More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_0781 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 293 aa  572  1.0000000000000001e-162  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  71.53 
 
 		 295 aa  367  1e-100  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  66.32 
 
 		 299 aa  364  1e-100  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  68.6 
 
 		 289 aa  360  2e-98  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  69.1 
 
 		 299 aa  357  9.999999999999999e-98  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  57.24 
 
 		 322 aa  320  9.999999999999999e-87  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  56.91 
 
 		 306 aa  318  5e-86  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  60.48 
 
 		 313 aa  307  1.0000000000000001e-82  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  57.64 
 
 		 299 aa  302  4.0000000000000003e-81  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  59.52 
 
 		 298 aa  297  2e-79  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  58.68 
 
 		 295 aa  296  3e-79  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  58.02 
 
 		 327 aa  295  6e-79  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7739  tRNA pseudouridine synthase B  60.81 
 
 		 305 aa  293  2e-78  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  58.54 
 
 		 289 aa  291  8e-78  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  58.78 
 
 		 336 aa  288  5.0000000000000004e-77  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  57.24 
 
 		 297 aa  286  2.9999999999999996e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  57.24 
 
 		 297 aa  286  2.9999999999999996e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  57.24 
 
 		 297 aa  286  2.9999999999999996e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  55.52 
 
 		 302 aa  284  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23430  tRNA pseudouridine synthase B  55.91 
 
 		 343 aa  281  9e-75  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.902891  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  55.4 
 
 		 297 aa  278  6e-74  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  54.36 
 
 		 307 aa  276  2e-73  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  54.45 
 
 		 325 aa  276  3e-73  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  53.31 
 
 		 299 aa  276  4e-73  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1449  tRNA pseudouridine synthase B  53.92 
 
 		 301 aa  272  4.0000000000000004e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00175949  normal  0.371099 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  53.98 
 
 		 294 aa  268  7e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  52.04 
 
 		 310 aa  265  5.999999999999999e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  50.69 
 
 		 298 aa  262  4.999999999999999e-69  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  52.56 
 
 		 304 aa  261  8.999999999999999e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  53.51 
 
 		 303 aa  255  6e-67  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1336  tRNA pseudouridine synthase B  55.82 
 
 		 305 aa  255  7e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0671374  hitchhiker  0.00117638 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1378  tRNA pseudouridine synthase B  54.61 
 
 		 327 aa  251  1e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.758516  normal  0.467888 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1021  tRNA pseudouridine synthase B  48.33 
 
 		 333 aa  243  1.9999999999999999e-63  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 318 aa  244  1.9999999999999999e-63  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2213  tRNA pseudouridine synthase B  52.82 
 
 		 323 aa  228  8e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0106911  normal  0.0721688 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11500  tRNA pseudouridine 55 synthase  42.77 
 
 		 348 aa  226  3e-58  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0558927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0287  tRNA pseudouridine synthase B  39.66 
 
 		 367 aa  216  2.9999999999999998e-55  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  46.36 
 
 		 310 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  46.36 
 
 		 310 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  44.36 
 
 		 299 aa  209  3e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  41.5 
 
 		 293 aa  208  7e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  43 
 
 		 311 aa  208  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  42.62 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  42.62 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  42.62 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  44.14 
 
 		 291 aa  207  2e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  43.56 
 
 		 307 aa  207  2e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  45.03 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  42.62 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  42.62 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  42.62 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  42.62 
 
 		 311 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  45.25 
 
 		 322 aa  205  7e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  45.59 
 
 		 310 aa  205  8e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  45.98 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  46.36 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  45.92 
 
 		 293 aa  203  3e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  47.95 
 
 		 313 aa  202  7e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  43.81 
 
 		 297 aa  201  9.999999999999999e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  45.59 
 
 		 310 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  42.28 
 
 		 311 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  41.95 
 
 		 311 aa  200  3e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32966  predicted protein  46.22 
 
 		 279 aa  199  3e-50  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1745  pseudouridine synthase  48.81 
 
 		 387 aa  199  5e-50  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  51.14 
 
 		 302 aa  199  6e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0640  tRNA pseudouridine synthase B  46.23 
 
 		 298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.951154  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  48.42 
 
 		 292 aa  195  6e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2131  tRNA pseudouridine synthase B  43.79 
 
 		 315 aa  195  8.000000000000001e-49  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.222918  normal  0.419239 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  43.3 
 
 		 323 aa  195  9e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  42.9 
 
 		 313 aa  194  1e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  41.08 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  41.87 
 
 		 309 aa  193  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0388  hypothetical protein  40.93 
 
 		 230 aa  193  3e-48  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14011  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  44.91 
 
 		 309 aa  192  5e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.276631 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0998  tRNA pseudouridine synthase B  36.36 
 
 		 294 aa  192  7e-48  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0507198  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  39.6 
 
 		 302 aa  192  7e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  42.57 
 
 		 313 aa  192  7e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  42.15 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  41.91 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  44.49 
 
 		 241 aa  190  2e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  41.47 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  36.84 
 
 		 307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  49.55 
 
 		 305 aa  189  2.9999999999999997e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  36.51 
 
 		 307 aa  189  4e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  39.51 
 
 		 307 aa  189  4e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  36.51 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  36.51 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  36.51 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  36.51 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  36.51 
 
 		 307 aa  189  7e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 249 aa  188  7e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  43.58 
 
 		 314 aa  187  1e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  40.21 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  40.88 
 
 		 291 aa  188  1e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  39.37 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  35.53 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  36.18 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  36.51 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  36.18 
 
 		 307 aa  187  3e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  42.33 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.971864 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>