More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1591 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 304 aa  611  9.999999999999999e-175  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  57.7 
 
 		 304 aa  362  4e-99  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  55.41 
 
 		 310 aa  334  7.999999999999999e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  54.93 
 
 		 295 aa  285  5e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  55.59 
 
 		 295 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  51.41 
 
 		 304 aa  276  4e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  45.39 
 
 		 306 aa  267  1e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  48.36 
 
 		 292 aa  261  1e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  46.18 
 
 		 297 aa  227  1e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  42.9 
 
 		 299 aa  221  1.9999999999999999e-56  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  47.64 
 
 		 310 aa  216  4e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  39.94 
 
 		 303 aa  216  4e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  40.33 
 
 		 294 aa  215  8e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  48.7 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  48.7 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  48.7 
 
 		 321 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  48.7 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  46 
 
 		 311 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  48.7 
 
 		 321 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  49.57 
 
 		 310 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  48.7 
 
 		 311 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  45.6 
 
 		 311 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  48.75 
 
 		 310 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  48.7 
 
 		 302 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  48.75 
 
 		 310 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  40.8 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  47.64 
 
 		 310 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  44.11 
 
 		 302 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  48.75 
 
 		 322 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  42.52 
 
 		 294 aa  211  2e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  48.35 
 
 		 310 aa  209  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  41.9 
 
 		 371 aa  209  7e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  42.13 
 
 		 294 aa  208  9e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  48.28 
 
 		 244 aa  208  1e-52  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  41.89 
 
 		 299 aa  207  1e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  47.62 
 
 		 303 aa  207  1e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  41.6 
 
 		 300 aa  206  5e-52  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  46.37 
 
 		 311 aa  205  7e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  44.76 
 
 		 309 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2418  tRNA pseudouridine synthase B  44.58 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0980712  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2992  tRNA pseudouridine synthase B  45.7 
 
 		 321 aa  204  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  40.38 
 
 		 307 aa  203  3e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  41.41 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  42.16 
 
 		 309 aa  202  6e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  46 
 
 		 314 aa  202  7e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  39.62 
 
 		 307 aa  201  9e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  45.89 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  39.62 
 
 		 307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0491  tRNA pseudouridine synthase B  44.13 
 
 		 323 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.444271 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  46.32 
 
 		 305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  42.97 
 
 		 314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  40.27 
 
 		 302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  45.89 
 
 		 305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 307 aa  200  3e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  47.03 
 
 		 305 aa  200  3e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  44.88 
 
 		 305 aa  199  3e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  46.19 
 
 		 305 aa  199  5e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3165  tRNA pseudouridine synthase B  42.72 
 
 		 309 aa  199  5e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.498601  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  39.62 
 
 		 307 aa  199  5e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 305 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  39.62 
 
 		 307 aa  199  6e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  39.62 
 
 		 307 aa  199  6e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  39.62 
 
 		 307 aa  199  6e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  47.42 
 
 		 241 aa  199  6e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  40.31 
 
 		 307 aa  198  7.999999999999999e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  44.09 
 
 		 304 aa  198  9e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  39.62 
 
 		 307 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  39.62 
 
 		 307 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  40.28 
 
 		 307 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  39.6 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1232  tRNA pseudouridine synthase B  42.3 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  41.77 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  42.97 
 
 		 307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  42.69 
 
 		 323 aa  196  5.000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  44.09 
 
 		 304 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  43.48 
 
 		 303 aa  196  6e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  42.29 
 
 		 304 aa  195  8.000000000000001e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  43.02 
 
 		 300 aa  195  8.000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  45.02 
 
 		 306 aa  195  9e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0071  tRNA pseudouridine synthase B  41.57 
 
 		 380 aa  193  3e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  43.46 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2009  tRNA pseudouridine synthase B  41.67 
 
 		 347 aa  192  4e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.845229  normal  0.607065 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  41.8 
 
 		 302 aa  192  8e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  41.06 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  41.06 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  42.5 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  42.29 
 
 		 359 aa  191  2e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2818  tRNA pseudouridine synthase B  38.55 
 
 		 303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  40.64 
 
 		 308 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  35.9 
 
 		 318 aa  189  4e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  42.64 
 
 		 313 aa  189  5.999999999999999e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03394  tRNA pseudouridine synthase B  37.04 
 
 		 314 aa  189  5.999999999999999e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2436  tRNA pseudouridine synthase B  44.8 
 
 		 308 aa  189  7e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.437878  normal  0.907986 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1249  tRNA pseudouridine synthase B  42.75 
 
 		 333 aa  188  8e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0328015  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  40.86 
 
 		 302 aa  188  8e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2687  tRNA pseudouridine synthase B  38.55 
 
 		 303 aa  188  9e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1000  tRNA pseudouridine synthase B  43.06 
 
 		 280 aa  188  9e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  39.94 
 
 		 318 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  43.78 
 
 		 315 aa  188  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  45.42 
 
 		 339 aa  188  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>