 
 		 338 aa  190  2e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0388744  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  41.15 
 
 		 312 aa  190  2e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1009  tRNA pseudouridine synthase B  44.14 
 
 		 317 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2818  tRNA pseudouridine synthase B  37.96 
 
 		 303 aa  189  4e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  41.22 
 
 		 300 aa  189  4e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  43.1 
 
 		 299 aa  189  4e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  41.11 
 
 		 359 aa  189  5e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  46.19 
 
 		 299 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1125  tRNA pseudouridine synthase B  39.53 
 
 		 303 aa  189  5.999999999999999e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  44.44 
 
 		 305 aa  188  7e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2687  tRNA pseudouridine synthase B  37.96 
 
 		 303 aa  188  8e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  44.08 
 
 		 304 aa  188  8e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  40.47 
 
 		 307 aa  188  9e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  44.44 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  38.76 
 
 		 317 aa  188  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>