More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0695 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 298 aa  595  1e-169  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  57 
 
 		 321 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  57 
 
 		 321 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  57 
 
 		 311 aa  306  3e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  57 
 
 		 302 aa  306  3e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  57 
 
 		 302 aa  306  3e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  57 
 
 		 302 aa  306  3e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  54.67 
 
 		 305 aa  305  6e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  56.67 
 
 		 302 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  54.33 
 
 		 305 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  55 
 
 		 305 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  53.67 
 
 		 304 aa  300  2e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  53.33 
 
 		 304 aa  298  7e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  55.52 
 
 		 311 aa  297  1e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  53.67 
 
 		 305 aa  296  2e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  53 
 
 		 305 aa  295  5e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  53.33 
 
 		 305 aa  295  7e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  54.3 
 
 		 306 aa  295  9e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  56.04 
 
 		 310 aa  294  1e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  56.04 
 
 		 310 aa  294  1e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  55.67 
 
 		 310 aa  293  3e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  55.56 
 
 		 310 aa  291  8e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  53.18 
 
 		 311 aa  291  9e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  58.7 
 
 		 328 aa  289  3e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  55.22 
 
 		 310 aa  289  4e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  55.22 
 
 		 310 aa  289  4e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  52.49 
 
 		 311 aa  287  1e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  53.92 
 
 		 314 aa  286  2e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  54 
 
 		 315 aa  285  5.999999999999999e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  53.4 
 
 		 299 aa  283  2.0000000000000002e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  52.68 
 
 		 305 aa  281  7.000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  49.34 
 
 		 308 aa  281  1e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  55.03 
 
 		 322 aa  281  1e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  51.99 
 
 		 309 aa  280  2e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  52.22 
 
 		 307 aa  280  2e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  52.82 
 
 		 339 aa  279  3e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  52.84 
 
 		 314 aa  278  7e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  49.83 
 
 		 302 aa  278  1e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  52.1 
 
 		 318 aa  275  5e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  54.51 
 
 		 293 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  54.51 
 
 		 293 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1862  tRNA pseudouridine synthase B  50.32 
 
 		 313 aa  273  2.0000000000000002e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.552372  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  52.1 
 
 		 318 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2009  tRNA pseudouridine synthase B  51.16 
 
 		 347 aa  271  9e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.845229  normal  0.607065 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2136  tRNA pseudouridine synthase B  51.32 
 
 		 338 aa  267  1e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0388744  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2750  tRNA pseudouridine synthase B  51.7 
 
 		 318 aa  268  1e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  52.01 
 
 		 308 aa  266  2e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1919  pseudouridylate synthase  54.79 
 
 		 345 aa  264  1e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0760202 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  50.83 
 
 		 307 aa  260  2e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  45.6 
 
 		 324 aa  259  3e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  45.6 
 
 		 324 aa  259  3e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  45.6 
 
 		 324 aa  259  3e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  48.69 
 
 		 308 aa  259  4e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  44.33 
 
 		 318 aa  256  3e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2428  tRNA pseudouridine synthase B  48.71 
 
 		 337 aa  255  5e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  44.23 
 
 		 314 aa  253  3e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1125  tRNA pseudouridine synthase B  46.78 
 
 		 303 aa  253  4.0000000000000004e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  44.23 
 
 		 314 aa  251  8.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3381  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 332 aa  251  8.000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.092575  normal  0.759632 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  45.82 
 
 		 303 aa  251  1e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  43.91 
 
 		 314 aa  250  2e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  43.91 
 
 		 314 aa  250  2e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  43.91 
 
 		 314 aa  250  2e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  43.91 
 
 		 314 aa  250  2e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  43.91 
 
 		 314 aa  250  2e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  43.91 
 
 		 314 aa  250  2e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  47.28 
 
 		 307 aa  250  2e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  43.91 
 
 		 314 aa  250  2e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  46.64 
 
 		 302 aa  249  3e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  44.63 
 
 		 314 aa  249  4e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  44.04 
 
 		 312 aa  249  4e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  43.91 
 
 		 314 aa  248  7e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  43.59 
 
 		 314 aa  248  8e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  43.51 
 
 		 313 aa  248  1e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  45.28 
 
 		 318 aa  247  2e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  45.67 
 
 		 309 aa  247  2e-64  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  43.59 
 
 		 314 aa  247  2e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  43.59 
 
 		 314 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  43.59 
 
 		 314 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2992  tRNA pseudouridine synthase B  49.83 
 
 		 321 aa  246  4.9999999999999997e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1249  tRNA pseudouridine synthase B  48.2 
 
 		 333 aa  246  4.9999999999999997e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0328015  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3344  tRNA pseudouridine synthase B  43.91 
 
 		 318 aa  245  8e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1009  tRNA pseudouridine synthase B  44.15 
 
 		 317 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  45.33 
 
 		 309 aa  243  1.9999999999999999e-63  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  43.51 
 
 		 314 aa  243  1.9999999999999999e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  43.6 
 
 		 323 aa  243  3e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2818  tRNA pseudouridine synthase B  45.08 
 
 		 303 aa  242  3.9999999999999997e-63  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  43.65 
 
 		 314 aa  242  5e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1093  tRNA pseudouridine synthase B  44.85 
 
 		 317 aa  242  5e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0247742 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  43.38 
 
 		 315 aa  242  6e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0992  tRNA pseudouridine synthase B  43.79 
 
 		 317 aa  242  6e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.358844  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2687  tRNA pseudouridine synthase B  44.75 
 
 		 303 aa  241  1e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  43.67 
 
 		 317 aa  241  1e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002611  tRNA pseudouridine synthase B  43.67 
 
 		 317 aa  241  1e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  43.38 
 
 		 308 aa  240  2e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2832  tRNA pseudouridine synthase B  43.79 
 
 		 318 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.478015  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1028  tRNA pseudouridine synthase B  45.18 
 
 		 317 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000142961 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3387  tRNA pseudouridine synthase B  42.26 
 
 		 321 aa  239  4e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448784 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03394  tRNA pseudouridine synthase B  43 
 
 		 314 aa  239  4e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  41.56 
 
 		 314 aa  239  4e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>