More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_1589 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 304 aa  622  1e-177  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  57.7 
 
 		 304 aa  338  5e-92  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  54.61 
 
 		 310 aa  336  3.9999999999999995e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  56.58 
 
 		 295 aa  303  3.0000000000000004e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  55.92 
 
 		 295 aa  294  1e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  51.82 
 
 		 304 aa  291  9e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  50.66 
 
 		 292 aa  284  1.0000000000000001e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  43.75 
 
 		 306 aa  260  2e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  43.6 
 
 		 371 aa  231  1e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  43.23 
 
 		 303 aa  230  3e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  44.01 
 
 		 299 aa  228  1e-58  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 300 aa  227  2e-58  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  45.38 
 
 		 297 aa  226  5.0000000000000005e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  38.31 
 
 		 309 aa  222  7e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  43.2 
 
 		 309 aa  222  7e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  51.9 
 
 		 244 aa  219  5e-56  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  44.98 
 
 		 310 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  44.98 
 
 		 310 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  44.67 
 
 		 309 aa  217  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  44.98 
 
 		 310 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  44.64 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  44.64 
 
 		 310 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  44.98 
 
 		 310 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  47.89 
 
 		 241 aa  215  9e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  44.44 
 
 		 311 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  48.1 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  45.08 
 
 		 294 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  48.74 
 
 		 321 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  48.74 
 
 		 311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  42.8 
 
 		 302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  48.74 
 
 		 321 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  48.74 
 
 		 302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  48.74 
 
 		 302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  48.74 
 
 		 302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  48.74 
 
 		 302 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  43.4 
 
 		 311 aa  212  7e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  43.58 
 
 		 304 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  46.86 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  46.86 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  41.41 
 
 		 313 aa  210  2e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 303 aa  209  3e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  43.94 
 
 		 322 aa  209  4e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  43.19 
 
 		 304 aa  209  5e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  39.31 
 
 		 324 aa  209  6e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  39.31 
 
 		 324 aa  209  6e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  39.31 
 
 		 324 aa  209  6e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  44.92 
 
 		 302 aa  207  1e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  39.8 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  41.92 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  42.76 
 
 		 315 aa  207  2e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  45.7 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  40.71 
 
 		 313 aa  206  3e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  38.78 
 
 		 323 aa  206  4e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  44.4 
 
 		 306 aa  206  4e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  41.61 
 
 		 308 aa  206  4e-52  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  40.75 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  40.4 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  43.08 
 
 		 308 aa  205  1e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  42.25 
 
 		 307 aa  203  2e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  42.56 
 
 		 311 aa  203  2e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  45.31 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  45.31 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  45.42 
 
 		 298 aa  202  6e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  42.44 
 
 		 302 aa  202  6e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2418  tRNA pseudouridine synthase B  44.8 
 
 		 307 aa  202  8e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0980712  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  41.25 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  39.29 
 
 		 412 aa  201  9.999999999999999e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  41.27 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  39.03 
 
 		 366 aa  201  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  40.42 
 
 		 299 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  44.96 
 
 		 307 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  41.32 
 
 		 294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  41.25 
 
 		 307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  41.63 
 
 		 307 aa  200  3e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  44.4 
 
 		 305 aa  199  3e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  40.06 
 
 		 313 aa  199  3e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  41.46 
 
 		 318 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  39.1 
 
 		 313 aa  199  5e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2687  tRNA pseudouridine synthase B  38.33 
 
 		 303 aa  198  7.999999999999999e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  42.5 
 
 		 308 aa  198  9e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  43.63 
 
 		 305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03394  tRNA pseudouridine synthase B  38.05 
 
 		 314 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  40.86 
 
 		 307 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  42.4 
 
 		 299 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  45.06 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  43.82 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  40.91 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2818  tRNA pseudouridine synthase B  38 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  42.06 
 
 		 308 aa  196  3e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  42.01 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  37.66 
 
 		 351 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  37.99 
 
 		 368 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  39.69 
 
 		 307 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  40.47 
 
 		 307 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  40.47 
 
 		 307 aa  195  7e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  40.47 
 
 		 307 aa  195  8.000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  40.47 
 
 		 307 aa  195  8.000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  39.18 
 
 		 308 aa  195  9e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  40.47 
 
 		 307 aa  195  1e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>