More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_3165 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_3165  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 309 aa  634    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.498601  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2510  tRNA pseudouridine synthase B  69.54 
 
 		 308 aa  437  1e-121  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2436  tRNA pseudouridine synthase B  68.18 
 
 		 308 aa  426  1e-118  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.437878  normal  0.907986 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0056  tRNA pseudouridine synthase B  62.05 
 
 		 354 aa  369  1e-101  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0491  tRNA pseudouridine synthase B  55.63 
 
 		 323 aa  327  2.0000000000000001e-88  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.444271 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2418  tRNA pseudouridine synthase B  54.69 
 
 		 307 aa  308  8e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0980712  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  43.01 
 
 		 306 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  40.73 
 
 		 292 aa  187  3e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  41.55 
 
 		 304 aa  185  7e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  45.41 
 
 		 241 aa  184  2.0000000000000003e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  42.72 
 
 		 304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  40.96 
 
 		 300 aa  182  8.000000000000001e-45  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  42.17 
 
 		 310 aa  181  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  37.86 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0071  tRNA pseudouridine synthase B  39.24 
 
 		 309 aa  179  4e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.861563  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  40.71 
 
 		 300 aa  179  7e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  38.8 
 
 		 294 aa  177  3e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  43.2 
 
 		 304 aa  177  3e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0071  tRNA pseudouridine synthase B  38.44 
 
 		 309 aa  176  4e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  40.23 
 
 		 307 aa  176  5e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  38.4 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  38 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  40.3 
 
 		 302 aa  170  2e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  42.34 
 
 		 295 aa  170  3e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  41.35 
 
 		 295 aa  169  7e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  37.2 
 
 		 299 aa  167  1e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  41.43 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  37.55 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  41.67 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  38.65 
 
 		 307 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  41.91 
 
 		 304 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  39.09 
 
 		 313 aa  166  6.9999999999999995e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  38.05 
 
 		 371 aa  165  9e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  36.61 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  39.31 
 
 		 308 aa  165  1.0000000000000001e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  38.04 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  39.8 
 
 		 293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  41.49 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1232  tRNA pseudouridine synthase B  40.85 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  39.13 
 
 		 311 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  39.13 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  39.13 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01305  tRNA pseudouridine synthase B  39.2 
 
 		 299 aa  163  3e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.19887  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  39.13 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  39.13 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  39.13 
 
 		 321 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  39.13 
 
 		 321 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  45.75 
 
 		 249 aa  163  3e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1511  tRNA pseudouridine synthase B  36.47 
 
 		 283 aa  161  1e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  39.53 
 
 		 305 aa  162  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  39.68 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  35.9 
 
 		 323 aa  160  3e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  38.93 
 
 		 311 aa  160  4e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  38.84 
 
 		 308 aa  159  6e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  34.59 
 
 		 309 aa  159  7e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  39.83 
 
 		 305 aa  159  8e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14011  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  36.4 
 
 		 309 aa  159  8e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.276631 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  41.08 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  38.76 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  39.42 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  39.04 
 
 		 293 aa  158  1e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  40.44 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  40.5 
 
 		 310 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  40.44 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  36.67 
 
 		 307 aa  158  1e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  39.83 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  38.28 
 
 		 291 aa  157  2e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  41.38 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2687  tRNA pseudouridine synthase B  37.25 
 
 		 303 aa  156  3e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  39.37 
 
 		 294 aa  156  3e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  40.65 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  43.72 
 
 		 244 aa  156  4e-37  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  39.71 
 
 		 314 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2818  tRNA pseudouridine synthase B  37.25 
 
 		 303 aa  156  5.0000000000000005e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  40.44 
 
 		 310 aa  155  7e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  40.25 
 
 		 305 aa  155  9e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0816  tRNA pseudouridine synthase B  36.08 
 
 		 297 aa  155  9e-37  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0170651  normal  0.0612098 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0388  hypothetical protein  40.38 
 
 		 230 aa  154  1e-36  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  40.66 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  36.4 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  40.68 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  40.68 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  40.68 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  40.49 
 
 		 311 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  39.83 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  36.72 
 
 		 307 aa  153  4e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  36.4 
 
 		 307 aa  153  4e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  36.33 
 
 		 307 aa  153  4e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  36.33 
 
 		 307 aa  153  4e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  36.72 
 
 		 307 aa  152  5e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0701  tRNA pseudouridine synthase B  37.74 
 
 		 301 aa  152  5e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0781617  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  39.22 
 
 		 293 aa  152  5e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  39.22 
 
 		 293 aa  152  5e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  36.33 
 
 		 307 aa  152  5e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  36.72 
 
 		 307 aa  152  7e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  36.72 
 
 		 307 aa  152  7e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  35.55 
 
 		 307 aa  152  7e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  35.94 
 
 		 307 aa  152  8e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>