More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_2817 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 241 aa  489  1e-137  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  50.22 
 
 		 244 aa  228  9e-59  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  50.88 
 
 		 302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  50.88 
 
 		 321 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  50.88 
 
 		 321 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  50.88 
 
 		 302 aa  219  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  50.88 
 
 		 311 aa  219  3e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  50.88 
 
 		 302 aa  219  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  50.88 
 
 		 302 aa  219  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  51.32 
 
 		 311 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  47.89 
 
 		 304 aa  215  5.9999999999999996e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  48.6 
 
 		 306 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  49.34 
 
 		 311 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  51.4 
 
 		 310 aa  210  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  48.91 
 
 		 311 aa  209  4e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  50.93 
 
 		 310 aa  207  9e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  49.52 
 
 		 292 aa  206  2e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  50.93 
 
 		 322 aa  206  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  50.95 
 
 		 310 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  50.95 
 
 		 310 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  50.47 
 
 		 310 aa  205  4e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  50.95 
 
 		 310 aa  205  5e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  47.6 
 
 		 309 aa  204  9e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  47.01 
 
 		 314 aa  202  4e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  48.11 
 
 		 302 aa  201  7e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  49.12 
 
 		 328 aa  200  9.999999999999999e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  47.12 
 
 		 293 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  44.21 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  47.12 
 
 		 293 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  46.76 
 
 		 305 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  43.84 
 
 		 313 aa  198  5e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  47.95 
 
 		 315 aa  198  7e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  46.02 
 
 		 307 aa  198  7e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  47.69 
 
 		 306 aa  198  7e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  45.37 
 
 		 299 aa  198  7.999999999999999e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  42.67 
 
 		 308 aa  197  1.0000000000000001e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  46.23 
 
 		 300 aa  196  3e-49  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  44.83 
 
 		 300 aa  196  3e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  43.83 
 
 		 359 aa  194  8.000000000000001e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0963  tRNA pseudouridine synthase B  44.59 
 
 		 315 aa  194  8.000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0397132  normal  0.0378785 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  43.72 
 
 		 307 aa  194  9e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2832  tRNA pseudouridine synthase B  46.02 
 
 		 318 aa  194  9e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.478015  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  46.26 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  48.4 
 
 		 371 aa  194  1e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  46.26 
 
 		 305 aa  193  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  46.26 
 
 		 304 aa  193  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  40.35 
 
 		 302 aa  193  2e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  46.79 
 
 		 302 aa  193  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  45.19 
 
 		 310 aa  193  2e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  45.23 
 
 		 315 aa  192  3e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  43.98 
 
 		 303 aa  192  4e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  43.5 
 
 		 318 aa  192  4e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  45.15 
 
 		 313 aa  191  7e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  45.79 
 
 		 302 aa  191  8e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  44.91 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  44.49 
 
 		 293 aa  190  2e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  45.15 
 
 		 313 aa  190  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  46.23 
 
 		 295 aa  189  2e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  47.25 
 
 		 314 aa  190  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1028  tRNA pseudouridine synthase B  46.51 
 
 		 317 aa  190  2e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000142961 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  45.33 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  46.73 
 
 		 318 aa  190  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  47.2 
 
 		 318 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  43.88 
 
 		 313 aa  189  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1093  tRNA pseudouridine synthase B  46.51 
 
 		 317 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0247742 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0676  tRNA pseudouridine synthase B  41.59 
 
 		 235 aa  189  2.9999999999999997e-47  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000650493 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  44.86 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  48.88 
 
 		 289 aa  188  5e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1032  tRNA pseudouridine synthase B  46.51 
 
 		 317 aa  188  5e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  hitchhiker  0.0000301922 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  41.35 
 
 		 314 aa  188  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  44.86 
 
 		 305 aa  188  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2825  tRNA pseudouridine synthase B  44.29 
 
 		 315 aa  188  7e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.791691  hitchhiker  0.00423146 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  42.31 
 
 		 314 aa  188  8e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  42.31 
 
 		 314 aa  188  8e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  42.31 
 
 		 314 aa  188  8e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  42.31 
 
 		 314 aa  188  8e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  42.31 
 
 		 314 aa  188  8e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  42.31 
 
 		 314 aa  188  8e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  47.25 
 
 		 249 aa  187  9e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  44.34 
 
 		 300 aa  187  9e-47  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  42.31 
 
 		 314 aa  187  1e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  46.33 
 
 		 307 aa  187  1e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  42.6 
 
 		 314 aa  187  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2436  tRNA pseudouridine synthase B  44.1 
 
 		 308 aa  187  1e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.437878  normal  0.907986 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  41.35 
 
 		 314 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  41.35 
 
 		 314 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  41.35 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  43.05 
 
 		 314 aa  186  2e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  40.32 
 
 		 324 aa  187  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  40.93 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  40.32 
 
 		 324 aa  187  2e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1511  tRNA pseudouridine synthase B  40.95 
 
 		 283 aa  186  2e-46  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  40.32 
 
 		 324 aa  187  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1000  tRNA pseudouridine synthase B  45.41 
 
 		 280 aa  187  2e-46  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  41.88 
 
 		 314 aa  186  3e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1919  pseudouridylate synthase  45.61 
 
 		 345 aa  186  3e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0760202 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0948  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  45.71 
 
 		 225 aa  186  3e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.276253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  41.99 
 
 		 294 aa  186  3e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  44.81 
 
 		 297 aa  186  4e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>