More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_1128 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 297 aa  591  1e-168  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  78.33 
 
 		 300 aa  464  1e-129  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  54.27 
 
 		 293 aa  283  3.0000000000000004e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  45.08 
 
 		 300 aa  233  4.0000000000000004e-60  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  43.73 
 
 		 300 aa  229  4e-59  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  45.92 
 
 		 291 aa  223  3e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  42.37 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  44.4 
 
 		 308 aa  212  7e-54  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  40.52 
 
 		 299 aa  212  7e-54  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  43.75 
 
 		 308 aa  209  3e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  44.74 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  44.15 
 
 		 308 aa  206  4e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  43.46 
 
 		 306 aa  206  4e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  44.11 
 
 		 313 aa  204  1e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  43.46 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  44.94 
 
 		 299 aa  203  2e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  44.78 
 
 		 313 aa  203  3e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  45.24 
 
 		 302 aa  203  4e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  44.78 
 
 		 313 aa  202  5e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  42.76 
 
 		 307 aa  202  6e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  43.81 
 
 		 293 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  44.53 
 
 		 304 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  44.53 
 
 		 304 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  41.91 
 
 		 291 aa  200  1.9999999999999998e-50  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  40.98 
 
 		 304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  42.42 
 
 		 323 aa  199  3.9999999999999996e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  42.02 
 
 		 322 aa  199  5e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01305  tRNA pseudouridine synthase B  41.61 
 
 		 299 aa  199  5e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.19887  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  43.3 
 
 		 305 aa  198  7.999999999999999e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  46.96 
 
 		 289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  41.86 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.971864 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  45.91 
 
 		 339 aa  196  3e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  42.08 
 
 		 294 aa  196  3e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  41.47 
 
 		 314 aa  196  4.0000000000000005e-49  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  45.98 
 
 		 293 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1000  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 280 aa  196  4.0000000000000005e-49  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  43.63 
 
 		 308 aa  195  7e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  43.43 
 
 		 295 aa  194  2e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  37.62 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  38.01 
 
 		 283 aa  193  3e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  44.36 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  44.32 
 
 		 310 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  43.08 
 
 		 292 aa  193  3e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  43.94 
 
 		 310 aa  192  4e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  43.73 
 
 		 289 aa  192  5e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  39.54 
 
 		 307 aa  192  6e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  39.54 
 
 		 307 aa  192  6e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  37.29 
 
 		 307 aa  192  6e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  36.7 
 
 		 308 aa  192  7e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  42.47 
 
 		 308 aa  192  7e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  39.54 
 
 		 307 aa  192  7e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  45.95 
 
 		 313 aa  191  9e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  44.32 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  43.4 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  37.29 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  39.16 
 
 		 307 aa  190  2e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  51.42 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  43.35 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  42.64 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  41.67 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  40.82 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  42.35 
 
 		 310 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 308 aa  189  2.9999999999999997e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  43.43 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  39.16 
 
 		 307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  42.35 
 
 		 310 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  36.52 
 
 		 297 aa  189  2.9999999999999997e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  36.96 
 
 		 307 aa  189  4e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  39.93 
 
 		 309 aa  189  4e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  46.29 
 
 		 297 aa  189  5.999999999999999e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  41.61 
 
 		 314 aa  189  5.999999999999999e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  46.29 
 
 		 297 aa  189  5.999999999999999e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  46.29 
 
 		 297 aa  189  5.999999999999999e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  43.58 
 
 		 303 aa  188  7e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  43.02 
 
 		 305 aa  188  8e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  42.35 
 
 		 310 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  42.35 
 
 		 310 aa  188  8e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  39.16 
 
 		 307 aa  188  9e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  42.8 
 
 		 301 aa  188  9e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  44.88 
 
 		 336 aa  187  1e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  37.27 
 
 		 307 aa  188  1e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  49.76 
 
 		 313 aa  188  1e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  35.03 
 
 		 294 aa  187  1e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  43.35 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 309 aa  187  2e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  43.99 
 
 		 315 aa  186  3e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 309 aa  186  3e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  38.93 
 
 		 304 aa  186  4e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  39.77 
 
 		 313 aa  186  4e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  40.62 
 
 		 311 aa  186  4e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  39.02 
 
 		 311 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  40.68 
 
 		 304 aa  186  5e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  44.81 
 
 		 241 aa  186  6e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  33.69 
 
 		 309 aa  185  9e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  41.08 
 
 		 301 aa  185  9e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  43.36 
 
 		 328 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  40.4 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  42.35 
 
 		 322 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2131  tRNA pseudouridine synthase B  41.5 
 
 		 315 aa  184  1.0000000000000001e-45  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.222918  normal  0.419239 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  41.58 
 
 		 308 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>