More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_2418 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_2418  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 307 aa  621  1e-177  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0980712  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0491  tRNA pseudouridine synthase B  58.28 
 
 		 323 aa  340  2e-92  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.444271 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2510  tRNA pseudouridine synthase B  56.15 
 
 		 308 aa  332  7.000000000000001e-90  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2436  tRNA pseudouridine synthase B  55.48 
 
 		 308 aa  324  1e-87  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.437878  normal  0.907986 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3165  tRNA pseudouridine synthase B  54.69 
 
 		 309 aa  308  8e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.498601  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0056  tRNA pseudouridine synthase B  52.13 
 
 		 354 aa  290  2e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  44.8 
 
 		 304 aa  202  8e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  42.92 
 
 		 306 aa  200  3e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  42 
 
 		 300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  44.58 
 
 		 304 aa  189  5e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  41.67 
 
 		 302 aa  189  7e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  42 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  37.89 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  39.76 
 
 		 300 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  40.4 
 
 		 300 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  37.54 
 
 		 307 aa  182  7e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0071  tRNA pseudouridine synthase B  33.68 
 
 		 309 aa  181  1e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.861563  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  37.54 
 
 		 307 aa  180  2e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  37.89 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  41.04 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  37.54 
 
 		 307 aa  180  2e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  42.92 
 
 		 241 aa  180  2.9999999999999997e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  37.28 
 
 		 303 aa  179  4e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  37.59 
 
 		 307 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  36.84 
 
 		 307 aa  178  9e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  38.35 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0071  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 		 309 aa  177  1e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  38.35 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  37.19 
 
 		 307 aa  177  1e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  42.37 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 295 aa  177  1e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  39.31 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  40.15 
 
 		 310 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  40.15 
 
 		 310 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  40.15 
 
 		 310 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  40.96 
 
 		 304 aa  177  3e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  38.31 
 
 		 307 aa  176  5e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  39.1 
 
 		 295 aa  176  6e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  38.01 
 
 		 307 aa  176  6e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 		 292 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  40.22 
 
 		 322 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  38.34 
 
 		 303 aa  173  3.9999999999999995e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  36.27 
 
 		 308 aa  172  5e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  39.86 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  39.13 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  39.86 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  35.74 
 
 		 294 aa  170  2e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  37.36 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  39.49 
 
 		 310 aa  170  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0181  tRNA pseudouridine synthase B  38.49 
 
 		 300 aa  170  4e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  38.34 
 
 		 299 aa  169  4e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  35.74 
 
 		 294 aa  169  6e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  38.95 
 
 		 310 aa  169  6e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0205  tRNA pseudouridine synthase B  38.49 
 
 		 300 aa  169  6e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1232  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  36.17 
 
 		 307 aa  166  2.9999999999999998e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  36.8 
 
 		 312 aa  166  4e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  41.86 
 
 		 293 aa  165  8e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01305  tRNA pseudouridine synthase B  36.96 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.19887  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  39.06 
 
 		 295 aa  164  1.0000000000000001e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  39.49 
 
 		 311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  39.49 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  39.49 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  39.49 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  39.49 
 
 		 321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  39.06 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  44.86 
 
 		 249 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  39.49 
 
 		 321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0929  tRNA pseudouridine synthase B  40.62 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.590741  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  39.49 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  39.61 
 
 		 293 aa  163  4.0000000000000004e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  39.92 
 
 		 305 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  36.54 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  37.31 
 
 		 309 aa  160  2e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  40.33 
 
 		 305 aa  161  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  40.83 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  38.19 
 
 		 318 aa  160  2e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  35.02 
 
 		 323 aa  159  4e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0816  tRNA pseudouridine synthase B  35.63 
 
 		 297 aa  159  4e-38  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0170651  normal  0.0612098 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  39.13 
 
 		 311 aa  159  5e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  41.08 
 
 		 371 aa  159  7e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  39.09 
 
 		 304 aa  159  8e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  36.9 
 
 		 309 aa  159  8e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  39.09 
 
 		 304 aa  158  9e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  42.31 
 
 		 244 aa  157  1e-37  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  39.13 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0727  tRNA pseudouridine synthase B  36.76 
 
 		 319 aa  156  4e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0388  hypothetical protein  37.39 
 
 		 230 aa  156  4e-37  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  39.38 
 
 		 298 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  41.22 
 
 		 314 aa  155  6e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  38.68 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  37.34 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  39.42 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  36.92 
 
 		 318 aa  155  7e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  35.69 
 
 		 297 aa  155  7e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0701  tRNA pseudouridine synthase B  36.17 
 
 		 301 aa  155  9e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0781617  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  38.37 
 
 		 305 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1511  tRNA pseudouridine synthase B  34.8 
 
 		 283 aa  155  9e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  38.2 
 
 		 297 aa  155  9e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  36.9 
 
 		 309 aa  155  1e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>