More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1559 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 306 aa  623  1e-177  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  43.75 
 
 		 304 aa  260  2e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  45.39 
 
 		 304 aa  249  3e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  48.81 
 
 		 310 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  44.7 
 
 		 294 aa  234  1.0000000000000001e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  46.34 
 
 		 297 aa  231  1e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  43.94 
 
 		 294 aa  231  1e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  44.04 
 
 		 295 aa  230  3e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  41.4 
 
 		 294 aa  228  1e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  43.38 
 
 		 295 aa  228  1e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  41.06 
 
 		 292 aa  226  4e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  48.02 
 
 		 371 aa  223  4e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  44.66 
 
 		 304 aa  218  7e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  42.34 
 
 		 307 aa  218  7.999999999999999e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3165  tRNA pseudouridine synthase B  43.01 
 
 		 309 aa  216  5.9999999999999996e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.498601  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  40.23 
 
 		 309 aa  214  9.999999999999999e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  43.02 
 
 		 312 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  42.21 
 
 		 313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  46.02 
 
 		 244 aa  212  4.9999999999999996e-54  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  48.6 
 
 		 241 aa  212  5.999999999999999e-54  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  46.67 
 
 		 308 aa  212  5.999999999999999e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  44.64 
 
 		 302 aa  211  9e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  38.41 
 
 		 324 aa  211  1e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  38.41 
 
 		 324 aa  211  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  38.41 
 
 		 324 aa  211  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  43.7 
 
 		 304 aa  210  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  45.83 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  45.74 
 
 		 300 aa  209  5e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  38.81 
 
 		 318 aa  208  7e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  43.31 
 
 		 304 aa  207  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  44.8 
 
 		 299 aa  207  1e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  47.37 
 
 		 293 aa  207  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  47.37 
 
 		 293 aa  207  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  44.74 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  42.74 
 
 		 311 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  46.25 
 
 		 303 aa  206  3e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  47.69 
 
 		 309 aa  206  3e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  42.34 
 
 		 311 aa  206  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  41.25 
 
 		 308 aa  206  4e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  42.97 
 
 		 314 aa  206  5e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2510  tRNA pseudouridine synthase B  41.82 
 
 		 308 aa  205  6e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 314 aa  205  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3344  tRNA pseudouridine synthase B  38.59 
 
 		 318 aa  205  7e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  41.3 
 
 		 314 aa  205  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  42.51 
 
 		 314 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 314 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  43.31 
 
 		 344 aa  204  1e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 314 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  39.54 
 
 		 328 aa  204  1e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  48.82 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0071  tRNA pseudouridine synthase B  40.71 
 
 		 380 aa  204  2e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  41.42 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  39.67 
 
 		 302 aa  203  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  42.96 
 
 		 310 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  44.27 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  37.41 
 
 		 314 aa  204  2e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  48.34 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  41.42 
 
 		 321 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  41.42 
 
 		 321 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  42.22 
 
 		 310 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  42.22 
 
 		 310 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  41.42 
 
 		 302 aa  203  4e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  41.42 
 
 		 311 aa  203  4e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  41.42 
 
 		 302 aa  203  4e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  44.17 
 
 		 305 aa  202  4e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  41.79 
 
 		 311 aa  203  4e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  44.64 
 
 		 302 aa  203  4e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  41.42 
 
 		 302 aa  203  4e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1032  tRNA pseudouridine synthase B  40.91 
 
 		 317 aa  202  4e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  hitchhiker  0.0000301922 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1093  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 317 aa  202  5e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0247742 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1046  tRNA pseudouridine synthase B  39.86 
 
 		 304 aa  202  6e-51  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  42.22 
 
 		 310 aa  202  6e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2009  tRNA pseudouridine synthase B  41.9 
 
 		 347 aa  202  6e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.845229  normal  0.607065 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 314 aa  202  7e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 314 aa  202  7e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 314 aa  202  7e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03394  tRNA pseudouridine synthase B  40.77 
 
 		 314 aa  202  7e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 314 aa  202  7e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 314 aa  202  7e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  42.11 
 
 		 314 aa  202  7e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  42 
 
 		 300 aa  202  8e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  39.85 
 
 		 317 aa  202  8e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  39.23 
 
 		 318 aa  202  8e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  47.91 
 
 		 299 aa  202  8e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  42.96 
 
 		 310 aa  201  9e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  41.7 
 
 		 314 aa  201  9.999999999999999e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  36.57 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  42.59 
 
 		 310 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  36.36 
 
 		 314 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2832  tRNA pseudouridine synthase B  42.23 
 
 		 318 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.478015  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2436  tRNA pseudouridine synthase B  41.76 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.437878  normal  0.907986 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 314 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  40.71 
 
 		 359 aa  201  1.9999999999999998e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  42.34 
 
 		 309 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1028  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 317 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000142961 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  46.92 
 
 		 309 aa  200  1.9999999999999998e-50  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2418  tRNA pseudouridine synthase B  42.92 
 
 		 307 aa  200  3e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0980712  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  41.7 
 
 		 314 aa  199  5e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0963  tRNA pseudouridine synthase B  44.55 
 
 		 315 aa  199  7e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0397132  normal  0.0378785 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  46.92 
 
 		 309 aa  199  7e-50  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>