More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acid345_2203 on replicon NC_008009
Organism: Candidatus Koribacter versatilis Ellin345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 
302 aa  619  1e-176  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  42.8 
 
 
304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  43.6 
 
 
292 aa  204  2e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  44.64 
 
 
306 aa  203  4e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  35.02 
 
 
300 aa  201  9.999999999999999e-51  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  48.11 
 
 
241 aa  201  9.999999999999999e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  42.25 
 
 
310 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  41.44 
 
 
304 aa  196  3e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  36.43 
 
 
300 aa  194  1e-48  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  36.67 
 
 
311 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  41.7 
 
 
313 aa  193  3e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  39.24 
 
 
299 aa  192  4e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  36.48 
 
 
307 aa  192  7e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  35.74 
 
 
300 aa  191  1e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  37.41 
 
 
301 aa  191  1e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  36.24 
 
 
311 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  39.59 
 
 
304 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  35.83 
 
 
307 aa  188  8e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  36.16 
 
 
307 aa  188  9e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  36.16 
 
 
307 aa  188  1e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  35.74 
 
 
307 aa  187  1e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  36.16 
 
 
307 aa  188  1e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  36.16 
 
 
307 aa  188  1e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  37.36 
 
 
297 aa  187  2e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  35.5 
 
 
307 aa  186  4e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  47.91 
 
 
293 aa  186  6e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  39.62 
 
 
307 aa  185  8e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  35.41 
 
 
307 aa  185  9e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  39.19 
 
 
314 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  35.35 
 
 
311 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  35.35 
 
 
321 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  35.35 
 
 
321 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  37.37 
 
 
305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  35.35 
 
 
302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  35.35 
 
 
302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  35.35 
 
 
302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1511  tRNA pseudouridine synthase B  33.56 
 
 
283 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  35.35 
 
 
302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  37.37 
 
 
305 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  38.66 
 
 
304 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  38.66 
 
 
304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  38.76 
 
 
307 aa  182  6e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  39.56 
 
 
302 aa  181  1e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  45.5 
 
 
244 aa  181  1e-44  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2418  tRNA pseudouridine synthase B  41.04 
 
 
307 aa  181  2e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0980712  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  48.33 
 
 
313 aa  181  2e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  38.61 
 
 
323 aa  181  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  36.43 
 
 
298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  38.29 
 
 
305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  39.53 
 
 
294 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  34.45 
 
 
309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  38.75 
 
 
305 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  39.86 
 
 
371 aa  179  4.999999999999999e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  47.22 
 
 
299 aa  179  4.999999999999999e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  35.95 
 
 
318 aa  179  5.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  40.5 
 
 
289 aa  179  5.999999999999999e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  42.45 
 
 
336 aa  179  5.999999999999999e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  35.45 
 
 
303 aa  179  7e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  37.31 
 
 
302 aa  178  9e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  36.98 
 
 
302 aa  178  9e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  35.35 
 
 
311 aa  178  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  35.12 
 
 
310 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  43.46 
 
 
322 aa  177  2e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  44.19 
 
 
306 aa  177  2e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  35.71 
 
 
309 aa  177  2e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0071  tRNA pseudouridine synthase B  38.6 
 
 
309 aa  176  3e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  35.71 
 
 
309 aa  177  3e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1000  tRNA pseudouridine synthase B  37.06 
 
 
280 aa  176  4e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  49.54 
 
 
303 aa  176  4e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  36.56 
 
 
305 aa  176  5e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  35.12 
 
 
310 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  40.61 
 
 
295 aa  176  5e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  34.46 
 
 
293 aa  175  8e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  38.63 
 
 
295 aa  175  8e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  34.46 
 
 
293 aa  175  8e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  35 
 
 
310 aa  175  8e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  36.7 
 
 
302 aa  175  9e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0071  tRNA pseudouridine synthase B  38.6 
 
 
309 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.861563  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14011  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  38.03 
 
 
309 aa  174  9.999999999999999e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.276631 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  43.54 
 
 
298 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  49.52 
 
 
289 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  36.24 
 
 
318 aa  175  9.999999999999999e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  34.67 
 
 
310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  45.66 
 
 
295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  34.67 
 
 
310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  44.24 
 
 
307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  45.12 
 
 
325 aa  173  3.9999999999999995e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  35.25 
 
 
314 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2009  tRNA pseudouridine synthase B  35.35 
 
 
347 aa  173  3.9999999999999995e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.845229  normal  0.607065 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  35.94 
 
 
305 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  35.12 
 
 
322 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1862  tRNA pseudouridine synthase B  36.92 
 
 
313 aa  172  6.999999999999999e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.552372  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  43.48 
 
 
318 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  35.81 
 
 
315 aa  172  7.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  35.93 
 
 
308 aa  172  7.999999999999999e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  46.33 
 
 
327 aa  172  7.999999999999999e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002611  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 
317 aa  171  9e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03394  tRNA pseudouridine synthase B  35.71 
 
 
314 aa  171  1e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  38.01 
 
 
306 aa  171  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  35.67 
 
 
315 aa  171  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>