More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_1954 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 310 aa  637    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  47.37 
 
 		 309 aa  293  2e-78  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0929  tRNA pseudouridine synthase B  49.02 
 
 		 305 aa  273  4.0000000000000004e-72  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.590741  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  49.62 
 
 		 303 aa  261  2e-68  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  44.78 
 
 		 309 aa  251  1e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  46.67 
 
 		 297 aa  246  4e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  47.88 
 
 		 302 aa  243  3e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  46.27 
 
 		 305 aa  239  4e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  43.55 
 
 		 294 aa  231  9e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  45.67 
 
 		 283 aa  230  2e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  42.77 
 
 		 303 aa  228  7e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  47.49 
 
 		 302 aa  224  2e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  41.7 
 
 		 307 aa  209  7e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  41.7 
 
 		 307 aa  205  6e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  42.69 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1447  tRNA pseudouridine synthase B  43.55 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000785982  normal  0.274975 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  41.15 
 
 		 307 aa  202  5e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  38.66 
 
 		 299 aa  202  8e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  41.31 
 
 		 307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  41.31 
 
 		 307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  41.54 
 
 		 307 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  41.86 
 
 		 294 aa  201  1.9999999999999998e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  41.15 
 
 		 307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  41.54 
 
 		 307 aa  199  5e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  41.86 
 
 		 294 aa  198  7.999999999999999e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2771  tRNA pseudouridine synthase B  42.42 
 
 		 307 aa  198  9e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  41.15 
 
 		 307 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  41.15 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  37.88 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  40.14 
 
 		 303 aa  197  3e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0998  tRNA pseudouridine synthase B  42.58 
 
 		 294 aa  196  6e-49  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0507198  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1331  tRNA pseudouridine synthase B  38.61 
 
 		 305 aa  195  7e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.284628  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1357  tRNA pseudouridine synthase B  38.61 
 
 		 305 aa  195  7e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.531893  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  36.07 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0838  tRNA pseudouridine synthase B  36.92 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  41.15 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  40.94 
 
 		 304 aa  193  3e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  40.47 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  40.89 
 
 		 299 aa  192  6e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  40.16 
 
 		 292 aa  192  7e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  43.31 
 
 		 295 aa  192  8e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  36.01 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  39.66 
 
 		 310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  40.16 
 
 		 306 aa  189  4e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  37.04 
 
 		 324 aa  189  5.999999999999999e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  37.04 
 
 		 324 aa  189  5.999999999999999e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  37.04 
 
 		 324 aa  189  5.999999999999999e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 295 aa  189  7e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  39.32 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1000  tRNA pseudouridine synthase B  40.91 
 
 		 280 aa  187  2e-46  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  37.93 
 
 		 311 aa  187  3e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  41.24 
 
 		 310 aa  186  3e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  36.98 
 
 		 291 aa  187  3e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0701  tRNA pseudouridine synthase B  38.17 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0781617  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  38.1 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  37.35 
 
 		 293 aa  186  5e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  40.78 
 
 		 314 aa  186  6e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  35.74 
 
 		 309 aa  185  9e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  38.49 
 
 		 318 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  40.15 
 
 		 310 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  39.32 
 
 		 302 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  35.74 
 
 		 309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  40.15 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  38.22 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  40.15 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  38.98 
 
 		 321 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  38.98 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  38.98 
 
 		 321 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  38.98 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  38.98 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  40.93 
 
 		 309 aa  183  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  38.98 
 
 		 311 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  40.54 
 
 		 311 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  41.13 
 
 		 313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  40.93 
 
 		 310 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  44.08 
 
 		 371 aa  182  7e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  39.62 
 
 		 328 aa  182  9.000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  40.39 
 
 		 298 aa  182  9.000000000000001e-45  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  37.8 
 
 		 314 aa  181  1e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1232  tRNA pseudouridine synthase B  41.49 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  39.37 
 
 		 318 aa  181  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 313 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  37.84 
 
 		 293 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  41.31 
 
 		 322 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  35.82 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  38.72 
 
 		 298 aa  179  4e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  35.61 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  37.74 
 
 		 308 aa  179  7e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  39.52 
 
 		 313 aa  178  9e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  36.57 
 
 		 312 aa  177  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  37.55 
 
 		 308 aa  178  1e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1125  tRNA pseudouridine synthase B  37.74 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  40.78 
 
 		 318 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  39.38 
 
 		 311 aa  177  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  36.88 
 
 		 315 aa  178  1e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3344  tRNA pseudouridine synthase B  35.42 
 
 		 318 aa  178  1e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  34.38 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  41.85 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  39.53 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  37.89 
 
 		 323 aa  177  2e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>