More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_1091 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 303 aa  622  1e-177  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  90.07 
 
 		 302 aa  554  1e-157  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  53.11 
 
 		 310 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  52.79 
 
 		 310 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  52.79 
 
 		 310 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  53.11 
 
 		 310 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  53.62 
 
 		 322 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  53.29 
 
 		 310 aa  300  2e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  52.96 
 
 		 310 aa  299  5e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  52.65 
 
 		 311 aa  297  1e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  52.81 
 
 		 314 aa  296  2e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  51.16 
 
 		 309 aa  295  9e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  51.66 
 
 		 311 aa  293  3e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  52.61 
 
 		 314 aa  293  3e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  50.99 
 
 		 321 aa  291  9e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  50.99 
 
 		 321 aa  291  9e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  50.99 
 
 		 311 aa  290  1e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  50.99 
 
 		 302 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  50.99 
 
 		 302 aa  291  1e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  50.99 
 
 		 302 aa  291  1e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  50.66 
 
 		 302 aa  289  4e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  51.96 
 
 		 318 aa  288  7e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  51.96 
 
 		 318 aa  287  1e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  51.32 
 
 		 311 aa  286  2e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 		 315 aa  282  6.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  50.34 
 
 		 328 aa  272  6e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  49.34 
 
 		 299 aa  270  2.9999999999999997e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  50.57 
 
 		 359 aa  270  2.9999999999999997e-71  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  48.67 
 
 		 302 aa  265  8e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0071  tRNA pseudouridine synthase B  49.05 
 
 		 380 aa  264  1e-69  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  50.57 
 
 		 344 aa  254  9e-67  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  45.82 
 
 		 298 aa  251  1e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2750  tRNA pseudouridine synthase B  45.97 
 
 		 318 aa  250  3e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  46.03 
 
 		 307 aa  249  4e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2009  tRNA pseudouridine synthase B  46.18 
 
 		 347 aa  248  1e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.845229  normal  0.607065 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1862  tRNA pseudouridine synthase B  46.33 
 
 		 313 aa  248  1e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.552372  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2136  tRNA pseudouridine synthase B  45.85 
 
 		 338 aa  245  4.9999999999999997e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0388744  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  44.26 
 
 		 309 aa  245  8e-64  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  43.85 
 
 		 305 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  45.87 
 
 		 339 aa  243  1.9999999999999999e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1093  tRNA pseudouridine synthase B  42.67 
 
 		 317 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0247742 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1249  tRNA pseudouridine synthase B  46.18 
 
 		 333 aa  243  3e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0328015  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  45.93 
 
 		 308 aa  243  3e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  43.93 
 
 		 309 aa  243  3.9999999999999997e-63  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  43.85 
 
 		 305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  44.16 
 
 		 318 aa  242  6e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  44.92 
 
 		 305 aa  241  9e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2992  tRNA pseudouridine synthase B  46.84 
 
 		 321 aa  241  1e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1032  tRNA pseudouridine synthase B  42.67 
 
 		 317 aa  241  1e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  hitchhiker  0.0000301922 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  45.07 
 
 		 308 aa  241  2e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  40.98 
 
 		 307 aa  240  2e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  43.65 
 
 		 317 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3344  tRNA pseudouridine synthase B  44.84 
 
 		 318 aa  239  2.9999999999999997e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1028  tRNA pseudouridine synthase B  42.67 
 
 		 317 aa  239  4e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000142961 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  43.79 
 
 		 306 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  44.01 
 
 		 315 aa  238  8e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  40.59 
 
 		 308 aa  238  1e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1125  tRNA pseudouridine synthase B  44.15 
 
 		 303 aa  237  1e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2832  tRNA pseudouridine synthase B  44.3 
 
 		 318 aa  238  1e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.478015  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  42.67 
 
 		 314 aa  237  1e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  43.23 
 
 		 305 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  44.33 
 
 		 308 aa  237  2e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  44.22 
 
 		 304 aa  237  2e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0963  tRNA pseudouridine synthase B  44.3 
 
 		 315 aa  236  3e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0397132  normal  0.0378785 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  44.22 
 
 		 304 aa  236  3e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  43.52 
 
 		 305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2428  tRNA pseudouridine synthase B  45.07 
 
 		 337 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  42.02 
 
 		 312 aa  232  7.000000000000001e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3387  tRNA pseudouridine synthase B  41.99 
 
 		 321 aa  232  7.000000000000001e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448784 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  44.33 
 
 		 307 aa  231  9e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  42.02 
 
 		 314 aa  231  1e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  42.02 
 
 		 314 aa  231  1e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  42.02 
 
 		 314 aa  231  1e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  43.19 
 
 		 305 aa  231  1e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1919  pseudouridylate synthase  46.31 
 
 		 345 aa  231  1e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0760202 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  42.02 
 
 		 314 aa  231  1e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  42.02 
 
 		 314 aa  231  1e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0992  tRNA pseudouridine synthase B  41.37 
 
 		 317 aa  231  1e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.358844  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2559  tRNA pseudouridine synthase B  46.18 
 
 		 333 aa  231  1e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0116383 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  42.02 
 
 		 314 aa  231  1e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  41.69 
 
 		 314 aa  230  2e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  41.69 
 
 		 314 aa  230  2e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  41.61 
 
 		 324 aa  230  2e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  41.61 
 
 		 324 aa  230  2e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  41.61 
 
 		 324 aa  230  2e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 293 aa  229  3e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  40.32 
 
 		 318 aa  229  3e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 293 aa  229  3e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  43.38 
 
 		 305 aa  229  5e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  42.9 
 
 		 323 aa  229  6e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1009  tRNA pseudouridine synthase B  41.56 
 
 		 317 aa  228  7e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2825  tRNA pseudouridine synthase B  43.51 
 
 		 315 aa  228  8e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.791691  hitchhiker  0.00423146 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  41.69 
 
 		 314 aa  228  8e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3381  tRNA pseudouridine synthase B  43.23 
 
 		 332 aa  228  9e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.092575  normal  0.759632 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3415  tRNA pseudouridine synthase B  43.37 
 
 		 321 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.630967  hitchhiker  0.000684703 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1130  tRNA pseudouridine synthase B  43.37 
 
 		 321 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0346458  unclonable  0.00000000000626709 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3237  tRNA pseudouridine synthase B  43.37 
 
 		 321 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3278  tRNA pseudouridine synthase B  43.37 
 
 		 321 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.922634  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  41.48 
 
 		 313 aa  227  2e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  41.37 
 
 		 314 aa  227  2e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>