More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_2510 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_2510  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 308 aa  628  1e-179  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2436  tRNA pseudouridine synthase B  78.62 
 
 		 308 aa  489  1e-137  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.437878  normal  0.907986 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3165  tRNA pseudouridine synthase B  69.54 
 
 		 309 aa  437  1e-121  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.498601  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0056  tRNA pseudouridine synthase B  62.91 
 
 		 354 aa  370  1e-101  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2418  tRNA pseudouridine synthase B  56.15 
 
 		 307 aa  332  7.000000000000001e-90  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0980712  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0491  tRNA pseudouridine synthase B  52.67 
 
 		 323 aa  319  3e-86  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.444271 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  41.82 
 
 		 306 aa  205  6e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  43.72 
 
 		 241 aa  179  7e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  37.75 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  41.05 
 
 		 321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  41.05 
 
 		 311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  41.05 
 
 		 321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  42.74 
 
 		 304 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  38.1 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  44.58 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  42.74 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  42.74 
 
 		 295 aa  171  2e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  45.8 
 
 		 371 aa  169  4e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0071  tRNA pseudouridine synthase B  36.75 
 
 		 309 aa  169  5e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.861563  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  41.31 
 
 		 302 aa  169  7e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  39.13 
 
 		 293 aa  168  8e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  42.31 
 
 		 298 aa  169  8e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  39.92 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  39.45 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  40.98 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  42.98 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  41.37 
 
 		 295 aa  166  4e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  39.84 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  41.25 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  37.88 
 
 		 300 aa  166  5e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  40.38 
 
 		 307 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0071  tRNA pseudouridine synthase B  37.9 
 
 		 309 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  39.92 
 
 		 304 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  40.34 
 
 		 304 aa  165  8e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  36.64 
 
 		 292 aa  165  8e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  38.93 
 
 		 308 aa  165  9e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  38.43 
 
 		 302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  40.78 
 
 		 299 aa  163  3e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  38 
 
 		 291 aa  162  5.0000000000000005e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1232  tRNA pseudouridine synthase B  42.39 
 
 		 306 aa  162  5.0000000000000005e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  43.27 
 
 		 249 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  40.24 
 
 		 310 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  38 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  40.25 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  35.86 
 
 		 298 aa  159  4e-38  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  37.8 
 
 		 302 aa  159  5e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  39.06 
 
 		 300 aa  159  5e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  39.47 
 
 		 289 aa  159  5e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  40.25 
 
 		 305 aa  159  6e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  37.45 
 
 		 294 aa  159  6e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 289 aa  159  7e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  38.58 
 
 		 291 aa  158  1e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  36.55 
 
 		 300 aa  157  1e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  36.65 
 
 		 294 aa  157  1e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  34.21 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  39.38 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  39 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  39.44 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  39.44 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  44.08 
 
 		 293 aa  157  3e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  44.08 
 
 		 293 aa  157  3e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  36.65 
 
 		 294 aa  156  4e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  39.78 
 
 		 310 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  41.91 
 
 		 311 aa  155  7e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  38.72 
 
 		 322 aa  155  9e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  38.95 
 
 		 310 aa  155  9e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  38.24 
 
 		 314 aa  154  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  39.76 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  41.08 
 
 		 306 aa  154  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  35.69 
 
 		 301 aa  155  1e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  37.7 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  40.83 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  39.1 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  41.31 
 
 		 244 aa  154  2e-36  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2687  tRNA pseudouridine synthase B  36.36 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  37.2 
 
 		 309 aa  153  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  39.42 
 
 		 305 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  40.98 
 
 		 314 aa  152  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  39.42 
 
 		 305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  43.24 
 
 		 299 aa  152  5.9999999999999996e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  36.05 
 
 		 323 aa  152  7e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0388  hypothetical protein  38.94 
 
 		 230 aa  152  7e-36  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  36.93 
 
 		 310 aa  152  8e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 		 315 aa  152  8e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  39 
 
 		 305 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  35.89 
 
 		 303 aa  152  8.999999999999999e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  36.4 
 
 		 307 aa  152  1e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2818  tRNA pseudouridine synthase B  35.97 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01305  tRNA pseudouridine synthase B  34.98 
 
 		 299 aa  151  1e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.19887  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  40.82 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  40.82 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  40.82 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  40.25 
 
 		 299 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  39.42 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  36.02 
 
 		 307 aa  150  3e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  36.02 
 
 		 307 aa  150  3e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>