More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_1672 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 292 aa  592  1e-168  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  56.29 
 
 		 304 aa  317  2e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  50.66 
 
 		 304 aa  284  1.0000000000000001e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  53.36 
 
 		 295 aa  279  4e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  53.02 
 
 		 295 aa  274  1.0000000000000001e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  47.91 
 
 		 310 aa  268  7e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  48.36 
 
 		 304 aa  241  7e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  48.05 
 
 		 304 aa  231  9e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  47.66 
 
 		 304 aa  229  6e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  41.06 
 
 		 306 aa  226  3e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  42.47 
 
 		 313 aa  226  5.0000000000000005e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  40.15 
 
 		 294 aa  219  6e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  50.46 
 
 		 308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  46.48 
 
 		 305 aa  216  4e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  39.78 
 
 		 294 aa  216  5e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  44.53 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  44.27 
 
 		 307 aa  214  9.999999999999999e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  42.4 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  42.97 
 
 		 299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  43.2 
 
 		 300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  45.34 
 
 		 293 aa  212  5.999999999999999e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  45.34 
 
 		 293 aa  212  5.999999999999999e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  47.01 
 
 		 371 aa  211  7.999999999999999e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  43.75 
 
 		 302 aa  211  7.999999999999999e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  44.92 
 
 		 306 aa  211  9e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  43.36 
 
 		 302 aa  210  2e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  51.61 
 
 		 328 aa  209  4e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  48.85 
 
 		 305 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  48.39 
 
 		 305 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  50.45 
 
 		 314 aa  209  6e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  45.78 
 
 		 309 aa  209  6e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  46.99 
 
 		 310 aa  208  8e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  48.39 
 
 		 305 aa  208  9e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  44.66 
 
 		 308 aa  208  9e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  45.7 
 
 		 305 aa  208  1e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  43.75 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  46.59 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  49.52 
 
 		 241 aa  206  3e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  45.78 
 
 		 311 aa  206  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  50.45 
 
 		 314 aa  206  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  45.38 
 
 		 311 aa  205  6e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  38.72 
 
 		 309 aa  205  6e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  45.78 
 
 		 310 aa  205  6e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  49.07 
 
 		 321 aa  205  8e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  49.07 
 
 		 321 aa  205  8e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  49.07 
 
 		 311 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  43.43 
 
 		 307 aa  204  1e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  49.07 
 
 		 302 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  49.07 
 
 		 302 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  45 
 
 		 324 aa  204  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  44.16 
 
 		 313 aa  204  1e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  45 
 
 		 324 aa  204  1e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  43.98 
 
 		 308 aa  204  1e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  49.07 
 
 		 302 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  45 
 
 		 324 aa  204  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  49.07 
 
 		 302 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  39.93 
 
 		 307 aa  204  1e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  44.73 
 
 		 313 aa  203  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  41.83 
 
 		 308 aa  204  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  43.6 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  41.77 
 
 		 297 aa  204  2e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1232  tRNA pseudouridine synthase B  43.84 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  37.41 
 
 		 307 aa  203  3e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  49.55 
 
 		 315 aa  202  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  43.37 
 
 		 298 aa  202  4e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 310 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 310 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  37.93 
 
 		 300 aa  202  6e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  43.82 
 
 		 303 aa  202  7e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 310 aa  201  9e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  49.07 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  47.47 
 
 		 305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  43.73 
 
 		 313 aa  200  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  43.48 
 
 		 309 aa  200  1.9999999999999998e-50  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  37.76 
 
 		 307 aa  200  3e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 317 aa  199  3e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  44.62 
 
 		 299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  37.07 
 
 		 307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  43.08 
 
 		 309 aa  199  3.9999999999999996e-50  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  37.41 
 
 		 307 aa  199  5e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03394  tRNA pseudouridine synthase B  38.82 
 
 		 314 aa  199  6e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  37.07 
 
 		 307 aa  198  7.999999999999999e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  37.41 
 
 		 307 aa  198  7.999999999999999e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  45.66 
 
 		 318 aa  198  9e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  47 
 
 		 305 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  49.05 
 
 		 318 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  37.07 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01305  tRNA pseudouridine synthase B  43.08 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.19887  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  44.7 
 
 		 312 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  45.67 
 
 		 322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  37.07 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  44.98 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  41.34 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  37.07 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  43.6 
 
 		 308 aa  196  3e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3387  tRNA pseudouridine synthase B  40.61 
 
 		 321 aa  196  3e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448784 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2992  tRNA pseudouridine synthase B  44.75 
 
 		 321 aa  196  3e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  44.24 
 
 		 318 aa  196  4.0000000000000005e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  43.84 
 
 		 294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  43.44 
 
 		 314 aa  196  4.0000000000000005e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>