More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4710 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 305 aa  625  1e-178  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  99.02 
 
 		 305 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  96.39 
 
 		 305 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  88.85 
 
 		 305 aa  558  1e-158  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  88.52 
 
 		 305 aa  555  1e-157  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  88.52 
 
 		 305 aa  554  1e-157  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  85.1 
 
 		 306 aa  528  1e-149  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  78.62 
 
 		 304 aa  499  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  78.95 
 
 		 304 aa  499  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  78.36 
 
 		 305 aa  493  9.999999999999999e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  60.4 
 
 		 307 aa  344  1e-93  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  52.13 
 
 		 318 aa  315  6e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  57.19 
 
 		 308 aa  314  9.999999999999999e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  52.33 
 
 		 309 aa  313  2.9999999999999996e-84  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  51.78 
 
 		 324 aa  312  4.999999999999999e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  51.78 
 
 		 324 aa  312  4.999999999999999e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  51.78 
 
 		 324 aa  312  4.999999999999999e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  50.97 
 
 		 313 aa  310  2e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  52 
 
 		 309 aa  309  2.9999999999999997e-83  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  53.82 
 
 		 302 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  53.82 
 
 		 302 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  53.82 
 
 		 302 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  53.82 
 
 		 321 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  51.13 
 
 		 314 aa  310  2.9999999999999997e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  53.82 
 
 		 321 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  53.82 
 
 		 311 aa  309  4e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  50.81 
 
 		 314 aa  308  5.9999999999999995e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  53.49 
 
 		 302 aa  308  9e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  51.79 
 
 		 308 aa  307  1.0000000000000001e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  51.46 
 
 		 318 aa  307  2.0000000000000002e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3344  tRNA pseudouridine synthase B  49.84 
 
 		 318 aa  306  2.0000000000000002e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  50.49 
 
 		 314 aa  306  3e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  50.49 
 
 		 314 aa  306  3e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  50.49 
 
 		 314 aa  306  3e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  50.49 
 
 		 314 aa  306  3e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  55.22 
 
 		 310 aa  306  3e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  50.49 
 
 		 314 aa  306  3e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  50.49 
 
 		 314 aa  306  3e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  55.22 
 
 		 310 aa  306  3e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  54.67 
 
 		 298 aa  305  6e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 		 314 aa  305  8.000000000000001e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  50.49 
 
 		 314 aa  304  9.000000000000001e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  54.67 
 
 		 310 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  54.67 
 
 		 310 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  49.84 
 
 		 314 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 		 314 aa  304  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 		 314 aa  303  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  50.49 
 
 		 314 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  54.67 
 
 		 310 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  49.84 
 
 		 314 aa  302  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  49.51 
 
 		 314 aa  302  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  49.84 
 
 		 314 aa  302  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  52.82 
 
 		 311 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  53.16 
 
 		 311 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  54.55 
 
 		 310 aa  299  3e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  49.84 
 
 		 314 aa  299  4e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  52.22 
 
 		 293 aa  298  1e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  51.97 
 
 		 309 aa  298  1e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  52.22 
 
 		 293 aa  298  1e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  52.49 
 
 		 311 aa  298  1e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  49.17 
 
 		 302 aa  297  2e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  54.33 
 
 		 322 aa  296  4e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  49.18 
 
 		 312 aa  295  9e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1465  tRNA pseudouridine synthase B  50.32 
 
 		 318 aa  290  2e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1093  tRNA pseudouridine synthase B  50.17 
 
 		 317 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0247742 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  47.84 
 
 		 315 aa  288  7e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2832  tRNA pseudouridine synthase B  50.83 
 
 		 318 aa  287  2e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.478015  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  48.06 
 
 		 318 aa  287  2e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1028  tRNA pseudouridine synthase B  49.83 
 
 		 317 aa  287  2e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000142961 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0992  tRNA pseudouridine synthase B  49.5 
 
 		 317 aa  286  2e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.358844  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  52.49 
 
 		 299 aa  286  2.9999999999999996e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002611  tRNA pseudouridine synthase B  50.49 
 
 		 317 aa  285  7e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1032  tRNA pseudouridine synthase B  49.5 
 
 		 317 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  hitchhiker  0.0000301922 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  51.31 
 
 		 304 aa  283  2.0000000000000002e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  53.67 
 
 		 328 aa  283  2.0000000000000002e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  52.29 
 
 		 315 aa  281  1e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  51.15 
 
 		 314 aa  281  1e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  47.52 
 
 		 317 aa  281  1e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03394  tRNA pseudouridine synthase B  48.85 
 
 		 314 aa  278  6e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  50.33 
 
 		 307 aa  278  7e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1130  tRNA pseudouridine synthase B  48.68 
 
 		 321 aa  277  2e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0346458  unclonable  0.00000000000626709 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1009  tRNA pseudouridine synthase B  48.5 
 
 		 317 aa  276  3e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2009  tRNA pseudouridine synthase B  51.97 
 
 		 347 aa  276  3e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.845229  normal  0.607065 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3415  tRNA pseudouridine synthase B  48.36 
 
 		 321 aa  275  5e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.630967  hitchhiker  0.000684703 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3278  tRNA pseudouridine synthase B  48.36 
 
 		 321 aa  275  5e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.922634  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3387  tRNA pseudouridine synthase B  46.56 
 
 		 321 aa  275  6e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448784 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3237  tRNA pseudouridine synthase B  47.7 
 
 		 321 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2136  tRNA pseudouridine synthase B  52.67 
 
 		 338 aa  273  3e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0388744  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  48.83 
 
 		 307 aa  272  4.0000000000000004e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  49.67 
 
 		 308 aa  272  5.000000000000001e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  50.48 
 
 		 314 aa  271  1e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  45.21 
 
 		 317 aa  271  1e-71  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0963  tRNA pseudouridine synthase B  47.18 
 
 		 315 aa  270  2e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0397132  normal  0.0378785 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0819  tRNA pseudouridine synthase B  47 
 
 		 310 aa  270  2.9999999999999997e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0113178 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2428  tRNA pseudouridine synthase B  50.66 
 
 		 337 aa  269  4e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1862  tRNA pseudouridine synthase B  46.3 
 
 		 313 aa  268  7e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.552372  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2825  tRNA pseudouridine synthase B  47.18 
 
 		 315 aa  267  2e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.791691  hitchhiker  0.00423146 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2750  tRNA pseudouridine synthase B  50.51 
 
 		 318 aa  267  2e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1697  tRNA pseudouridine synthase B  46.43 
 
 		 317 aa  266  4e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  50.97 
 
 		 318 aa  261  6.999999999999999e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>