More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_3849 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 
371 aa  734    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  47.41 
 
 
359 aa  241  1e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  43.94 
 
 
304 aa  237  2e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  53.94 
 
 
328 aa  231  1e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0071  tRNA pseudouridine synthase B  44.81 
 
 
380 aa  231  2e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  49.8 
 
 
303 aa  231  2e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  48.41 
 
 
306 aa  230  3e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  47.1 
 
 
311 aa  230  3e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  50.56 
 
 
310 aa  229  4e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  45.7 
 
 
309 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  47.44 
 
 
311 aa  228  1e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  48.3 
 
 
305 aa  227  3e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  51.66 
 
 
310 aa  226  4e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  46.35 
 
 
308 aa  224  1e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  50.74 
 
 
310 aa  225  1e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  45.64 
 
 
294 aa  225  1e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  48.86 
 
 
304 aa  223  3e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  52.07 
 
 
302 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  49.62 
 
 
310 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  49.62 
 
 
310 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  47.04 
 
 
293 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  42.71 
 
 
304 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  47.04 
 
 
293 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  46.84 
 
 
344 aa  221  1.9999999999999999e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  51.65 
 
 
311 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  53.75 
 
 
298 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  51.65 
 
 
302 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  51.65 
 
 
302 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  51.65 
 
 
321 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  51.65 
 
 
321 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  51.65 
 
 
302 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  47.29 
 
 
307 aa  220  3.9999999999999997e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  42.37 
 
 
304 aa  219  5e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  49.43 
 
 
310 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  46.49 
 
 
308 aa  219  7.999999999999999e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  52.36 
 
 
311 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  44.44 
 
 
303 aa  218  1e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  49.3 
 
 
303 aa  218  1e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  45.97 
 
 
314 aa  218  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0727  tRNA pseudouridine synthase B  49.22 
 
 
319 aa  217  2e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  47.02 
 
 
322 aa  218  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  51.64 
 
 
305 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  47.01 
 
 
292 aa  216  7e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  51.64 
 
 
305 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  51.64 
 
 
305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  46.56 
 
 
315 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  49.19 
 
 
314 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2009  tRNA pseudouridine synthase B  45.65 
 
 
347 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.845229  normal  0.607065 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  39.37 
 
 
313 aa  213  3.9999999999999995e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  40.61 
 
 
297 aa  213  3.9999999999999995e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2750  tRNA pseudouridine synthase B  50.87 
 
 
318 aa  213  4.9999999999999996e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  52.13 
 
 
305 aa  212  7e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  43.8 
 
 
307 aa  211  1e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  49.4 
 
 
291 aa  211  2e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  48.21 
 
 
310 aa  211  2e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  50.23 
 
 
306 aa  209  8e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  47.24 
 
 
299 aa  208  1e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  41.64 
 
 
300 aa  208  1e-52  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  50.22 
 
 
244 aa  208  1e-52  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  45.06 
 
 
298 aa  208  1e-52  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  42.96 
 
 
302 aa  207  2e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  43.93 
 
 
304 aa  206  4e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  38.78 
 
 
302 aa  206  6e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  43.02 
 
 
309 aa  206  8e-52  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03394  tRNA pseudouridine synthase B  40.65 
 
 
314 aa  206  8e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  50.7 
 
 
305 aa  205  9e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  39.41 
 
 
300 aa  205  9e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1249  tRNA pseudouridine synthase B  50.87 
 
 
333 aa  205  1e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0328015  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  46.78 
 
 
313 aa  205  1e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  43.02 
 
 
309 aa  205  1e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  42.22 
 
 
307 aa  204  1e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  51.42 
 
 
305 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  47.04 
 
 
313 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  41.11 
 
 
300 aa  204  3e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2428  tRNA pseudouridine synthase B  46.59 
 
 
337 aa  204  3e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36134  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  46.44 
 
 
307 aa  204  3e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  48.78 
 
 
318 aa  203  4e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  49.19 
 
 
318 aa  203  5e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  41.85 
 
 
307 aa  203  5e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  48.86 
 
 
241 aa  203  5e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  42.8 
 
 
307 aa  203  5e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  47.42 
 
 
314 aa  202  7e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  48.25 
 
 
303 aa  202  7e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  42.8 
 
 
307 aa  202  7e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  41.85 
 
 
307 aa  202  8e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  47.42 
 
 
314 aa  202  8e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  42.32 
 
 
299 aa  202  9e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  42.8 
 
 
307 aa  202  9e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  41.48 
 
 
307 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  41.85 
 
 
307 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  47.2 
 
 
314 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  41.85 
 
 
307 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  46.74 
 
 
300 aa  202  9.999999999999999e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1862  tRNA pseudouridine synthase B  44.35 
 
 
313 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.552372  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  45.81 
 
 
314 aa  201  1.9999999999999998e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  47.85 
 
 
314 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  41.23 
 
 
309 aa  201  1.9999999999999998e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  47.85 
 
 
314 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  41.48 
 
 
307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0929  tRNA pseudouridine synthase B  45.57 
 
 
305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.590741  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>