More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtox_3185 on replicon NC_013216
Organism: Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 309 aa  628  1e-179  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  47.37 
 
 		 310 aa  293  2e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  44.22 
 
 		 309 aa  271  9e-72  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  53.47 
 
 		 297 aa  266  2.9999999999999995e-70  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0929  tRNA pseudouridine synthase B  48.7 
 
 		 305 aa  260  2e-68  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.590741  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  50.97 
 
 		 303 aa  257  2e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  49.77 
 
 		 294 aa  237  2e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  44.63 
 
 		 305 aa  235  5.0000000000000005e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  45.83 
 
 		 302 aa  231  2e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  42.48 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1447  tRNA pseudouridine synthase B  45.91 
 
 		 299 aa  230  3e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000785982  normal  0.274975 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  42.27 
 
 		 303 aa  227  1e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  45.88 
 
 		 283 aa  228  1e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  43.2 
 
 		 304 aa  222  7e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  44.92 
 
 		 307 aa  220  3e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  44.53 
 
 		 307 aa  218  1e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  44.53 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  44.53 
 
 		 307 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  44.53 
 
 		 307 aa  216  4e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  44.53 
 
 		 307 aa  215  5.9999999999999996e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  44.53 
 
 		 307 aa  215  5.9999999999999996e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  44.14 
 
 		 307 aa  215  7e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  43.75 
 
 		 307 aa  215  8e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  44.14 
 
 		 307 aa  215  8e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  44.14 
 
 		 307 aa  215  9e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  41.44 
 
 		 294 aa  211  2e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  41.83 
 
 		 294 aa  209  6e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  47.69 
 
 		 306 aa  206  3e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1331  tRNA pseudouridine synthase B  41.37 
 
 		 305 aa  205  6e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.284628  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1357  tRNA pseudouridine synthase B  41.37 
 
 		 305 aa  205  6e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.531893  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2771  tRNA pseudouridine synthase B  42.53 
 
 		 307 aa  205  9e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  40.62 
 
 		 310 aa  204  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  36.89 
 
 		 299 aa  203  2e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  40.28 
 
 		 310 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  40.28 
 
 		 310 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0838  tRNA pseudouridine synthase B  41.3 
 
 		 305 aa  202  6e-51  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  41.32 
 
 		 310 aa  202  6e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  40.97 
 
 		 310 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  41.43 
 
 		 305 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0998  tRNA pseudouridine synthase B  40.65 
 
 		 294 aa  199  3.9999999999999996e-50  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0507198  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  39.92 
 
 		 307 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  40.71 
 
 		 305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  39.58 
 
 		 310 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  40.48 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  43.43 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  39.58 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  42.16 
 
 		 295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  40.96 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0701  tRNA pseudouridine synthase B  40.54 
 
 		 301 aa  196  3e-49  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0781617  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  41.8 
 
 		 307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  39.45 
 
 		 302 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  39.45 
 
 		 302 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  39.58 
 
 		 321 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  39.37 
 
 		 292 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  39.58 
 
 		 321 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  39.45 
 
 		 302 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  39.45 
 
 		 311 aa  196  6e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  40.62 
 
 		 322 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  39.79 
 
 		 310 aa  195  9e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1000  tRNA pseudouridine synthase B  39.19 
 
 		 280 aa  195  9e-49  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  39.85 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  39.79 
 
 		 311 aa  194  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  42.47 
 
 		 311 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  41.34 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  41.81 
 
 		 295 aa  193  3e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  43.03 
 
 		 306 aa  193  4e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  39.85 
 
 		 308 aa  192  5e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  39.7 
 
 		 301 aa  191  9e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  41.31 
 
 		 311 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  41.83 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  39.02 
 
 		 314 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  39.39 
 
 		 314 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  39.39 
 
 		 314 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  39.39 
 
 		 314 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  39.39 
 
 		 314 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  39.39 
 
 		 314 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  39.39 
 
 		 314 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  42.19 
 
 		 298 aa  189  4e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  39.63 
 
 		 344 aa  189  4e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  39.39 
 
 		 314 aa  189  5e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  45.54 
 
 		 308 aa  189  5.999999999999999e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  34.64 
 
 		 308 aa  189  5.999999999999999e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  37.54 
 
 		 318 aa  189  5.999999999999999e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1237  tRNA pseudouridine synthase B  41.87 
 
 		 330 aa  189  7e-47  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.657883  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  39.39 
 
 		 314 aa  189  8e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  39.77 
 
 		 293 aa  188  9e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  38.64 
 
 		 314 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  39.69 
 
 		 371 aa  188  1e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  38.64 
 
 		 314 aa  188  1e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  38.64 
 
 		 314 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  38.98 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  37.78 
 
 		 324 aa  186  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  42.8 
 
 		 305 aa  187  3e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  37.64 
 
 		 314 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  37.78 
 
 		 324 aa  186  3e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  38.21 
 
 		 304 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  37.78 
 
 		 324 aa  186  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  37.59 
 
 		 304 aa  186  3e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  42.8 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  39.02 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>